Navegando por Autor "Carazzolle, Marcelo F."
Agora exibindo 1 - 2 de 2
- Resultados por Página
- Opções de Ordenação
Item ANALISE IN SILICO E IN VIVO DA DIVERSIDADE NUCLEOTIDICA EM Coffea spp.(2009) Vidal, Ramon; Yamagui, Karina; Ferreira, Lucia Pires; Lannes, Sérgio Dias; Vieira, Luiz G. E.; Mondego, Jorge; Carazzolle, Marcelo F.; Pereira, Gonçalo A.; Pot, David; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - CaféPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs – Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs – Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.Item Identificação de polimorfismos de nucleotídeos únicos em montagem de ESTs de três espécies de café(2007) Vidal, Ramon O.; Carazzolle, Marcelo F.; Sampaio, Cláudio L. M.; Costa, Gustavo G. L.; Formighieri, Eduardo F.; Pot, David; Mondego, Jorge M. C.; Pereira, Gonçalo A. G.; Embrapa - CaféA partir do seqüenciamento de ESTS de três espécies de café, Coffea arabica, Coffea canephora e Coffea racemosa, foi aberta uma série de possibilidades para o estudo de características diferenciais entre essas espécies. Características fenotípicas de interesse agronômico podem ser estudadas molecularmente através da análise de transcritos dessas três espécies e também através do mapeamento de um conjunto de genes alvos para programas de melhoramento genético. Neste trabalho foi realizado um agrupamento de ESTs das três espécies por similaridade visando estudo de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs). A partir de parâmetros de similaridade (>95%) e sobreposição (>100 bp) foram construídos 15.885 contigs, e nestes observa-se uma freqüência de 0,47 SNPs a cada 100 pb. Os resultados foram armazenados para consulta visando futuros estudos de variabilidade em indivíduos de cada espécie e entre estas três espécies.