Navegando por Autor "Kasuya, Maria Catarina Megumi"

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Bactérias da ordem Rhizobiales no solo de cafeeiro (Coffea arabica)
(Embrapa Café, 2019-10) Anastácio, Larissa Márcia; Silva, Marliane de Cássia Soares; Veloso, Tomás Gomes Reis; Moreli, Aldemar Polonini; Kasuya, Maria Catarina Megumi; Pereira, Lucas Louzada
A qualidade final do café pode ser determinada pela comunidade de microrganismos presente nos solos dos cafeeiros. Para se obter café de alta qualidade, um conjunto de interações entre os fatores bióticos e abióticos devem ser considerados. Sendo assim, este trabalho teve como objetivo avaliar a comunidade de bactérias da ordem Rhizobiales presentes no solo do cafeeiro sob diferentes faces de exposição ao sol e altitudes, verificando sua potencialidade na produção da qualidade do café. As amostras do solo do cafeeiro foram coletadas de 9 propriedades do Estado do Espírito Santo que cultivam a variedade Catuaí. As propriedades apresentam altitude variando de 735 a 1.078 m e diferentes faces de exposição ao sol.Três locais foram amostrados em cada propriedade, cada local foi composto por 3 plantas e foram coletados solo em 5 pontos por planta. Estas foram transportadas no interior de sacos plástico sobre gelo até o laboratório. O DNA genómico das amostras compostas foi extraído utilizando o kit Nucleo Spin Soil, de acordo com as recomendações do fabricante A região 16 S do DNA foi amplificada por PCR e os produtos utilizados para montagem de biblioteca, os quais foram sequenciados na plataforma Illumina MiSeq 2x150pb. Todas as análises foram realizadas utilizando os softwares Qiime (v 1.9.1) and R (v3.5.1). Dentre os fatores analisados, a face de exposição ao sol é o fator que mais interferiu na comunidade de Rhizobiales, sendo encontradas nas faces leste e sul, respectivamente, as maiores e menores diversidades desta ordem. A riqueza variou principalmente entre 100 a 200 OTUs, porém não houve tendência significativa de aumento ou diminuição da mesma em função da altitude. Também não foi observada tendência de aumento ou diminuição para equitabilidade e diversidade.
Environmental effects on microbiome: tropics and Antarctic
(Universidade Federal de Viçosa, 2021-05-06) Veloso, Tomás Gomes Reis; Kasuya, Maria Catarina Megumi; Santana, Mateus Ferreira; Reynaud Schaefer, Carlos Ernesto Gonçalves
The microorganisms play a key role in the in the main biogeochemical cycles, such as Carbon, nitrogen, sulfur, phosphorus, hydrogen and oxygen. In the rhizosphere and inside plant tissues, they can enhance plant growth, phytopathogen control, act as phytoregulators and increasing water and nutrient availability. These communities are directly affected by edaphoclimatic conditions. Thus, in the current scenario of climate change, the knowledge about the edaphic microbial diversity and the factors that shape it are essential to understand the potential of each soil, either for agricultural use or to understand the role of the soil face the climate change. There are many methods to study the microbial diversity, among them, the high-throughput DNA sequencing is the one of the most commonly used. This thesis is composed of three chapters where this technique was used to evaluate the diversity in each soil. The first title, entitled “Effects of environmental factors on microbiota of fruits and soil of Coffea arabica in Brazil” aimed to evaluate the effect of edaphic and topographic coditions in coffee crops on bacterial and fungal communities in soil and fruits. The second and third chapters addresses, respectively, the diversity of bacteria and fungi in soils recently exposed by deglaciation and ornithogenic soils. The microbial communities of fruits are affected mainly by tophographic factors (Altitude, facing slope and radiation), whereas microbial communities of soil, although also influenced by topographic factors, are strongly shaped by edaphic factors. Soils recently exposed by glacier retreat (young soils) displayed a greater variation in beta diversity than more developed soils. Lastly, the bacterial and fungal communities in the ornithogenic soils undergoes a substantial change after the abandonment by the penguins. Abandoned ornithogenic soils showed a greater predicted abundance of genes related to nitrification and sulfur metabolism. In short, both in tropical and antarctic soils, edaphoclimatic and temporal factors affect the structure of the microbial community. Keywords: Microbiota. Coffee. Ornithogenic soils. Glaciers. Next generation sequencing.
Impacto do monocultivo de café sobre os indicadores biológicos do solo na zona da mata mineira
(Universidade Federal de Santa Maria, 2009-12) Nunes, Luís Alfredo Pinheiro Leal; Dias, Luiz Eduardo; Jucksch, Ivo; Barros, Nairam Félix; Kasuya, Maria Catarina Megumi; Correia, Maria Elizabeth Fernandes
Este estudo teve como objetivo avaliar o efeito do monocultivo de café em um latossolo, na Zona da Mata mineira, por meio de alterações em indicadores microbiológicos de qualidade do solo. Foram selecionadas quatro áreas: a) cultivo de café (Mundo Novo) durante 22 anos (C22), após uso com pastagem; b) cultivo de café (Catuaí) durante 16 anos (C16), antes mata secundária; c) mata secundária com aproximadamente de 30 anos (M30) e d) mata secundária com 40 anos (M40). Para tanto, amostras compostas de solos foram coletadas na profundidade de 0-10cm, em janeiro, abril, julho e outubro. As variáveis biológicas estudadas se mostraram sensíveis para caracterizar alterações de qualidade do solo decorrentes do monocultivo de café. Os resultados variaram com a estação do ano e o clima, e, no período mais seco, ocorreu uma redução nos valores, afetando mais drasticamente os sistemas com café. O índice de qualidade do solo demonstrou que o sistema C22 apresentou maior perda de qualidade em relação ao M40, indicando o comprometimento de sua sustentabilidade.
Perfil da comunidade de bactérias e fungos em frutos de café localizados em diferentes altitudes e faces de exposição ao sol.
(Embrapa Café, 2019-10) Silva, Marliane de Cássia Soares; Veloso, Tomás Gomes Reis; Cristino, Edynei Miguel; Cardoso, Wilton Soares; Kasuya, Maria Catarina Megumi; Pereira, Lucas Louzada
O objetivo deste estudo foi avaliar o perfil da comunidade de fungos e bactérias presentes no fruto de Coffea arabica L. coletados em diferentes propriedades, localizados em diferentes altitudes, no Estado do Espírito Santo. Os frutos foram coletados três locais em cada propriedade. Cada local onde foi realizada a coleta era composto por 3 plantas e foram coletados 10 frutos por planta. Foram avaliadas quatro áreas experimentais com altitude variando de 735 a 1.078 m de altitude. O DNA genômico das amostras compostas foi extraído utilizando o kit Nucleo Spin Soil, de acordo com as recomendações do fabricante. Posteriormente, foi aplicada a técnica nested PCR-DGGE para obter o perfil da comunidade. A análise do dendrograma mostrou dois grupos principais para bactérias. O primeiro grupo (FC e FA) com 75 % de similaridade envolvendo as amostras com altirude variando de 735 a 799 m e o segundo (LP e DB) com 85 % de similaridade envolvendo as amostras com altitude variando de 969 a 1068 m. Já para a comunidade de fungos o perfil foi mais homogêneo, onde um grupo com 80 % de similaridade foi observado e as réplicas foram mais distribuídas ao longo do gel. A análise de cordenadas principais mostrou grande influência da altitude na comunidade presente na face sul. Conclui-se que a altitude e a face de exposição ao sol afetam o perfil da comunidade de bactérias. Os fungos são menos sensíveis às mudanças no perfil devido a estas variações. Assim, considera-se necessário entender os fatores que afetam a comunidade de microrganismos presentes nos frutos de café podem auxiliar na promoção da qualidade destes cafés.
Structure of AMF community in an agroforestry system of coffee and macauba palm
(Instituto de Florestas da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 2021) Prates Júnior, Paulo; Moreira, Sandro Lucio Silva; Jordão, Thuany Cerqueira; Ngolo, Aristides Osvaldo; Moreira, Bruno Coutinho; Santos, Ricardo Henrique Silva; Fernandes, Raphael Bragança Alves; Kasuya, Maria Catarina Megumi
Coffee crop in Brazil is typically grown as a monoculture. However, we hypothesized that agroforestry system is favorable association for arbuscular mycorrhizal fungi (AMF), affecting its community structure and potentially impacting crop productivity and agroecosystem health. This study evaluated how the microclimate, soil depth, macauba field spacing and distance between coffee plants and palms affect the structure of the AMF community. The structure of the AMF community was influenced by the soil depth, microclimate features, soil moisture, maximum air temperature, and photosynthetically active radiation (PAR). The distance at which coffee-macauba influences ecological diversity indices of AMF, and higher diversity are related to the proximity between plants. AMF diversity (Richness and Shannon) in the agroforestry system exceeded that observed in the full-sun coffee in the 0-20 soil depth layer. Our results showed that the microclimate, soil depth, plant density, and distance between coffee from macauba affected the AMF community structure.