Navegando por Autor "Maciel, Bárbara Hufnagel"

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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica
(2007) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Andrade, Flavia Thiebaut; Maciel, Bárbara Hufnagel; Zambolim, Eunize Maciel; Xavier, Katia Viana; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos F2 da população H464-2. Essa análise permitiu verificar o posicionamento desse marcador no grupo de ligação 9, a 36,2 cM do marcador K13c no mapa genético de Coffea arabica previamente desenvolvido com marcadores RAPD.
Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico
(2007) Andrade, Flavia Thiebaut; Caixeta, Eveline Teixeira; Maciel, Bárbara Hufnagel; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Eunize Maciel; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como "iscas" para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o "Electronic Northern", uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional.
Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem
(2007) Maciel, Bárbara Hufnagel; Caixeta, Eveline Teixeira; Andrade, Flavia Thiebaut; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Eunize Maciel; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Para a amplificação no termociclador, foram avaliadas diferentes combinações de tempo e temperatura, incluindo touchdown PCR. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, 40 iniciadores foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Destes, 29 resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Os demais 50 estão sendo testados por PCR. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os dois grupos de indivíduos resistentes e susceptíveis. Para confirmar a possível ligação e seu potencial, o marcador está sendo testado em diferentes populações do Programa de Melhoramento da UFV/EPAMIG.