Navegando por Autor "Pereira, Luiz Filipe P."

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ANALISE IN SILICO E IN VIVO DA DIVERSIDADE NUCLEOTIDICA EM Coffea spp.
(2009) Vidal, Ramon; Yamagui, Karina; Ferreira, Lucia Pires; Lannes, Sérgio Dias; Vieira, Luiz G. E.; Mondego, Jorge; Carazzolle, Marcelo F.; Pereira, Gonçalo A.; Pot, David; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - Café
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs – Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs – Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.
CONSTRUÇÃO DE UM MAPA GENÉTICO A PARTIR DE UMA POPULAÇÃO F 2 DERIVADA DO CRUZAMENTO ENTRE Coffea arabica E C. canephora E SUA UTILIDADE PARA QUALIDADE DE BEBIDA
(2009) Priolli, Regina H. G.; Ramos, Luis Carlos S.; Pot, David; Moller, Milene; Gallo, Paulo B.; Pastina, Maria M.; Garcia, Antonio A. F.; Yamamoto, Paula Y.; Lannes, Sérgio D.; Vieira, Luiz G. E.; Ferreira, Lucia P.; Mazzafera, Paulo; Pereira, Luiz Filipe P.; Colombo, Carlos A.; Embrapa - Café
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F 2 criada a partir da autofecundação do híbrido F 1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F 2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um total de 1011 cM foram obtidos, com uma distância média entre as marcas de 5,98 cm e 4,6 marcadores por grupo de ligação. Quarenta e seis marcadores associados a características agronômicas de interesse foram encontrados, dos quais, dezenove foram associados com teor de açúcar, oito de cafeína, oito para CGA, um para a cafeína e CGA e dez para a produção total por planta. A análise baseada em marcadores de dose única permitiu obter informação de QTL putativo associado à qualidade de bebida do café e produtividade. Marcadores adicionais serão incluídos a este trabalho para maior cobertura do genoma café.
NOVOS MARCADORES PARA FINS DE MAPEAMENTO E LOCALIZAÇÃO DE QTLs A PARTIR DE PCR-RFLP DE GENES DO GENOMA CAFÉ BRASILEIRO
(2009) Colombo, Carlos Augusto; Yamamoto, Paula Yuri; Ramos, Luis Carlos S.; Mazzafera, Paulo; Gallo, Paulo Boller; Vilella, Otávia T.; Lannes, Sérgio D.; Pot, David; Ferreira, Lucia P.; Vieira, Luiz Gonzaga E.; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - Café
O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x. Após a obtenção dos amplificados, estes foram digeridos com diversas enzimas de restrição de quatro bases (Alu I, Dde I, Eco RI, Hae III, Mse I e Msp, Fnu DII, Taq I; Scr FI). Dos seis genes analisados, quatro deles apresentaram segregação do tipo 3:1 na população F2 (Cisteína 8, Cisteína 5, β-Fructosidase e Sacarose Fosfato Sintase), demonstrando a utilização dos mesmos para fins de mapeamento.
OBTENÇÃO DE MARCADORES MOLECULARES POR MEIO DE PCR-RFLP DE GENES RELACIONADOS COM QUALIDADE EM CAFÉ
(2009) Villela, Otávia T.; Lannes, Sérgio Dias; Pot, David; Ferreira, Lucia P.; Priolli, Regina Helena G.; Ramos, Luis Carlos S.; Colombo, Carlos Augusto; Vieira, Luiz Gonzaga E.; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - Café
A qualidade de bebida do café é fator fundamental para sua comercialização, pois agrega valor ao produto, garantindo maior competitividade e melhores preços no mercado. A composição química do café é um dos fatores que determinam a qualidade da bebida. Seu sabor e seu aroma são resultantes da presença combinada de vários constituintes, dentre os quais os ácidos clorogênicos, os diterpenos e os açúcares. O objetivo deste trabalho foi buscar polimorfismos a partir de PCR-RFLP utilizando primers baseados em sequências ESTs de genes relacionados com a qualidade de bebida. Para isso foi utilizado o DNA de uma população F 2 formada a partir da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora. Os resultados revelaram um total de doze marcas polimórficas na população. Dentre essas marcas, quatro foram obtidas através da presença e da ausência da amplificação dos genes. Oito combinações polimórficas foram obtidas através da clivagem do produto de PCR por quatro enzimas de restrição (TaqI, BsuRI, RsaI e HhaI). Com a validação dos polimorfismos encontrados nos amplicons, essas marcas estão sendo utilizadas para trabalhos de mapeamento na população de arabustas com objetivo de identificar QTLs relacionados à concentração de compostos como cafeína, ácidos clorogênicos, diterpenos, açúcares, bem como de proteases.