Navegando por Autor "Santana, Mateus Ferreira"

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Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix
(2007) Santana, Mateus Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Oliveira, Luiz Orlando de; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e três são ancestrais e geograficamente mais bem distribuídos. A região ITS de H. vastatrix é altamente variável e mostrou que existe variação intra-especifica e que a maioria dos haplótipos é restrita a uma única população. As raças fisiológicas e as populações coletadas no campo possuem seqüências com níveis similares de diversidade genética e nucleotídica. A diversidade de H. vastatrix dentro das lavouras foi mais elevada (90,3%) do que entre eles (9,7%).
Environmental effects on microbiome: tropics and Antarctic
(Universidade Federal de Viçosa, 2021-05-06) Veloso, Tomás Gomes Reis; Kasuya, Maria Catarina Megumi; Santana, Mateus Ferreira; Reynaud Schaefer, Carlos Ernesto Gonçalves
The microorganisms play a key role in the in the main biogeochemical cycles, such as Carbon, nitrogen, sulfur, phosphorus, hydrogen and oxygen. In the rhizosphere and inside plant tissues, they can enhance plant growth, phytopathogen control, act as phytoregulators and increasing water and nutrient availability. These communities are directly affected by edaphoclimatic conditions. Thus, in the current scenario of climate change, the knowledge about the edaphic microbial diversity and the factors that shape it are essential to understand the potential of each soil, either for agricultural use or to understand the role of the soil face the climate change. There are many methods to study the microbial diversity, among them, the high-throughput DNA sequencing is the one of the most commonly used. This thesis is composed of three chapters where this technique was used to evaluate the diversity in each soil. The first title, entitled “Effects of environmental factors on microbiota of fruits and soil of Coffea arabica in Brazil” aimed to evaluate the effect of edaphic and topographic coditions in coffee crops on bacterial and fungal communities in soil and fruits. The second and third chapters addresses, respectively, the diversity of bacteria and fungi in soils recently exposed by deglaciation and ornithogenic soils. The microbial communities of fruits are affected mainly by tophographic factors (Altitude, facing slope and radiation), whereas microbial communities of soil, although also influenced by topographic factors, are strongly shaped by edaphic factors. Soils recently exposed by glacier retreat (young soils) displayed a greater variation in beta diversity than more developed soils. Lastly, the bacterial and fungal communities in the ornithogenic soils undergoes a substantial change after the abandonment by the penguins. Abandoned ornithogenic soils showed a greater predicted abundance of genes related to nitrification and sulfur metabolism. In short, both in tropical and antarctic soils, edaphoclimatic and temporal factors affect the structure of the microbial community. Keywords: Microbiota. Coffee. Ornithogenic soils. Glaciers. Next generation sequencing.
ESTRUTURA GENÉTICA DA POPULAÇÃO DE Hemileia vastatrix COM BASE NO MARCADOR AFLP
(2009) Maia, Thiago Andrade; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Mizubuti, Eduardo Seiti Gomide; Santana, Mateus Ferreira; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
A estrutura genética populacional de Hemileia vastatrix foi determinada usando o marcador AFLP em 91 isolados coletados em lavouras cafeeiras de Minas Gerais, Espírito Santo e São Paulo. Após amplificações seletivas, usando quatro combinações de primers (EcoRI/MseI), foram analisados 100 fragmentos polimórficos. Cada isolado apresentou um padrão único de alelos AFLP, constatando-se alta diversidade genotípica. A similaridade genética entre os isolados de H. vastatrix variou de 0,08 a 0,70, indicando alta variabilidade genética. Pela análise de agrupamento não foi observado à formação de grupos entre isolados do mesmo hospedeiro e origem geográfica. Não houve correlação entre distância genética e geográfica entre os isolados (r = 0,307, P = 0,234). Foi observada baixa diferenciação genética (GST = 0,026) entre as populações de H. vastatrix divididas por hospedeiros (Coffea arabica, C. canephora e Híbrido de Timor/Icatu). Os índices de diversidade gênica de Nei (HT, HS e GST) não mostraram diferença significativa entre as populações de H. vastatrix subdivididas por região geográfica. A análise de variância molecular (AMOVA) mostrou que a maior variância genética (99,56%) encontra-se dentro das populações do patógeno. O alto nível de diversidade genotípica encontrado entre os isolados sugere que as populações de H. vastatrix analisadas não são consistentes com a reprodução clonal e não estão estruturadas com relação ao hospedeiro e a origem geográfica. Os resultados obtidos demonstram que o fungo apresenta alto potencial evolutivo.