Navegando por Autor "Schenk, Juliana Camargo Martinati"

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Desenvolvimento de marcadores associados à resistência ao bicho-mineiro: seleção e validação de SNPs
(Embrapa Café, 2019-10) Bazioli, Jaqueline Moraes; Guimarães, Paula de Sousa; Strazza, Bruna Aparecida; Schenk, Juliana Camargo Martinati; Padilha, Lilian; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez
O objetivo deste estudo é o desenvolvimento de marcadores do tipo SNPs associados com a resistência ao bicho-mineiro em café. A estratégia principal utilizou as análises genômicas de microarranjo, para caracterização de expressão diferencial de genes-candidatos em plantas resistentes infestadas com o bicho-mineiro. Inicialmente, análises in silico de 2137 destes genes identificaram aqueles potencialmente relacionados com a especificidade da resposta de defesa da planta. Uma vez selecionados, o perfil de expressão de 22 genes foi confirmado por qRT-PCR em experimentos utilizando plantas resistentes e suscetíveis, infectadas pelo bicho-mineiro. Para busca de polimorfismos do tipo SNPs, que poderão ser utilizados como marcadores para seleção-assistida, selecionamos 4 genes, cujas regiões genômicas foram clonadas e sequenciadas em genótipos parentais da população em estudo. Após análises in silico de sequências genômicas, os polimorfismos do tipo SNPs identificados serviram de base para construção de sondas alelo- específicas, utilizadas na genotipagem de plantas parentais e progênies em seleção. A análise de segregação de SNPs identificados indicou que nenhum dos polimorfismos avaliados apresenta correlação com a característica de resistência ao bicho-mineiro. Estes polimorfismos estão associados com alguma outra característica agronômica não avaliada neste estudo. A genotipagem de outros SNPs identificados está em andamento.
Expressão gênica em resposta a deficiência nutricional em folhas resistentes e suscetíveis ao bicho-mineiro
(Embrapa Café, 2015) Maia, Fernanda Magalhães; Strazza, Bruna Aparecida; Schenk, Juliana Camargo Martinati; Padilha, Lilian; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez
A resposta de defesa de cafeeiros infestados pelo bicho-mineiro (Leucoptera coffeela) é influenciado por aspectos fisiológicos entre os quais está a disponibilidade de nutrientes. Plantas resistentes podem exibir lesões foliares correspondentes ao desenvolvimento do inseto quando a lavoura tem deficiência de adubação. O conhecimento sobre a interação entre mecanismos de transporte de nutrientes e resposta de defesa ao bicho-mineiro podem contribuir na elucidação da resistência ao inseto em cafeeiros. Este estudo avaliou a expressão relativa de genes associados ao metabolismo de potássio e nitrogênio, ao estresse oxidativo e a mecanismos de defesa em mudas de cafés submetidas a condições nutricionais limitantes. Mudas de progênies resistentes e suscetíveis ao bicho-mineiro foram mantidas em soluções contendo concentrações variáveis de macronutrientes (N+K+, N+K-, N-K+, N-K-). Após o tratamento, as folhas foram coletadas para extração do RNA e posterior caracterização da expressão de genes por qRT-PCR. Genes do metabolismo de potássio apresentaram expressão diferencial entre plantas resistentes e suscetíveis. O perfil de expressão dos genes do metabolismo de Nitrogênio não apresentou diferenças entre as progênies. Além disso, genes diretamente relacionados com a defesa ao bicho-mineiro e ao estresse oxidativo apresentaram expressões diferenciais significativas entre plantas resistentes e suscetíveis. Estas análises preliminares sugerem que a regulação da absorção e/ou transporte de nutrientes não são atividades iniciais na resposta de cafeeiros, e que a ativação de mecanismos de defesa em geral é a resposta inicial à deficiência nutricional.
Seleção de genes endógenos para análises de qRT-PCR em sementes de café
(Embrapa Café, 2013) Schenk, Juliana Camargo Martinati; Cardoso, Danielle Cunha; Maluf, Mirian Perez; Padilha, Lilian
A técnica quantitativa de PCR em tempo real, qRT-PCR, permite analisar a expressão de genes alvo em diferentes condições experimentais. No entanto, a análise precisa dos resultados gerados pela qRT-PCR está diretamente relacionada ao gene normalizador utilizado, o qual deve apresentar expressão constitutiva semelhante para as diferentes amostras/tratamentos avaliados no experimento. Os genes normalizadores escolhidos para as análises em sementes podem diferir daqueles utilizados para as raízes e folhas. Este trabalho teve como objetivo a avaliação de genes normalizadores úteis ao estudo de expressão gênica em sementes. O experimento englobou sementes mantidas nos frutos, sementes desmuciladas mecanicamente ou por meio da fermentação. Essas sementes e frutos foram em seguida, secados à sombra ou em secador até atingirem os teores de água de 12% ou 35%, foram acondicionados em embalagens herméticas e mantidos em câmara fria (10ºC/ 40%UR) por um período de até 12 meses. Foram avaliados 11 genes candidatos a normalizadores, os quais foram escolhidos, previamente, em um estudo de microarranjos. As expressões e estabilidade destes genes foram avaliadas por meio dos softwares geNorm, NormFinder, Delta Ct e BestKeeper. Pela análise conjunta dos resultados obtidos a partir destes softwares, observou-se que a estabilidade de um gene normalizador é variável em função do fator experimental considerado. O gene da actina é indicado como normalizador nas análises de expressão gênica em sementes de café quando forem considerados todos os três fatores avaliados neste estudo, ou seja, processamento, secagem e armazenamento.