Navegando por Autor "Silva, Felipe Rodrigues da"

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    Análise in silico das bibliotecas de cDNA SH2 e SH3 para a identificação de genes responsivos à seca em cafeeiro
    (Editora UFLA, 2012-01) Vinecky, Felipe; Silva, Felipe Rodrigues da; Andrade, Alan Carvalho
    O Brasil é o maior produtor e exportador de café no mundo e a cafeicultura é uma fonte de renda importante, para pequenos produtores. A seca, que vem se tornando cada vez mais intensa ao longo dos anos, prejudica a produção desses agricultores. Para auxiliar o desenvolvimento de plantas tolerantes à seca, vários grupos de pesquisa buscam uma melhor compreensão dos fatores genéticos envolvidos na resposta das plantas à seca. A construção e sequenciamento de bibliotecas ESTs (Expressed Sequence Tags) é um meio rápido e efetivo de se obter informações acerca da maioria dos genes expressos. O genoma funcional, do cafeeiro realizado por meio do sequenciamento de cDNAs (ESTs), possibilitou a construção de um amplo banco de dados de ESTs com sequências de três espécies distintas de Coffea. A base de dados do genoma café constitui uma rica fonte de informações para estudos genéticos e fisiológicos do cafeeiro. Objetivou-se, no presente trabalho identificar genes candidatos (GC), potencialmente envolvidos na resposta ao estresse hídrico em cafeeiro, a partir de uma análise in silico dos ESTs disponíveis na base de dados do genoma café. Para essas análises foram utilizadas comparações in silico entre os dados de ESTs das bibliotecas SH2 (Coffea arabica) e SH3 (Coffea canephora), com o auxílio das ferramentas de bioinformática disponíveis na base de dados do genoma café. Com a metodologia utilizada, vários GC foram identificados e podem ser objeto de estudos experimentais posteriores, visando a seleção assistida por marcadores moleculares e para a rápida obtenção de variedades de café tolerantes à seca.
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    O banco de dados do "Projeto Genoma Café" na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN)
    (2007) Sales, Raphael M. O. B.; Barbosa, Alex Vicente; Silva, Felipe Rodrigues da; Embrapa - Café
    Projetos Genoma EST são uma forma relativamente barata de inventariar os genes de um organismo. O grande volume de dados gerado por eles, entretanto, torna sua análise complicada. O Projeto Genoma Café brasileiro gerou 218.150 seqüências EST de C. arabica, C. canephora e C. racemosa. A análise realizada na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia descartou 63.380 seqüências e agrupou as 154.770 restantes em 45.366 grupos (UniGenes). Este trabalho apresenta o ferramental de análise disponibilizado até o momento aos usuários do projeto. Acessando o endereço https://alanine.cenargen.embrapa.br/cafEST/ e utilizando a senha designada pela coordenação do projeto, o usuário pode localizar rapidamente os dados de interesse partindo de diversos parâmetros, incluindo o nome do UniGene, o nome do clone seqüenciado, ou ainda palavras presentes na descrição de proteínas homólogas às do projeto. Buscas mais elaboradas incluem listar UniGenes específicos ou preferencialmente expressos em um conjunto de bibliotecas.