Navegando por Autor "Silva, Samuel Chaves"

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Caracterização do microrna MIR156 encontrado em bibliotecas de RNA-seq de frutos maduros de coffea arabica
(Embrapa Café, 2015) Santos, Iasminy Silva; Fernandes-Brum, Christiane Noronha; Azarias, Andressa Spuri; Silva, Samuel Chaves; Cardoso, Thais Cunha de Sousa; Gomes, Mateus de Souza; Chalfun-Junior, Antonio
MicroRNAs constituem uma classe de pequenos RNAs (20-24 nucleotídeos) endógenos não codantes envolvidos na regulação pós-transcricional da expressão gênica em eucariotos. Em plantas, mais especificamente, os miRNAs são resultados do processamento dos longos transcritos primários pelas enzimas Dicer-like e atuam predominantemente degradando mRNAs complementares. Além de plantas modelo como Arabidopsis e Microtom, os miRNAs têm sido estudados em diferentes espécies de interesse agronômico, visando compreender suas funções regulatórias no desenvolvimento vegetativo e reprodutivo, resposta a estresses, dentre outros. Neste trabalho um pipeline específico para a busca de miRNAs homólogos em café foi aplicado em sequências advindas de bibliotecas de RNA-seq obtidas de frutos maduros de café. Como resultado 8 famílias de miRNAs foram identificadas em frutos maduros destacando-se o miRNA156 específico para a fase de maturação. Os resultados fornecem informações importantes para a compreensão do envolvimento miRNA no processo de maturação do café visando o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas para o melhoramento do café.
Caracterização in silico e análise da expressão de microRNas e genes alvo em diferentes espécies de Coffea
(Universidade Federal de Lavras, 2012-02-24) Silva, Samuel Chaves; Chalfun Júnior, Antonio
O fenômeno de RNA de interferência mediado por microRNAs, é uma via importante para a estabilidade e regulação da tradução de RNA mensageiros. Muitas das vias reguladas são fundamentais para o desenvolvimento do organismo e para a manutenção da integridade do genoma. Alta homologia em sequência e estrutura são características interessantes dos genes que codificam estas moléculas. Estas particularidades permitem que, a partir de sequências de RNAs silenciadores conhecidos em outras espécies, microRNAs homólogos sejam descritos em espécies filogeneticamente relacionadas. A partir das informações geradas pelo sequenciamento do café, durante o projeto CAFEST, foi possível, pela primeira vez, identificar microRNAs (miRNAs) envolvidos na modelagem do transcriptoma das espécies Coffea arabica, Coffea canephora, Coffea congensis e Coffea eugenioides. Neste estudo são apresentadas as sequências, estruturas e possíveis funções dos microRNAs no cafeeiro. Além da caracterização estrutural, também foram apresentados resultados de qRT-PCR que correlacionam a expressão dos genes MIR e seus genes alvos. As diversas famílias de miRNAs descritas para o cafeeiro, estão correlacionadas a diferentes processos biológicos que incluem, padrões de crescimento vegetal, processos metabólicos, respostas hormonais, degradação de proteínas, respostas a estresses e rotas de sinalização celular. A grande variedade de genes alvo indica a plasticidade funcional destas moléculas e reforça a importância do entendimento das vias de silenciamento gênico, para futuros trabalhos envolvendo a manipulação e o desenvolvimento da cultura do café.