Navegando por Autor "Vidal, Ramon"
Agora exibindo 1 - 2 de 2
- Resultados por Página
- Opções de Ordenação
Item ANALISE IN SILICO E IN VIVO DA DIVERSIDADE NUCLEOTIDICA EM Coffea spp.(2009) Vidal, Ramon; Yamagui, Karina; Ferreira, Lucia Pires; Lannes, Sérgio Dias; Vieira, Luiz G. E.; Mondego, Jorge; Carazzolle, Marcelo F.; Pereira, Gonçalo A.; Pot, David; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - CaféPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs – Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs – Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.Item CONSTRUÇÃO DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA DA RESISTÊNCIA À SECA DO CAFÉ A PARTIR DE DADOS DE SEQUENCIAMENTO DE SEGUNDA GERAÇÃO(2011) Vidal, Ramon; Leroy, Thierry; De Bellis, Fabien; Pot, David; Rodrigues, Gustavo Costa; Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães; Andrade, Alan Carvalho; Marraccini, Pierre; Embrapa - CaféPara estudar os mecanismos moleculares envolvidos na resistência à seca em plantas de café, meristemas de ramos plagiotrópicos dos cultivares de Coffea arabica, IAPAR59 (I59 - planta com provável resistência à seca) e Rubi (R - planta com pouca resistência à seca) crescidas em condições normais (I) e de estresse hídrico (NI) foram coletados e usados para construção de bibliotecas de cDNA que foram sequenciados usando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Após tratamento dos dados brutos, foram obtidas 207.516, 109.005, 250.413 e 173.693 reads das amostras de I59-I, I59-NI, R-I e R-NI, respectivamente, totalizando mais de 255 Mb. Todas essas bibliotecas foram mapeadas no transcriptoma de Coffea arabica para identificação indireta da expressão de cada gene para cada condição. Do transcriptoma total formado por 55578 contigs, 48730 contigs tiveram reads mapeados e 7899 novos contigs foram formados. Com o banco de dados é possível identificar genes e grupos de genes expressos exclusivamente por uma espécie ou outra, em condição de estresse hídrico ou não. Esses são os primeiros dados de meristema de café submetidos a estresse hídrico, os resultados dessa comparação serão apresentados como dados preliminares de um northern eletrônico para identificação de genes diferencialmente expressos em ambos os cultivares em ambas as condições.