Navegando por Autor "Vieira, Luiz G. E."

Agora exibindo 1 - 2 de 2

ANALISE IN SILICO E IN VIVO DA DIVERSIDADE NUCLEOTIDICA EM Coffea spp.
(2009) Vidal, Ramon; Yamagui, Karina; Ferreira, Lucia Pires; Lannes, Sérgio Dias; Vieira, Luiz G. E.; Mondego, Jorge; Carazzolle, Marcelo F.; Pereira, Gonçalo A.; Pot, David; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - Café
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs – Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs – Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.
CONSTRUÇÃO DE UM MAPA GENÉTICO A PARTIR DE UMA POPULAÇÃO F 2 DERIVADA DO CRUZAMENTO ENTRE Coffea arabica E C. canephora E SUA UTILIDADE PARA QUALIDADE DE BEBIDA
(2009) Priolli, Regina H. G.; Ramos, Luis Carlos S.; Pot, David; Moller, Milene; Gallo, Paulo B.; Pastina, Maria M.; Garcia, Antonio A. F.; Yamamoto, Paula Y.; Lannes, Sérgio D.; Vieira, Luiz G. E.; Ferreira, Lucia P.; Mazzafera, Paulo; Pereira, Luiz Filipe P.; Colombo, Carlos A.; Embrapa - Café
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F 2 criada a partir da autofecundação do híbrido F 1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F 2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um total de 1011 cM foram obtidos, com uma distância média entre as marcas de 5,98 cm e 4,6 marcadores por grupo de ligação. Quarenta e seis marcadores associados a características agronômicas de interesse foram encontrados, dos quais, dezenove foram associados com teor de açúcar, oito de cafeína, oito para CGA, um para a cafeína e CGA e dez para a produção total por planta. A análise baseada em marcadores de dose única permitiu obter informação de QTL putativo associado à qualidade de bebida do café e produtividade. Marcadores adicionais serão incluídos a este trabalho para maior cobertura do genoma café.