Navegando por Autor "Yamamoto, Paula Yuri"

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Análise de expressão diferencial de proteases em sementes de Coffea arabica
(2007) Yamamoto, Paula Yuri; Nobile, Paula Macedo; Abreu, Hellen Marília Couto de; Mazzafera, Paulo; Colombo, Carlos Augusto; Embrapa - Café
Cafés colhidos em regiões mais quentes apresentaram diferenças marcantes na qualidade da bebida ao mesmo tempo que níveis diferenciados de atividade de proteases. Diante dessas evidências observadas em nossos laboratórios, o presente estudo teve por objetivo estudar a expressão de genes envolvidos na produção de proteases em frutos de uma mesma variedade de café em diferentes estádios de desenvolvimento e de dois locais edafoclimaticamente distintos (Adamantina e Mococa). Cinco genes representando proteases do grupo asparagina e cisteína foram adotados para estudo de expressão diferencial em função de terem sido encontrados apenas em bibliotecas de fruto do banco de ESTs do Genoma café. Paralelamente, foram testados quatro genes constitutivos para serem utilizados como normalizadores da técnica de RT-PCR em frutos de café, tendo sido adotados GPDH C e CyP. As maiores diferenças de expressão foram observadas entre os diferentes estádios de maturação (frutos verdes e cerejas). Dentre os frutos coletados em Mococa, o verde expressou até 13,93 vezes mais que o cereja para o gene de Cis 5. Por outro lado, essa diferença de expressão não foi observada entre os dois estádios de maturação dos frutos de Adamantina. O gene Cis 8 de fruto verde foi mais expresso em ambas as localidades. O gene de Cis 22 apresentou menor taxa de transcrição no fruto verde que em fruto cereja, nas duas localidades avaliadas. Estes dados mostram que as transcrições desses genes variam durante a maturação dos frutos do café e provavelmente são influenciadas pelas condições ambientais de cultivo. Para avaliar a expressão diferencial das proteases em locais de cultivo que apresentam temperaturas contrastantes foram utilizados frutos em mesmo estádio de desenvolvimento, variando apenas a localidade. Três genes de cisteína revelaram valores significativos de diferença de expressão em Adamantina em relação a Mococa. No estádio cereja foi detectada uma diferença de expressão de protease aproximadamente 5 vezes maior em Adamantina em relação a Mococa para o gene Cis 5. Ao contrário, nos frutos verdes a expressão da Cis 5 foi em média três vezes maior em Mococa, onde a temperatura média anual é mais baixa do que em Adamantina. O gene similar a Cis 5, que codifica uma cisteina endopeptidase do tipo papaína do grão de mamona (Ricinus communis L.) possui a capacidade de processar o precursor da proteina glyoxysomal malate dehydrogenase e a literatura sugere que esta enzima tem como função transferir os metabólicos de um tecido para outro emergente. Apesar da influência das proteases na qualidade de bebida do café ainda dependa de análises bioquímicas e sensoriais, foi possível elucidar o estabelecimento de uma estreita relação na expressão dessas enzimas com fatores ambientais.
DETECÇÃO DE POLIMORFISMO DE ÚNICA BASE (SNPs) PELAS TÉCNICAS DE PCR- RFLP E ARMS-PCR NO CAFÉ
(2011) Schincariol, Luciana Pasqualini; Yamamoto, Paula Yuri; Colombo, Carlos Augusto; Embrapa - Café
O desenvolvimento de mapas genéticos é uma das aplicações de maior impacto da tecnologia de marcadores moleculares quando o interesse é a localização de genes que controlam características de importância econômica, como produção de grãos, qualidade, altura de planta, teor de proteína, resistência a doenças, etc. Elas resultam da ação cumulativa de um conjunto de genes e tais características são denominadas poligênicas e os locos que as controlam chamados de QTL. Apesar da sua importância econômica de destaque, há poucos estudos de mapas genéticos associados a marcadores moleculares no cafeeiro. O crescente interesse sobre a qualidade de bebida no café estimula a utilização de marcadores moleculares para utilização em práticas de seleção assistida. Uma classe importante de marcadores moleculares consiste no polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs e INDELs) derivado de diferenças em um único par de bases na seqüência do DNA de indivíduos de uma mesma espécie. Como constituem as formas mais abundantes de variações do genoma, os SNPs podem fornecer uma fonte para saturação de mapas genéticos, aumentando sua precisão. Assim, o presente estudo teve por finalidade detectar e validar marcadores do tipo SNPs derivados de genes envolvidos com qualidade de bebida em café para fins de mapeamento.
NOVOS MARCADORES PARA FINS DE MAPEAMENTO E LOCALIZAÇÃO DE QTLs A PARTIR DE PCR-RFLP DE GENES DO GENOMA CAFÉ BRASILEIRO
(2009) Colombo, Carlos Augusto; Yamamoto, Paula Yuri; Ramos, Luis Carlos S.; Mazzafera, Paulo; Gallo, Paulo Boller; Vilella, Otávia T.; Lannes, Sérgio D.; Pot, David; Ferreira, Lucia P.; Vieira, Luiz Gonzaga E.; Pereira, Luiz Filipe P.; Embrapa - Café
O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x. Após a obtenção dos amplificados, estes foram digeridos com diversas enzimas de restrição de quatro bases (Alu I, Dde I, Eco RI, Hae III, Mse I e Msp, Fnu DII, Taq I; Scr FI). Dos seis genes analisados, quatro deles apresentaram segregação do tipo 3:1 na população F2 (Cisteína 8, Cisteína 5, β-Fructosidase e Sacarose Fosfato Sintase), demonstrando a utilização dos mesmos para fins de mapeamento.