Entre as técnicas de biologia avançada desenvolvidas nos últimos 10 anos, as que permitem a quantificação da expressão de genes em diversas situações biológicas têm tido importância crescente para Programas de Melhoramento. A partir dessas análises quantitativas, é possível identificar genes diferencialmente expressos associados às mais diversas condições biológicas e agronômicas, tais como resistência a estresses bióticos e abióticos, produtividade, composição química, e também com estágios de desenvolvimento específicos, tecidos e órgãos determinados, entre outras. A partir deste tipo de estudo, pode-se avaliar genes-candidatos para transferência para outras plantas, genes que servirão como marcadores para seleção-assistida de características desejáveis, ou então selecionar genes-marcadores que servirão para marcar uma fase de desenvolvimento específica.
