Identificação e caracterização de ESTs presentes no banco do genoma café relacionados a proteases

Abstract

Evidências recentes indicam que proteases podem ter importante papel na qualidade de bebida de cafeeiros cultivados em regiões com temperaturas médias anuais contrastantes. Assim, o objetivo do presente trabalho foi identificar ESTs apresentando alta similaridade com proteases no banco de dados do Projeto Genoma Café. Cerca de 1800 reads foram identificados e blastados. Contigs contendo em sua maioria seqüências de bibliotecas de frutos foram classificadas nos em serinas, cisteínas, aspárticas e metalo proteinases. Em seguida tais contigs foram submetidos a uma análise filogenética com seqüências similares encontradas em bancos públicos como também identificados os domínios funcionais das mesmas. Primers para amplificação destes domínios foram desenhados e o próximo passo será verificar o nível de expressão destes genes em endospermas de frutos de café provenientes de locais com temperaturas contrastantes.

Recent evidences indicate that proteases may have an important role in the quality of beverage obtained from coffee beans from plants cultivated in areas contrasting in annual mean temperatures. Therefore, the aim of this study was to identify ESTs displaying high similarity to proteases in the Coffee Genome database. Approximately 1,800 reads were identified and blasted. Then we selected the contigs displaying similarity with proteases from seeds and they were classified as serine, cisteine, aspartate or metallo proteinases. Subsequentely, the contigs were subjected to phylogenetic analysis and we also identified their functional domains. Primers based on these domains were designed and in a next step they will be used to study the expression of these genes in the endosperm of coffee fruits collected from plants growing in areas contrasting in temperature.