Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica

Abstract

O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos F2 da população H464-2. Essa análise permitiu verificar o posicionamento desse marcador no grupo de ligação 9, a 36,2 cM do marcador K13c no mapa genético de Coffea arabica previamente desenvolvido com marcadores RAPD.Twelve thousand and nine sequences potentially involved in the resistance of the coffee tree to diseases were identified in the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) database by in silico analysis. Based on those sequences, specific primers were designed in order to amplify sequences of the coffee genomic DNA. Forty specific primers were obtained and their reaction and amplification conditions were tested. Twenty nine primers amplified fragments of approximately 400 bp, showing unique and sharp bands, and only one was polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. The primer CARF 005 amplified one fragment in 154 F2 individuals of the population H464-2. That analysis permitted to verify the position of this marker in the linkage group 9, at 36,2 cM from marker K13c in the genetic map of Coffea arabica previously developed with RAPD markers.