MICROSSATÉLITES PARA A CARACTERIZAÇÃO DE Coffea arabica

Abstract

A caracterização de genótipos é importante tanto em bancos de germoplasma quanto para o registro de cultivares. Para a maioria das espécies, esta caracterização é realizada por meio de marcadores morfológicos que podem apresentar algumas limitações para distinção de cultivares de espécies como o cafeeiro que apresenta base genética estreita. Além disso, os marcadores morfológicos podem ser influenciados pelo ambiente, apresentar baixo grau de polimorfismo ou serem dependentes do estádio de desenvolvimento da planta. Os marcadores moleculares SSR podem ser uma alternativa para a identificação de cultivares de café por apresentarem ampla cobertura do genoma e, geralmente, elevado grau de polimorfismo. Este trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar 12 cultivares e três clones de café arabica utilizando marcadores SSR. Trinta e quatro locos SSR desenvolvidos a partir de etiquetas de sequências expressas (EST) disponíveis no Projeto do Genoma Café, e também outros três locos já publicados (Sat 225, Sat 229 e Sat259) foram utilizados neste estudo. Os locos LEG 11, LEG 13, LEG 29, LEG 26, LEG 32, P18 e SAT 225 foram polimórficos entre os genótipos e permitiram caracterizar as cultivares Acauã, IBC-Palma 2, Sabiá Tardio e Icatu Amarelo IAC 3282. No dendrograma gerado pelos marcadores SSR observou-se que a cultivar Acauã apresentou o menor índice de similaridade genética (0,88) em relação aos demais materiais envolvidos neste estudo, não sendo possível observar distância genética entre clone 3, Catuaí Vermelho IAC 144, Catuaí Amarelo IAC 62, Catucaí Vermelho 2015 cv.476, Catucaí Amarelo 2015 cv.479, Mundo Novo IAC 376-4, Obatã e Paraíso. Pelas características de base genética estreita do cafeeiro se faz necessária a utilização de um maior número de locos SSR para a caracterização de todas as cultivares e clones deste estudo.

Genotype characterization is important for both germplasm banks and commercial cultivars registration. For the majority of species this characterization process is performed by morphological markers that have some limitations to distinct cultivars in species such as coffee because of its narrow genetic base. Besides that, morphologicalmarkers may be affected by the environment, low polymorphism degree and plant development. SSR markers can be an lternative for coffee cultivar identification because they have a wide genome coverage and high polymorphism degree. The objective of this study was to characterize 12 cultivars and three clones of arabica coffee using SSR markers. Thirty four SSR loci that were developed by the EST-Brazilian Coffee Genome Project and other three published loci (Sat 225, Sat 229 and Sat 259) were evaluated. Loci LEG 11, LEG 13, LEG 29, LEG 26, LEG 32, P18 and SAT 225 showed polymorphism between genotypes and were able to distinguish Acauã, IBC-Palma 2, Sabiá Tardio and Icatu Amarelo IAC 3282 cultivars. In the dendrogram generated by SSR markers Acauã cultivar showed the lowest similarity index (0.88) when compared to the others. It was no possible to identify genetic distance among clone 3, Catuaí Vermelho IAC 144, Catuaí Amarelo IAC 62, Catucaí Vermelho 2015 cv.476, Catucaí Amarelo 2015 cv.479, Mundo Novo IAC 376-4, Obatã e Paraíso. It was found that due to the narrow genetic base of coffee it is necessary a greater number of SSR loci to characterize all genotypes.