Study of simple sequence repeat markers from coffee expressed sequences associated to leaf miner resistance

dc.contributor.authorPinto, Fernanda de Oliveira
dc.contributor.authorMaluf, Mirian Perez
dc.contributor.authorGuerreiro-Filho, Oliveiro
dc.date.accessioned2018-11-28T11:29:09Z
dc.date.available2018-11-28T11:29:09Z
dc.date.issued2007-03
dc.description.abstractThe objective of this work was to identify expressed simple sequence repeats (SSR) markers associated to leaf miner resistance in coffee progenies. Identification of SSR markers was accomplished by directed searches on the Brazilian Coffee Expressed Sequence Tags (EST) database. Sequence analysis of 32 selected SSR loci showed that 65% repeats are of tetra-, 21% of tri- and 14% of dinucleotides. Also, expressed SSR are localized frequently in the 5’–UTR of gene transcript. Moreover, most of the genes containing SSR are associated with defense mechanisms. Polymorphisms were analyzed in progenies segregating for resistance to the leaf miner and corresponding to advanced generations of a Coffea arabica x Coffea racemosa hybrid. Frequency of SSR alleles was 2.1 per locus. However, no polymorphism associated with leaf miner resistance was identified. These results suggest that marker-assisted selection in coffee breeding should be performed on the initial cross, in which genetic variability is still significant.pt_BR
dc.description.abstractO objetivo deste trabalho foi identificar marcadores do tipo microssatélite (SSR) associados à resis- tência ao bicho-mineiro. A identificação dos marcadores foi feita por meio de buscas dirigidas no banco de seqüências expressas (EST) de café. Foram selecionadas 32 sequências microssatélites expressas em folhas e relacionadas a mecanismos de defesa. Os locos SSR avaliados apresentaram, em sua maioria, repetições mais complexas, com: 65% das repetições de tetranucleotídeos, 21% de trinucleotídeos e 14% de dinucleotídeos. Os locos avaliados estão freqüentemente localizados na região 5’-UTR do gene e envolvidos com mecanismos de defesa. Polimorfismos foram avaliados em progênies avançadas de cruzamentos entre Coffea racemosa x Coffea arabica, segregantes para resistência ao bicho-mineiro. Destes 32 oligonucleotídeos, 29 amplificaram os locos SSR esperados, e o número médio de alelos por loco foi de 2,1. Não foram identificados alelos polimórficos associados à resistência ao bicho-mineiro. Esses resultados sugerem que a seleção assistida por marcadores, em café, deve ser realizada em cruzamentos iniciais, nos quais a variabilidade genética é maior.pt_BR
dc.formatpdfpt_BR
dc.identifier.citationPINTO, F. O.; MALUF, M. P.; GUERREIRO-FILHO, O. Study of simple sequence repeat markers from coffee expressed sequences associated to leaf miner resistance. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília,v.42, n.3, p.377-384, mar. 2007.pt_BR
dc.identifier.issn1678-3921
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2007000300011pt_BR
dc.identifier.urihttp://www.sbicafe.ufv.br/handle/123456789/10414
dc.language.isoenpt_BR
dc.publisherEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapapt_BR
dc.relation.ispartofseriesPesquisa Agropecuária Brasileira;v.42, n.3, p.377-384, 2007
dc.rightsOpen Accesspt_BR
dc.subjectLeucoptera coffeellapt_BR
dc.subjectMicrossatélitespt_BR
dc.subjectMarcadores molecularespt_BR
dc.subject.classificationCafeicultura::Genética e melhoramentopt_BR
dc.titleStudy of simple sequence repeat markers from coffee expressed sequences associated to leaf miner resistancept_BR
dc.titleEstudo de marcadores microssatélites em seqüências expressas de café associadas à resistência ao bicho-mineiropt_BR
dc.typeArtigopt_BR

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