O uso de RAPD associado a enzimas de restrição para detectar variabilidade genética no banco de germoplasma de Coffea arabica L. do IAPAR

Abstract

A variabilidade genética existente entre 40 acessos de Coffea arabica foi avaliada utilizando RAPD associado a uma pré-digestão do DNA genômico com endonucleases de restrição. Os acessos analisados fazem parte da coleção de Coffea mantida no Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR). A variabilidade genética e a relação entre os acessos foram analisadas utilizando 184 primers. Entretanto, nenhum polimorfismo ou baixo nível de bandas polimórficas foi observada em cada primer. Para melhorar a eficiência na detecção do polimorfismo, o DNA genômico de todos os acessos foi submetido à digestão com enzimas de restrição antes da amplificação. Treze primers utilizados associados ou não às enzimas de restrição, que sugeriram polimorfismo, foram selecionados. Um dendrograma foi construído utilizando o agrupamento UPGMA. Um total de 236 produtos de amplificação foi obtido, com 216 bandas polimórficas (91,5%). Os resultados mostraram a utilidade das enzimas de restrição para estimar a relação genética dos acessos de C. arabica.The genetic variability of 40 accessions was evaluated using random amplified polymorphic DNA (RAPD) associated with a prior restriction digestion of genomic DNA by restriction endonucleases. The accessions analised were part of the Coffea collection maintained at the Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR), located in Londrina, Paraná. The genetic variability and the relatedness among all accessions were evaluated using 184 RAPD primers. However, no polymorphism or low level of polymorphic bands was observed with each primer. To improve the efficiency in the detection of polymorphism, the genomic DNA of all accessions were submitted to digestion with restriction endonucleases before amplification. Thirteen primers used alone or associated with restriction enzymes, that suggested polymorphism were selected. A dendrogram was constructed using UPGMA. A total of 236 amplification products were obtained, with 216 polymorphic bands (91,5%). The results showed the usefulness of restriction enzymes to estimate the genetic relationship of C. arabica accessions.