Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix

Abstract

Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e três são ancestrais e geograficamente mais bem distribuídos. A região ITS de H. vastatrix é altamente variável e mostrou que existe variação intra-especifica e que a maioria dos haplótipos é restrita a uma única população. As raças fisiológicas e as populações coletadas no campo possuem seqüências com níveis similares de diversidade genética e nucleotídica. A diversidade de H. vastatrix dentro das lavouras foi mais elevada (90,3%) do que entre eles (9,7%).The internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and the 5,8S gene of the nuclear ribosomal DNA (rDNA) from 15 populations of H. vastatrix were PCR-amplified to assess genetic diversity. The amplified fragments were cloned and four to seven resultant clones were sequenced. The 82 sequences revealed 68 haplotypes defined by 63 base substitutions and five indels. Among the 68 haplotypes, 64 were unique, each one of them was detected in a single field; two (1 and 2) were shared among different fields and two (19 and 29) were unique, but detected twice in the same field. The haplotypes generated one unique net showing that 65 haplotypes have a more recent origin and a restricted distribution and three are ancestral haplotypes and geographically distributed. The ITS region of H. vastatrix is highly variable, and it was shown that there is an intra-specific variation and that most of the haplotypes are restricted to a single population. The samples characterized as physiologic races and the field populations share sequences with similar levels of genetic and nucleotides diversity. The H. vastatrix population diversity inside the field was higher (90.3%) than among them (9,7%).