Navegando por Autor "Pena, Guilherme Ferreira"
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Item Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee(Instituto Agronômico (IAC), 2009-07) Missio, Robson Fernando; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Pena, Guilherme Ferreira; Ribeiro, Ana Paula; Zambolim, Laércio; Pereira, Antônio Alves; Sakiyama, Ney SussumuEST-SSR markers were used to investigate the genetic diversity among and within coffee populations, to explore the possibility of their use for fingerprinting of cultivars and to assist breeding programs. Seventeen markers, developed from ESTs (Expressed Sequence Tags) from the Brazilian Coffee Genome Project, were used. All markers showed polymorphism among the genotypes assessed. The average number of allele per primer was 5.1. The highest polymorphisms were found within C. canephora (88.2%) and rust-resistant varieties (35.3%). About 29.4% of the markers differentiated C. arabica from Híbrido de Timor; it was also possible to identify those closest and farthest from C. arabica . The analysis of population-grouped genotypes revealed a 64.0% genetic diversity among and a 36.0% genetic diversity within populations. The differentiation index was 0.637. Six markers distinguished four rust-resistance varieties, showing their fingerprinting potential. These results demonstrate the usefulness of EST-SSR markers for cross orientation, in diversity and introgression studies, and in genetic mapping.Item Breeding potential and genetic diversity of “Híbrido do Timor” coffee evaluated by molecular markers(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2010-06-20) Setotaw, Tesfahun Alemu; Caixeta, Eveline Teixeira; Pena, Guilherme Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Pereira, Antonio Alves; Sakiyama, Ney SussumuAFLP, RAPD and SSR molecular markers were used to study the genetic diversity and genetic structure of the Híbrido de Timor germplasm. The principal coordinate analysis, UPGMA cluster analysis based on genetic dissimilarity of Jaccard, Bayesian model-based cluster analysis, percentage of polymorphic loci, Shannon’s information index and Nei gene diversity were employed to assess the genetic diversity. The analyses demonstrated a high genetic diversity among Híbrido de Timor accessions. UPGMA and Bayesian cluster analyses grouped the accessions into three clusters. The genetic structure of Híbrido de Timor is reported. The management of Híbrido de Timor germplasm variability and its potential use in breeding programs are discussed.Item IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE MICROSSATÉLITES PROVENIENTES DE SEQUÊNCIAS EXPRESSAS DO PROJETO BRASILEIRO DO GENOMA CAF(2009) Pena, Guilherme Ferreira; Caixeta, Eveline Teixeira; Ferreira, Juliano Lino; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféDentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs.Item Marcadores microssatélites para o cafeeiro(2005) Rufino, Raphael José Nascif; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Pena, Guilherme Ferreira; Almeida, Robson Ferreira de; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO presente trabalho foi realizado com o objetivo de testar e adaptar marcadores microssatélites para serem rotineiramente utilizados nos trabalhos de genética e melhoramento do cafeeiro. Para isso, foram ajustadas as condições de amplificação de 24 primers microssatélites de café, disponibilizados na literatura. Estes primers, desenvolvidos para Coffea arabica, foram também testados em outras espécies de cafeeiro de importância para o melhoramento visando verificar sua utilidade como primer heterólogo. A adaptação das condições de reação e de amplificação permitiu o uso de 18 primers, sendo que a maioria deles amplificou as três espécies analisadas. O nível de polimorfismo desses microssatélites foi investigado pela amplificação de 60 genótipos, incluindo C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e Híbrido de Timor (HT). Observou-se um alto polimorfismo e uma variação de 2 a 9 alelos por marcador. Metade dos primers testados apresentou polimorfismo em C. canephora e 33,3% deles foram polimórficos entre os HT. Foi possível discriminar todos os acessos de C. canephora analisados. Os HT, em geral, apresentaram padrão de bandas semelhante ao dos C. arabica, sendo que seis primers apresentaram polimorfismo, possibilitando a discriminação de 13 acessos, não diferenciados em estudos anteriores com marcadores RAPD. Os resultados demonstraram o potencial dos microssatélites para diferenciar indivíduos geneticamente próximos. Em trabalhos futuros, pretende-se desenvolver novos microssatélites a partir das ESTs do Genoma/Café. Esses novos marcadores, juntamente com os primers adaptados neste trabalho, constituirão em uma importante ferramenta para os estudos genéticos do café no Brasil.Item Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2013-12) Souza, Flávio de França; Caixeta, Eveline Teixeira; Ferrão, Luís Felipe Ventorim; Pena, Guilherme Ferreira; Sakiyama, Ney Sussumu; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Cruz, Cosme DamiãoThis work aimed to characterize accessions that represent the C. canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. A total of 130 accessions from germplasm banks of IAC (São Paulo), UFV (Minas Gerais) and also collected in plantations of the State of Espírito Santo and Rondônia were evaluated with a set of 20 new microsatellite primers. Multivariate methods were used to estimate the relationship among the accessions. High level of polymorphism and two major diversity clusters were identified. First cluster was composed by the accessions conserved in the IAC and UFV collections and the second was formed by accessions collected in areas under cultivation. Accessions from Espírito Santo and Rondônia were clear separated, composing two subclusters. Despite the great polymorphism found in Brazilian plantations, the diversity may be increased, because a new threshold in the genetic gains is expected on breeding programs with the intensification of the use of conserved germplasm