Navegando por Autor "Soares, Taís Cristina Bastos"
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Item Genotipagem por sequenciamento para identificação de SNPs e associação com características agronômicas em Coffea canephora(Universidade Federal do Espírito Santo, 2016-02-23) Motta, Ludymila Brandão; Soares, Taís Cristina BastosA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3‘UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores.Item Molecular characterization of arabica and conilon coffee plants genotypes by ssr and issr markers(Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar, 2014-09) Motta, Ludymila Brandão; Soares, Taís Cristina Bastos; Ferrão, Maria Amélia Gava; Caixeta, Eveline Teixeira; Lorenzoni, Rodrigo Monte; Souza Neto, José Dias deThe molecular characterization of ten genotypes of the Coffea arabica plants and of seven genotypes of C. canephora having interesting features for coffee breeding programs was carried to select the parents for breeding. A total of 40 SSR and 29 ISSR primers were used. The primers generated a total of 331 (307 polymorphic and 24 monomorphic) bands. Analysis of genetic diversity presented dissimilarity intervals ranging from 0.22 to 0.44 between the Conilon genotypes, from 0.02 to 0.28 between the Arabica genotypes, and from 0.49 to 0.60 between the genotypes of the two species in the joint analysis. Four groups were formed: I = genotypes of C. arabica, II = four progenies of C. canephora, Conilon group, and one non defined C. canephora (Conilon or Robusta), III = one progeny of un-defined C. canephora (Conilon or Robusta) and IV = one progeny of C. canephora of Robusta group. The grouping formed was consistent with the origins of each group. High stabilities of the bifurcations were found by bootstrap analysis. The use of molecular markers of the SSR and ISSR types in the diversity study was efficient in distinguishing genotypes between and within C. arabica and C. canephora.Item Respostas morfofisiológicas e herança materna para tolerância à seca em progênies de café conilon(Universidade Federal do Espírito Santo, 2017-02-22) Sobreira, Franciele Barros de Souza; Soares, Taís Cristina BastosO café é atualmente uma das principais commodities no Brasil. Dentre muitos trabalhos realizados visando a melhoria desta cultura, a busca por materiais mais adaptados as variações climáticas, em especial à seca, tem se destacado. Este fato se deve, principalmente, às mudanças climáticas que estão ocorrendo em muitas regiões brasileiras. A análise morfológica e fisiológica nas plantas tem auxiliado na seleção de genótipos tolerantes à seca, para avaliação de superioridade em programas de melhoramento genético. O objetivo deste trabalho foi avaliar características morfofisiológicas em progênies de café conilon submetidas à seca, avaliando a morfologia das plantas, fotossíntese e quantificação química dos tecidos foliares, para verificar a variabilidade das progênies, avaliar a possibilidade de herança materna extracromossômica para tolerância à seca e identificar genótipos mais tolerantes à seca. O experimento foi conduzido na Fazenda Experimental do Incaper de Marilândia – ES e utilizou-se duas populações de Coffea canephora, derivadas do cruzamento entre o clone 109, suscetível, e o clone 120, tolerante à seca (120x109 e 109x120). Para avaliação do experimento e conclusões dos resultados foi utilizado à estatística descritiva e análises de componentes principais (ACP). Observou- se, através das medidas de posição e dispersão que, houve muitas modificações entre as variáveis ao longo do período das análises (Julho/2015, dezembro/2015 e abril/2016), ampla variabilidade entre os indivíduos dentro de cada época de avaliação e que abril de 2016 foi o período mais crítico de seca, dentre os períodos avaliados, ocorrendo, na maioria das vezes, diminuições das médias dos parâmetros analisados e maiores variações nas progênies. Em julho e dezembro de 2015 a população 109x120 apresentou as maiores médias, porém em abril de 2016 a população 120x109 exibiu maiores médias. Estas alterações foram aliadas a herança materna extracromossômica, principalmente cloroplastídica, devido às diferenças nas médias dos cruzamentos recíprocos, para maioria das variáveis. Houve uma maior manifestação das características do clone 109, como mãe receptora de pólen, em julho e dezembro de 2015, nas progênies 109x120, período de maior hidratação das plantas. Em abril de 2016, período crítico de seca, houve maior manifestação do clone 120, na população 120x109, por isso apresentou melhores médias. Em virtude das variabilidades observadas entre os indivíduos, foram utilizadas as ACP para identificar os parâmetros que melhor representassem a variação entre os indivíduos. Foram avaliados dez parâmetros em julho, nove em dezembro e abril, em todos os indivíduos, demonstrando que aproximadamente 80% da variação observada pode ser explicada por cinco e seis componentes principais (CP) na população 120x109, e quatro e cinco componentes na 109x120. Cada CP representou uma proporção da variação e foi correlacionado em diferentes graus aos parâmetros medidos. Atentou-se para as informações do CP1 e CP2, em abril de 2016, verificando uma melhor condição de crescimento na população 120x109, devido à alta correlação positiva com RAF (razão da área foliar), AFU (área foliar unitária), AFE (área foliar específica), FT (fenol total), prolina e ETR (taxa de transferência de elétrons), que são importantes correlações entre as variáveis, para o desenvolvimento das plantas em condições de estresse hídrico. Devido as diferentes correlações das ACP com os parâmetros, foi realizado um agrupamento hierárquico UPGMA, baseado na distância euclidiana média, para discriminar as diferenciações entre os indivíduos. Para a população 120x109, foram identificados oito grupos em julho/2015, dez em dezembro/2015 e sete em abril/2016. Para a população 109x120, quatro grupos em julho/2015, três em dezembro/2015 e três em abril/2016. Baseado na média dos grupos para cada parâmetro constatou-se que em abril de 2016, período crítico de seca, alguns indivíduos conseguiram manter melhores características morfofisiológica, como as apresentadas nos grupos 3, 5 e 7, representados pelos indivíduos 1, 2, 12, 13, 17, 26, 28, 50 e 58 da população 120x109, demonstrando destaque fenológico para tolerar mais à seca, sendo as variáveis AFE, RAF, A, ETR, gs e A/gs, mais relevantes na discriminação dos genótipos. Os genótipos 1, 26, 56 e 58, exibiram maior dissimilaridade, porém o indivíduo 56 foi mais caracterizado como susceptível à seca. Foi demonstrado também que existem outros indivíduos que possuem características semelhantes com os selecionados para tolerância e, que, merecem ser melhor explorados, como os indivíduos 8, 9, 14, 22, 25, 29 para tolerância e os genótipos 20, 21, 23, 31, 32, 33, 34, 35 para susceptibilidade à seca. Em síntese, grande parte dos mecanismos de resistência à seca, no café conilon, são governados por herança materna extracromossômica e foi possível identificar genótipos mais tolerantes à seca.