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Tem arquivos: NãoAssunto: search.filters.subject.Café Bactérias cultiváveis Bactérias não-cultiváveis Microbiologia Microrganismos endofíticos

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    Diversidade de bactérias endofíticas em frutos de café
    (Universidade Federal de Viçosa, 2008) Cordero, Alexander Francisco Perez; Borges, Arnaldo Chaer; Universidade Federal de Viçosa
    O objetivo do presente trabalho foi estudar a diversidade de bactérias endofíticas associadas aos frutos em quatro cultivares de Coffea arabica L., em diferentes altitudes na Zona da Mata Norte, Minas Gerais, Brasil. As amostras de frutos sadios, no estádio cereja, foram coletadas em lavouras de Catuaí Amarelo, Catuaí Vermelho, Bourbon Amarelo e Bourbon Vermelho. O isolamento e a quantificação de bactérias dos frutos foram realizados em meio de cultura R2A, estabelecendo-se uma coleção de culturas de bactérias endofíticas e epifíticas de frutos de café no Laboratório de Ecologia Microbiana (LEM) do Departamento de Microbiologia com 381 isolados, dos quais 134 de endofíticas. Entre essas foram identificados e descritos 48 morfotipos, que constituíram o universo-base para o presente estudo. A identificação fenotípica foi por características culturais e análises de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME) pelo sistema de identificação Sherlock®(MIDI). O estudo das endofíticas cultiváveis foi realizado com dados do seqüenciamento direto de amplicons obtidos por PCR, enquanto que para o das não-cultiváveis foram utilizados primer específicos para grupos de bactérias de três filos, Proteobacteria classes, [alfa], [Beta] e y, Firmicutes e Actinobacteria, sendo os produtos do Nested-PCR analisados por eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE). Nas amostras de café cereja a altitudes entre 676 até 1.187 m, as densidades de endofíticas variaram, em UFC.fruto-1, de 2,93 x 104 a 6,2 x 106 em Catuaí Amarelo; 7,6 x 104 a 6,0 x 106 em Catuaí Vermelho; 1,24 x 104 a 1,35 x 106 em Bourbon Amarelo e 4,6 x 104 a 2,69 x 106 em Bourbon Vermelho. As médias de densidades populacionais de bactérias endofíticas, em relação a cultivares e à altitude, diferiram (p<0,05) entre si. Os maiores valores das médias a altitudes superiores a 1.000 m, em Catuaí Vermelho e Bourbon Vermelho, diferiram (p<0,05) das de Catuaí, Amarelo e Vermelho à 676 m . A correlação simples por Pearson mostrou relação positiva (p<0,05) entre as contagens e altitude. As endofíticas cultiváveis foram identificadas com base no perfil FAME/MIDI como sendo de isolados de Curtubacterium flaccumfaciens betae/oortii (LEM CA16, LEM CV20, LEM CA25 e LEM CA28), Brevibacterium epidermis/oidium (LEM BV41), Microbacterium barkeri (LEM CA26 e LEM BV37), Microbacterium luteolum (LEM CA01), Pectinobacterium carotovorum/carotovorum (LEM CA30, LEM CV35, LEM BV38, LEM BA43 e LEM BA45), Pseudomonas putida biótipo A (LEM BA47), Salmonella typhymurium GC grupo B (LEM CV19), Staphylococcus simulans (LEM CV23) e Bacillus sp. (LEM CV24). A análise filogenética com uso de seqüências de rDNA 16S mostrou, para o isolado LEM CV24 uma maior identidade com Bacillus niacini AJ21160.1, enquanto o LEM BV39 correspondeu a Enterobacter amnigenus EU340927.1, e os isolados LEM CA01 e BV37 a Microbacterium sp. Das bactérias endofíticas associadas a cultivares de café, P. carotovorum/carotovorum, S. typhymurium, B. epidermis/oidium, S. simulans, B. niacini e E. amnigenus, são relatadas pela primeira vez como endofíticas em frutos de cafeeiros arábica. As análises de diversidade de bactérias totais, endofíticas e epifíticas, por PCR-DGGE utilizando o primer universal (F948GC/R1378), revelaram a presença de 80 unidades taxonômicas operacionais (UTOs), enquanto a riqueza de endofíticas correspondeu a 64 UTOs. Entretanto, com a utilização de grupos de primer específicos, Nested-PCR, a diversidade de bactérias endofíticas correspondeu a uma riqueza de 110 UTOS para o filo Firmicutes, 71 para y-Proteobacteria e 50 UTOs para Actinobacteria. A constatação da existência de diversidade de endofíticas em C. arábica evidencia a urgência de estudos funcionais desta microbiota, especialmente com relação a compostos precursores de aroma, sabor e acidez, de interesse para produção comercial de cafés de qualidade superior.