O programa de melhoramento genético do cafeeiro demanda alto custo e disponibilidade de tempo até o lançamento de cultivares, sendo a utilização de marcadores moleculares uma técnica auxiliar que pode permitir maiores ganhos em um menor intervalo de tempo. Objetivou-se com o presente estudo verificar a existência de diversidade genética em progênies de cafeeiro derivadas do cruzamento entre Híbrido de Timor e Catuaí utilizando marcadores microssatélites. Foram estudadas 82 progênies de cafeeiro em geração F5, derivadas do cruzamento entre Híbrido de Timor 440-10 e Catuaí Amarelo IAC 86, juntamente com os parentais que foram utilizadas como testemunhas. Utilizou-se 44 pares de iniciadores microssatélites nas testemunhas, sendo que 11 apresentaram polimorfismo, com uma média de 4,5 alelos amplificados por marcador nas progênies estudadas. Pelo agrupamento UPGMA, verificou-se que as progênies foram agrupadas em três principais grupos, sendo os parentais inseridos em grupos distintos. Pela análise das coordenadas principais, verificou-se que as duas coordenadas explicaram 21,11% e 15,92% da diversidade genética das progênies.
