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Item Microsatellite markers in analysis of resistance to coffee leaf miner in Arabica coffee(Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, 2011-12) Pereira, Gabriella Santos; Padilha, Lilian; Pinho, Edila Vilela Resende Von; Teixeira, Rita de Kássia Siqueira; Carvalho, Carlos Henrique Siqueira de; Maluf, Mirian Peres; Carvalho, Bruna Line deThe objective of this work was to analyze coffee (Coffea arabica) genotypes resistant to the coffee leaf miner (Leucoptera coffeella) using microsatellite markers. Sixty‐six loci were evaluated, of which 63 were obtained from the Brazilian Coffee Expressed Sequence Tag (EST) database. These loci were amplified in bulks of individuals from F 5 progenies of 'Siriema' (C. arabica x C. racemosa) resistant and susceptible to the insect, in eight samples of C. racemosa, and in a F 6 population of 'Siriema' with 91 individuals segregating for resistance to the leaf miner. Polymorphisms were verified for two simple sequence repeat (SSR) loci in bulks of the susceptible progenies. The two polymorphic alleles were present in around 70% of the susceptible genotypes in F 5 and in approximately 90% of the susceptible individuals in F 6 . However, the polymorphic EST‐SSR markers among populations contrasting for resistance to leaf miner were not correlated to the evaluated characteristics. SSR markers show inter‐ and intraspecific polymorphism in C. arabica and C. racemosa.Item Análise da resistência ao bicho-mineiro e caracterização de genótipos de Coffea arabica com microssatélites(Universidade Federal de Lavras, 2011-02-18) Pereira, Gabriella Santos; Pinho, Édila Vilela de Resende VonEm programas de melhoramento de instituições de pesquisas do café no Brasil buscam-se genótipos de Coffea arabica resistentes ao bicho-mineiro, praga que causa maiores danos nas lavouras cafeeiras. Os marcadores moleculares de microssatélites ou SSR podem ser uma alternativa nos programas melhoramento genético do cafeeiro, acelerando a obtenção de novos genótipos com resistência à esta praga. Estes marcadores podem ser utilizados ainda para a caracterização de cultivares em bancos de germoplasma. Objetivou-se nesta pesquisa, analisar genótipos de C. arabica que segregam para a característica de resistência ao bicho-mineiro e caracterizar genótipos de café arábica, utilizando-se marcadores moleculares do tipo EST-SSR e SSR. Para a análise da resistência ao bicho-mineiro foram usados 66 locos SSR (simple sequence repeat), dos quais 63 foram desenvolvidos a partir de EST (expression sequence tag) do Genoma Café. Estes primers foram testados em bulks de indivíduos de 10 famílias resistentes e 10 famílias suscetíveis e em oito acessos de Coffea racemosa, espécie doadora da característica de resistência ao bicho-mineiro. Foi verificado polimorfismo entre os genótipos resistentes e os suscetíveis, quando da utilização de dois primers. Em seguida, foram analisados 78 indivíduos das 10 famílias susceptíveis e 55 das 10 famílias resistentes em F 5 e 37 indivíduos resistentes e 54 susceptíveis em F 6 . Os dois alelos polimórficos identificados por meio dos dois primers estiveram presentes em torno de 70% dos genótipos susceptíveis em F 5 e em aproximadamente 90% dos indivíduos susceptíveis em F 6 . Não foi encontrado nenhum alelo ligado à característica de resistência em estudo. Assim, foi possível diferenciar genótipos de café arábica resistentes ao bicho-mineiro em relação aos suscetíveis por meio de marcadores microssatélites. Para a caracterização dos genótipos, foram utilizados 38 primers, sendo 34 do tipo EST-SSR, em 12 cultivares e 3 clones de C. arabica. Foram observados sete locos polimórficos entre os genótipos. Pelo dendrograma obtido a partir dos coeficientes de Jaccard, foi observado um menor valor de similaridade genética, 0,88, entre a cultivar Acauã e os demais genótipos e similaridade de 100% para sete cultivares e um clone. Foi possível caracterizar as cultivares Acauã, IBC- Palma 2, Sabiá Tardio e Icatu Amarelo IAC 3282 por meio de sete primers.Item MICROSSATÉLITES PARA A CARACTERIZAÇÃO DE Coffea arabica(2011) Pereira, Gabriella Santos; Teixeira, Rita de Kássia Siqueira; Pinho, Édila Rezende Vilela Von; Padilha, Lilian; Carvalho, Carlos Henrique Siqueira; Embrapa - CaféA caracterização de genótipos é importante tanto em bancos de germoplasma quanto para o registro de cultivares. Para a maioria das espécies, esta caracterização é realizada por meio de marcadores morfológicos que podem apresentar algumas limitações para distinção de cultivares de espécies como o cafeeiro que apresenta base genética estreita. Além disso, os marcadores morfológicos podem ser influenciados pelo ambiente, apresentar baixo grau de polimorfismo ou serem dependentes do estádio de desenvolvimento da planta. Os marcadores moleculares SSR podem ser uma alternativa para a identificação de cultivares de café por apresentarem ampla cobertura do genoma e, geralmente, elevado grau de polimorfismo. Este trabalho foi realizado com o objetivo de caracterizar 12 cultivares e três clones de café arabica utilizando marcadores SSR. Trinta e quatro locos SSR desenvolvidos a partir de etiquetas de sequências expressas (EST) disponíveis no Projeto do Genoma Café, e também outros três locos já publicados (Sat 225, Sat 229 e Sat259) foram utilizados neste estudo. Os locos LEG 11, LEG 13, LEG 29, LEG 26, LEG 32, P18 e SAT 225 foram polimórficos entre os genótipos e permitiram caracterizar as cultivares Acauã, IBC-Palma 2, Sabiá Tardio e Icatu Amarelo IAC 3282. No dendrograma gerado pelos marcadores SSR observou-se que a cultivar Acauã apresentou o menor índice de similaridade genética (0,88) em relação aos demais materiais envolvidos neste estudo, não sendo possível observar distância genética entre clone 3, Catuaí Vermelho IAC 144, Catuaí Amarelo IAC 62, Catucaí Vermelho 2015 cv.476, Catucaí Amarelo 2015 cv.479, Mundo Novo IAC 376-4, Obatã e Paraíso. Pelas características de base genética estreita do cafeeiro se faz necessária a utilização de um maior número de locos SSR para a caracterização de todas as cultivares e clones deste estudo.Item COLETA DE FOLHAS DO CAFEEIRO E EXTRAÇÃO DE DNA GENÔMICO DE ALTA QUALIDADE(2009) Pereira, Gabriella Santos; Pinho, Édila Rezende Vilela Von; Padilha, Lilian; Vilela, Luciane de Resende; Carvalho, Bruna Line; Pinho, Iolanda Vilela Von; Embrapa - CaféPara a amplificação do DNA in vitro, é necessário que o DNA genômico seja de boa qualidade. É comum que seja realizada a coleta do tecido vegetal em local distante de onde será feita a extração e análises do DNA e muitas vezes, o armazenamento inadequado das amostras favorece as reações de oxidação, resultando na redução da qualidade deste. Realizou-se este trabalho com o objetivo de estabelecer um método simples e eficiente para coleta e armazenamento de folhas de Coffea arabica visando a obtenção de DNA de boa qualidade. O trabalho foi realizado no Laboratório de Análise de Sementes da Universidade Federal de Lavras, envolvendo doze tratamentos e duas testemunhas. Foram combinados os fatores umidade da folha (seca ou úmida) x tempo de armazenamento (24h e 48h) x condição do ambiente (ToC ambiente ou 4oC) x utilização de sílica no recipiente de armazenamento da folha (com ou sem sílica). Foram utilizados dois controles, onde as folhas coletadas foram armazenadas no campo em gelo ou em N2 líquido e submetidas à extração do DNA logo após a sua coleta. A avaliação da qualidade do DNA foi feita pela eletroforese do DNA genômico em gel de agarose 0,7% e pela amplificação de fragmentos de DNA utilizando-se um par de primer microssatélite. Os resultados indicaram que a utilização da sílica quando as folhas estavam secas e o armazenamento das folhas a 4oC por 24h ou 48 h são favoráveis à oxidação das amostras, resultando em um DNA de má qualidade. A extração do DNA de alta qualidade passível de ser utilizado em PCR é viável quando folhas secas ou úmidas são coletadas e armazenadas em sacos plásticos por até 48 horas antes do início do procedimento da extração.