Biblioteca do Café

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2005 - 20072

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Autor: search.filters.author.Sales, Raphael M. O. B.

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    O banco de dados do "Projeto Genoma Café" na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN)
    (2007) Sales, Raphael M. O. B.; Barbosa, Alex Vicente; Silva, Felipe Rodrigues da; Embrapa - Café
    Projetos Genoma EST são uma forma relativamente barata de inventariar os genes de um organismo. O grande volume de dados gerado por eles, entretanto, torna sua análise complicada. O Projeto Genoma Café brasileiro gerou 218.150 seqüências EST de C. arabica, C. canephora e C. racemosa. A análise realizada na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia descartou 63.380 seqüências e agrupou as 154.770 restantes em 45.366 grupos (UniGenes). Este trabalho apresenta o ferramental de análise disponibilizado até o momento aos usuários do projeto. Acessando o endereço https://alanine.cenargen.embrapa.br/cafEST/ e utilizando a senha designada pela coordenação do projeto, o usuário pode localizar rapidamente os dados de interesse partindo de diversos parâmetros, incluindo o nome do UniGene, o nome do clone seqüenciado, ou ainda palavras presentes na descrição de proteínas homólogas às do projeto. Buscas mais elaboradas incluem listar UniGenes específicos ou preferencialmente expressos em um conjunto de bibliotecas.
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    Determinação do unigene do Projeto Genoma Café
    (2005) Sales, Raphael M. O. B.; Andrade, Alan Carvalho; Silva, Felipe R. da; Embrapa - Café
    O Projeto Genoma Café gerou seqüências parciais de mais de duzentos mil clones de EST (Expressed Sequence Tag). Essa estratégia gera dados redundantes. Nesse trabalho, selecionamos o conjunto mínimo de clones que representam todos os transcritos encontrado no projeto. Para tanto, as 213.157 seqüências geradas pelo projeto, apos um processo criterioso que resultou em 145.507 seqüências limpas, foram agrupadas por similaridade dando origem a 32.958 possíveis transcritos, aqui chamados de Unigenes. Para cada Unigene, determinamos o clone correspondente à extremidade 5' o que, pela metodologia empregada na construção das bibliotecas, deve corresponder ao clone de maior extensão. Todos os resultados obtidos foram centralizados e organizados em uma base de dados relacional, de forma a facilitar sua utilização em posteriores aplicações de diferentes plataformas e linguagens. O SGDB usado foi o PostgreSQL. Desenvolvemos uma interface Web usando as linguagens PHP e Perl rodando sobre o Apache para permitir a usuários acesso aos dados de maneira simplificada e rápida. Escolhemos essas ferramentas por serem todas de código livre, permitindo personalizações, se necessárias, e por não agregarem nenhum vinculo de licença.