Biblioteca do Café
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Item Genome-wide identification, classification and transcriptional analysis of nitrate and ammonium transporters in Coffea(Sociedade Brasileira de Genética, 2017) Santos, Tiago Benedito dos; Lima, Joni Esrom; Felicio, Mariane Silva; Soares, João Danillo Moura; Domingues, Douglas SilvaNitrogen (N) is quantitatively the main nutrient required by coffee plants, with acquisition mainly by the roots and mostly exported to coffee beans. Nitrate (NO3 –) and ammonium (NH4 +) are the most important inorganic sources for N uptake. Several N transporters encoded by different gene families mediate the uptake of these compounds. They have an important role in source preference for N uptake in the root system. In this study, we performed a genome-wide analysis, including in silico expression and phylogenetic analyses of AMT1, AMT2, NRT1/PTR, and NRT2 transporters in the recently sequenced Coffea canephora genome. We analyzed the expression of six selected transporters in Coffea arabica roots submitted to N deficiency. N source preference was also analyzed in C. arabica using isotopes. C. canephora N transporters follow the patterns observed for most eudicots, where each member of theAMT andNRT families has a particular role in N mobilization, and where some of these are modulated by N deficiency. Despite the prevalence of putative nitrate transporters in the Coffea genome, ammonium was the preferential inorganic N source for N-starved C. arabica roots. This data provides an important basis for fundamental and applied studies to depict molecular mechanisms involved in N uptake in coffee trees.Item Expressão gênica em larga escala de raizes de Coffea arabica L.(Embrapa Café, 2015) Santos, Tiago Benedito dos; Silva, Juliana Costa; Soares, João Danillo Moura; Baba, Viviane Yumi; Pereira, Luiz Filipe Protasio; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Domingues, Douglas SilvaA utilização de novas tecnologias de sequenciamento em larga escala (454-mRNAseq) é uma frente inovadora de estudos para a biotecnologia do cafeeiro, promovendo a identificação e caracterização de novos componentes genômicos de interesse. Mudas de cafeeiro foram mantidas sob supressão de fontes nitrogenadas e suas raízes foram utilizadas para construção de bibliotecas de cDNA, que foram sequenciados utilizando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Foram gerados um total 809.517 reads, os quais geraram 34.654 contigs. Por meio dos transcritos gerados pelo mRNAseq de raiz espera-se identificar e caracterizar molecularmente os genes envolvidos no transporte e metabolismo de nitrogênio no cafeeiro.Item Efeito da ferrugem e da supressão de nitrogênio no nível transcricional do gene nitrato redutase (CaNR) em Coffea arabica L.(Embrapa Café, 2013) Santos, Tiago Benedito dos; Baba, Viviane Yumi; Soares, João Danillo Moura; Carvalho, Kenia de; Braghini, Masako Toma; Pereira, Luiz Filipe Protasio; Domingues, Douglas SilvaO objetivo do trabalho é avaliar se a ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix) pode modular a resposta transcricional de um gene-chave na assimilação de nitrogênio (N), a nitrato redutase, em função da restrição do nutriente e da resposta do cultivar ao patógeno. Sabe-se que o estado nutricional da planta pode influenciar a severidade do ataque por patógenos. A ferrugem no cafeeiro é um problema recorrente em todas as regiões de cultivo, afetando desde a produtividade até a qualidade final da bebida. A despeito da importância da nutrição mineral para a produtividade e seu impacto na resposta à ferrugem, existem poucos estudos relacionados ao estabelecimento da relação molecular entre o estado nutricional do cafeeiro e resposta de defesa a patógenos. Duas cultivares – uma resistente e uma suscetível à ferrugem do cafeeiro - foram submetidas a regimes diferenciais de N e inoculadas com H. vastatrix. A análise por qPCR do gene CaNR em três períodos pós-inoculação evidenciou padrões transcricionais distintos entre as duas cultivares - a cultivar suscetível apresentou um pico de expressão em período anterior a cultivar resistente. Este estudo preliminar evidencia que fatores genotípicos e nutricionais podem influenciar na atividade de genes relacionados ao metabolismo de N, dando suporte a futuras análises bioquímicas que auxiliem na compreensão de respostas fisiológicas e moleculares relacionadas com a interação da resposta de defesa e o estado nutricional.