Teses e Dissertações
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Item Identificação e caracterização de genes órfãos (“no hits”) de café (Coffea spp.)(Universidade Federal de Lavras, 2013-02-28) Vieira, Natalia Gomes; Andrade, Alan CarvalhoO café é uma das commodities agrícolas mais importantes mundialmente. Programas de melhoramento genético que visam a introdução de caracteres para obtenção de novas variedades com características agronômicas superiores, como floração uniforme, rendimento, tamanho do grão, qualidade da bebida, menor teor de cafeína e resistência à doenças e à seca estão em andamento à décadas. Contudo, com um número considerável de sequências gênicas disponíveis nos bancos de dados Coffea spp., a identificação e a caracterização de novos genes com função desconhecida (no hits) é viável e indispensável. O objetivo com este trabalho consistiu em identificar e caracterizar funcionalmente, por meio de análises in silico e por qPCR da expressão gênica, no hits encontrados nas bases de dados do café. Para as análises in silico os no hits foram identificados por meio da busca por similaridade nos bancos de dados do NCBI. Bibliotecas de Coffea arabica e Coffea canephora de diferentes tecidos foram geradas a partir dos dados de sequenciamento utilizando o método Sanger e o método 454. Foi realizado um Northern eletrônico dos no hits nas diferentes bibliotecas de café. Para os ensaios de qPCR o material vegetal utilizado foi proveniente de diferentes tecidos (folhas, raízes, frutos e meristemas) das espécies de C. arabica e C. canephora, submetidos à diferentes condições biológicas (estresse biótico e abiótico) e frutos em estádios de desenvolvimento inicial, intermediário e tardio. Mil quinhentos e sessenta e oito genes órfãos foram identificados e caracterizados nas análises in silico, de acordo com as bibliotecas em que foram expressos. Com isso, foram selecionados e testados em qPCR, dezessete genes órfãos potencialmente envolvidos na tolerância a estresses bióticos e abióticos, assim como genes órfãos implicados no desenvolvimento do fruto de café. Estes genes responderam diferencialmente nos tecidos e condições biológicas analisadas, corroborando com as análises in silico previamente apresentadas e oferecendo indícios de uma provável participação em processos biológicos específicos do cafeeiro.