Teses e Dissertações
URI permanente desta comunidadehttps://thoth.dti.ufv.br/handle/123456789/2
Navegar
3 resultados
Resultados da Pesquisa
Item Diversidade genética e resistência de Coffea canephora à ferrugem e à antracnose dos frutos verdes(Universidade Federal de Viçosa, 2019-02) Gonzales, Rafael Vago; Zambolim, LaércioO café Conilon (Coffea canephora) é o principal produto do agronegócio do Estado do Espírito Santo, onde a maior parte dos genótipos cultivados é oriunda de cruzamentos espontâneos e seleção realizada de forma empírica por produtores e viveiristas. São escassos estudos científicos sobre diversidade genética e resistência à doenças nestes materiais. O presente trabalho avaliou a diversidade genética em uma população composta por 124 genótipos de C. canephora, a partir da amplificação de 12 marcadores moleculares do tipo SSR, seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida e coloração do gel em solução de nitrato de prata para avaliação dos loci polimórficos. Foi obtida a matriz de distância genética pelo método do complemento, com índice ponderado, a qual foi utilizada para análise de agrupamento pelo método UPGMA. Por meio da amplificação de marcadores SSR, SCAR e CAP, foram identificados, em uma população de 75 indivíduos, genótipos portando marcadores associados aos genes SH3 e QTL de resistência à ferrugem e ao gene Ck-1, que confere resistência ao CBD. Também foi realizada avaliação do nível de resistência às raças II e XXXIII de Hemileia vastatrix em 23 genótipos, sendo feita inoculação artificial em discos foliares e avaliação dos componentes de resistência período de incubação, período latente, % de discos com sintomas, % de discos com esporulação, % de área com sintomas e produção de uredósporos. Foi utilizado delineamento inteiramente casualizado, com 3 repetições por tratamento, cada uma composta por uma caixa gerbox contendo 16 discos foliares. Os dados dos componentes de resistência foram submetidos à análise de variância à 1% de significância. Variáveis que apresentaram diferença significativa foram submetidas ao teste de agrupamento de médias univariado Scott-Knott à 5% de probabilidade. Foi também aplicada estatística multivariada aos componentes, sendo obtida a Distância Generalizada de Mahalanobis entre os pares dos genótipos avaliados e análise de agrupamento utilizando UPGMA. Foram obtidos, pela análise de diversidade, adotando-se o critério de Mojena, com ponto de corte em 0,5552, sete grupos distintos, separando indivíduos com características das variedades Conilon, Robusta e híbridos. Genótipos oriundos do programa de melhoramento do Incaper e materiais oriundos de seleção empírica realizada no Estado do Espírito Santo foram alocados no mesmo grupo, sendo classificados dentro da variedade conilon, enquanto genótipos oriundos de outros programas de melhoramento e outros estados foram alocados em grupos diferentes. Foram identificados sete indivíduos portando marcadores associados ao gene SH3, 61 portando marcadores associados à QTL de resistência à ferrugem e 44 ao gene Ck1. Houveram diferenças significativas entre os genótipos avaliados para todas as componentes de resistência às raças II e XXXIII de H. vastatrix, formando-se, através da análise multivariada, cinco classes de resistência às respectivas raças, sendo elas: Resistentes, Moderadamente Resistentes, Moderadamente Suscetíveis, Suscetíveis e Imunes. Genótipos oriundos de seleção empírica podem constituir importante fonte de germoplasma em programas de melhoramento buscando a hibridação entre as variedades Conilon e Robusta e também buscando resistência à ferrugem e ao CBD. Existe diversidade na população avaliada para o nível de resistência às raças II e XXXIII de H. vastatrix, podendo estes materiais ser utilizados em estratégias de manejo da ferrugem, como controle genético e multilinhas.Item Characterization of LTR-retrotransposons on Hemileia vastatrix genome(Universidade Federal de Viçosa, 2017-03-31) Rocha, Rafaela Leite Prado; Sakiyama, Ney SussumuO Brasil é o maior produtor e exportador de café do mundo. O país, como o resto das regiões produtoras de café, sofre com a doença da ferrugem do cafeeiro. A ferrugem é causada pelo fungo biotrófico Hemileia vastatrix. Esta doença pode levar a quedas drásticas na produtividade quando não controlada. Esse patógeno apresenta altos níveis de variabilidade genética, o que resulta em aparecimento de novas raças fisiológicas e, consequentemente, a suplantação da resistência de variedades de café obtidas pelos programas de melhoramento genético. O mecanismo que causa essa variabilidade ainda não é conhecido, uma vez que o fungo tem reprodução assexuada e o estádio sexual não foi observado na natureza. Tem sido relatado que os genomas das ferrugens apresentam alta porcentagem de elementos repetitivos, incluido os elementos transponíveis (ET). Como a atividade de ET tem sido sugerida como uma fonte importante de geração de variabilidade, existe a possibilidade de que os ETs sejam um dos responsáveis pela grande variabilidade genética encontrada em H. vastatrix. Portanto, este estudo teve como objetivo identificar a presença, a frequência e a localização de LTR retrotransposons no genoma de H. vastatrix, bem como verificar a relação entre LTR retrotransposons e a variabilidade encontrada nesse patógeno. Foram identificados no genoma analisado 6.516 genes codificadores de proteínas e 1.109 retrotransposons do tipo LTR completos. Dos genes codificadores de proteínas, 65 estavam próximos de retrotransposons do tipo LTR. Observou-se que os retrotransposons LTR geralmente se inserem a 5.000 pb de um gene codificador de proteínas no genoma desse patógeno. Os resultados encontrados demonstraram que retrotransposons LTR inserem-se em regiões conservadas ricas em AT. Assim, os dados sugerem que a inserção dos retrotransposons LTR em H. vastatrix podem se direcionar com base na composição nucleotídica de uma região. Além disso, foram identificados retrotransposons próximos de regiões codificadoras, o que poderia contribuir para modulação da expressão gênica e, consequentente, afetar a variabilidade do patógeno.Item Caracterização de seqüências expressas do genoma café potencialmente relacionadas com a resistência a doenças(Universidade Federal de Viçosa, 2007-07-16) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Sakiyama, Ney SussumuSeqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como “iscas” para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.