A análise de metabarcode 16S revela a influência das práticas agrícolas orgânicas e convencionais nas comunidades bacterianas da rizosfera de Coffea arabica L.

Abstract

Coffea sp. é cultivada em muitos países tropicais. O Brasil sempre adotou práticas agrícolas intensivas, mas a cafeicultura orgânica é um sistema alternativo baseado na não utilização de agrotóxicos e no manejo racional dos solos. A análise Metabarcode 16S utilizando o sequenciamento de última geração foi desenvolvida para identificar e comparar a diversidade da comunidade bacteriana rizosférica de Coffea arabica L. em duas áreas de cultivo em São Paulo, Brasil. Dourado usa agricultura convencional, enquanto Ribeirão Corrente usa agricultura orgânica. Encontramos ampla composição taxonômica, com sequências de 24 filos, 55 classes, 61 ordens, 146 famílias e 337 gêneros. Os três filos mais abundantes foram Proteobacteria (38,27%), Actinobacteria (15,56%) e Acidobacteria (16,10%). Na agricultura orgânica, os 3 primeiros foram a família Sphingomonadaceae, ordem Rhizobiales, gênero Nocardioides e Gp6. O gênero Gp2 e o filo Candidatus Saccaribacteria foram as OTUs mais abundantes exclusivamente presentes na agricultura convencional. Na prática da agricultura orgânica, Proteobacteria, Actinobacteria e Acidobacteria também estiveram presentes entre as OTUs exclusivas; também encontramos OTUs pertencentes a Bacteroidetes, Firmicutes e Verrucomicrobia. Nosso estudo indica um efeito positivo da agricultura orgânica nas comunidades microbianas. A fertilização pode afetar diretamente a microbiota do solo, sugerindo que uma grande e ativa comunidade microbiana com baixa diversidade funcional pode não se adaptar às novas condições climáticas. Uma comunidade microbiana diversificada poderia proporcionar maior resiliência às mudanças ambientais, melhorando a produtividade desta importante cultura agrícola.