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Ação antioxidante de Coffea arabica cultivar Mundo Novo IAC 388-17 em diferentes graus de torra
(2007) Bandeira, Tiago Albuquerque F. P.; Rosa, Davi Loures; Timbó, Renata Velôzo; Pezzopane, Cristiana de Gaspari; Maluf, Mirian Perez; Silva, Alba Chiesse da; Polez, Vera Lucia Perussi; Campos, Élida G.; Embrapa - Café
O café é uma das bebidas mais consumidas no Brasil e no mundo, e sua produção agrícola está intimamente ligada com a economia global. Neste caso, é fundamental o conhecimento profundo da sua relação com a saúde, bem-estar e a fisiologia dos seres humanos. Dentre as várias propriedades que o café pode apresentar, este trabalho visa estudar as propriedades antioxidantes em relação ao grau de torra. Utilizamos técnicas bioquímicas para investigar a proteção de amostras de café contra o dano oxidativo causado por espécies reativas de oxigênio às moléculas de DNA e lipídios in vitro. Foi investigada a ação protetora do café do cultivar Mundo Novo IAC 388-17. Os resultados de dano ao DNA e a proteção à peroxidação lipídica demonstraram que as amostras de café testadas apresentam propriedades antioxidantes semelhantes levando-se em consideração diferentes escalas de torra. Amostras de café classificadas de acordo com suas propriedades antioxidantes devem ser muito úteis para investigações sobre os possíveis benefícios à saúde dos antioxidantes presentes na bebida.
Altered expression of the caffeine synthase gene in a naturally caffeine-free mutant of Coffea arabica
(Sociedade Brasileira de Genética, 2009) Maluf, Mirian Perez; Silva, Carla Cristina da; Oliveira, Michelle de Paula Abreu de; Tavares, Aline Gomes; Silvarolla, Maria Bernadete; Guerreiro Filho, Oliveiro
In this work, we studied the biosynthesis of caffeine by examining the expression of genes involved in this biosynthetic pathway in coffee fruits containing normal or low levels of this substance. The amplification of gene-specific transcripts during fruit development revealed that low-caffeine fruits had a lower expression of the theobromine synthase and caffeine synthase genes and also contained an extra transcript of the caffeine synthase gene. This extra transcript contained only part of exon 1 and all of exon 3. The sequence of the mutant caffeine synthase gene revealed the substitution of isoleucine for valine in the enzyme active site that probably interfered with enzymatic activity. These findings indicate that the absence of caffeine in these mutants probably resulted from a combination of transcriptional regulation and the presence of mutations in the caffeine synthase amino acid sequence.
Análise da expressão de seqüências de genes tipo RGA em espécies de Coffea resistentes e susceptíveis ao nematóide Meloidogyne exigua
(2003) Orsi, Cíntia H.; Maluf, Mirian Perez; Gonçalves, Wallace; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
Apesar de não ser a espécie de nematóide mais patogênica ao cafeeiro, M. exigua provavelmente é a que causa mais danos na agricultura. Estimativas da redução no crescimento de plantas em viveiro e no campo e de perdas na produção pelo ataque deste patógeno mostraram ser bastante significativa. A utilização de variedades resistentes é a alternativa preferencialmente utilizada para o controle de nematóides. Entretanto, até o momento, apenas o cultivar Apoatã (C. canephora) apresenta resistência a nematóides, e é utilizado como porta-enxerto para os cultivares de C. arabica, os quais são extremamente susceptíveis. Uma vez que os mecanismos de resistência a patógenos não são bem conhecidos, a dificuldade de se identificar precisamente os genes envolvidos é elevada. Uma abordagem adotada para a identificação destes genes em outras espécies vegetais tem sido a utilização de similaridades moleculares entre estes. Assim, genes relacionados com mecanismos de resistência têm sido clonados a partir de indivíduos naturalmente resistentes. Para a identificação de análogos de genes de resistência, RGAs, em diferentes espécies é utilizada a homologia presente nos domínios protéicos de sítio de ligação a nucleotídeos e região rica em leucina (NBS-LRR). Através desta metodologia, foram identificadas duas famílias distintas de RGAs em diferentes espécies de café. Este trabalho teve como objetivo o estudo dos mecanismos de resistência a nematóides, a partir da avaliação da expressão de RGAs em plantas de café resistentes e susceptíveis, na presença e ausência do nematóide M. exigua. Para tal, foram desenhados oligonucleotídeos específicos para RGAs de café, a partir das seqüências de RGAs identificadas em trabalho anterior. A expressão destes genes foi avaliada através da metodologia de RT-PCR em progênies de café segregantes para a resistência a M. exigua. As progênies são provenientes de linhagens do cultivar Icatu Vermelho, variedade de C. arabica. Como resultado desta avaliação foi observada a expressão basal de RGAs em raízes não-inoculadas. Além disso, verificou-se que plantas resistentes e susceptíveis apresentaram padrões distintos de expressão de RGAs, observados ao longo do tempo após a inoculação de M. exigua. Esta variação é mais acentuada durante o período de estabelecimento do sítio de alimentação em células da raiz infectada pelo nematóide. Análises de restrição das seqüências expressas demonstraram que estas não possuem polimorfismos na região avaliada. Este trabalho representa o primeiro passo para o entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na resistência de cafeeiros a nematóides. Estudos de regulação gênica e de transdução de sinal são os próximos passos para a elucidação deste mecanismo de resistência da planta.
Análise de expressão gênica da interação entre cafeeiros silvestres de Coffea arabica e Meloidogyne paranaensis
(Embrapa Café, 2015) Fatobene, Bárbhara Joana dos Reis; Renci, Patrícia Favoretto; Schenk, Juliana Carvalho Martinati; Maluf, Mirian Perez; Guerreiro Filho, Oliveiro; Silvarolla, Maria Bernadete; Gonçalves, Wallace
Fontes de resistência ao nematoide das galhas Meloidogyne paranaensis foram encontradas em cafeeiros silvestres de Coffea arabica. Esses cafeeiros resistentes representam importante fonte de variabilidade genética para o desenvolvimento de novas cultivares resistentes, dada a maior facilidade de hibridação com as cultivares comerciais da espécie e a consequente transferência dos genes de resistência, assim como, à recuperação mais rápida dos caracteres agronômicos do parental recorrente, contribuindo para abreviação do tempo e dos recursos investidos no melhoramento convencional da espécie. Com o objetivo de obter informações sobre a interação molecular entre cafeeiros silvestres de C. arabica e M. paranaensis foi realizada análise dos perfis de expressão de alguns genes relacionados ao metabolismo antioxidante, à defesa de plantas a patógenos e ao ciclo celular. Os resultados da análise de expressão gênica relativa do cafeeiro IAC 2279-5B resistente a M. paranaensis e do controle suscetível Mundo Novo IAC 515-20 indicam que as respostas de defesa ao nematoide estão relacionadas à via do ácido salicílico.
Análise sensorial da bebida das cultivares ouro verde, Tupi e Obatã
(2001) Aguiar, Adriano Tosoni da Eira; Maluf, Mirian Perez; Gallo, Paulo Boller; Mori, Emília Emico Miya; Fazuoli, Luiz Carlos; Guerreiro, Oliveiro; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
Três novas cultivares de porte baixo recentemente lançadas pelo Instituto Agronômico de Campinas e registradas respectivamente como Ouro Verde IAC H5010-5, Tupi IAC1669-33 e Obatã IAC 1669-20 foram avaliadas em relação a características sensoriais da bebida, utilizando-se as cultivares Mundo Novo IAC 388-17, Catuaí Amarelo IAC 62, Catuaí Vermelho IAC 81 e Icatu Vermelho IAC 4045 como testemunhas. A análise sensorial foi realizada mediante a avaliação das características fragrância, aroma, acidez, amargor, sabor, sabor residual, corpo e qualidade global da bebida. Com base na baixa acidez e nos elevados níveis de fragrância do pó, aroma da bebida, sabor residual e qualidade global, as três cultivares foram classificadas como produtoras de cafés de qualidade global superior, podendo ser utilizadas na produção de cafés do tipo Gourmet.
Atributos fenológicos e agronômicos em cultivares de cafeeiro arábica
(Universidade Federal de Santa Maria, 2009-05) Pezzopane, Cristiana de Gaspari; Favarin, José Laércio; Maluf, Mirian Perez; Pezzopane, José Ricardo Macedo; Guerreiro Filho, Oliveiro
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do ano agrícola sobre os atributos fenológicos e agronômicos em diferentes cultivares de cafeeiro arábica. Os atributos fenológicos determinados foram estádios de frutificação, de gema dormente até fruto seco e duração do ciclo. Como atributos agronômicos, foram avaliados o rendimento, a produtividade, os tipos e o tamanho de grãos. O período entre antese até fase chumbinho não variou entre as cultivares para o ano agrícola 2004/2005, já para o ano agrícola seguinte a cultivar ‘Icatu Precoce’ apresentou antecipação da fase chumbinho, e a cultivar ‘Obatã’ atrasou o início do ciclo fenológico em relação às demais cultivares estudadas. A duração do ciclo variou com o ano agrícola, o que possibilitou a confirmação da influência dos efeitos ambientais nessa característica. Os atributos agronômicos (produtividade, rendimento, tipo e tamanho de grãos), independentemente das cultivares, também variaram com o ano agrícola.
Avaliação Fenológica de Frutos de Café a partir da Quantificação da Expressão de Genes Marcadores – proposta de uma ferramenta complementar
(Embrapa Café, 2011-12) Maluf, Mirian Perez; Guerreiro Filho, Oliveiro
Entre as técnicas de biologia avançada desenvolvidas nos últimos 10 anos, as que permitem a quantificação da expressão de genes em diversas situações biológicas têm tido importância crescente para Programas de Melhoramento. A partir dessas análises quantitativas, é possível identificar genes diferencialmente expressos associados às mais diversas condições biológicas e agronômicas, tais como resistência a estresses bióticos e abióticos, produtividade, composição química, e também com estágios de desenvolvimento específicos, tecidos e órgãos determinados, entre outras. A partir deste tipo de estudo, pode-se avaliar genes-candidatos para transferência para outras plantas, genes que servirão como marcadores para seleção-assistida de características desejáveis, ou então selecionar genes-marcadores que servirão para marcar uma fase de desenvolvimento específica.
Avaliação fenológica de frutos de café a partir da quantificação da expressão de genes marcadores: proposta de uma ferramenta complementar
(Embrapa Café, 2011-12) Maluf, Mirian Perez; Guerreiro Filho, Oliveiro
Entre as técnicas de biologia avançada, as que permitem a quantificação da expressão de genes em diversas situações biológicas têm tido importância crescente para Programas de Melhoramento. Essas técnicas, entre outras coisas, permitem avaliar genes-candidatos para transferência para outras plantas, genes que servirão como marcadores para seleção assistida de características desejáveis, ou então selecionar genes-marcadores que servirão para marcar uma fase de desenvolvimento específica. Uma das dificuldades para seleção de cafeeiros com características organolépticas definidas é a definição das fases fenológicas durante a frutificação do cafeeiro, associadas com os processos fisiológicos de maturação e amadurecimento dos frutos. Este documento, de cunho prático para uso em laboratórios de biotecnologia, propõe o uso de modernas técnicas de biologia molecular para a determinação do desenvolvimento fenológico de frutos de café, fornecendo o passo a passo de como aplicá-las. A Embrapa Café disponibiliza mais essa ferramenta, esperando que seja de utilidade aos pesquisadores e outros interessados no avanço da cafeicultura brasileira. Paulo Cesar Afonso Junior - Gerente Geral da Embrapa Café.
Caracterização agronômica e tecnológica de linhagens comerciais de café selecionadas pelo IAC
(2000) Maluf, Mirian Perez; Aguiar, Adriano Tosoni da Eira; Gallo, Paulo Boller; Fazuoli, Luiz Carlos; Guerreiro, Oliveiro; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
A Lei de Proteção de Cultivares (Lei n.º 9.456, sancionada em 27/4/97) define que "toda variedade de qualquer gênero ou espécie vegetal superior que seja claramente distinguível de outros cultivares conhecidos por margem mínima de descritores e que seja homogêneo e estável através de gerações sucessivas pode ser considerada um novo cultivar". Dessa maneira, torna-se extremamente importante o amplo conhecimento de todo material cultivado no país, principalmente daqueles de maior importância sócio-econômica, através da caracterização dos mesmos. Com relação ao café, a caracterização de cultivares é normalmente estabelecida através do histórico de origem e da utilização de características agronômicas (Carvalho e Fazuoli, 1983). O programa de melhoramento do cafeeiro do IAC têm desenvolvido uma série de cultivares destinados a atender a demanda dos agricultores por características econômicas específicas, tais como produtividade, resistência a pragas e doenças, manejo de cultivo e colheita, e também qualidade de bebida. Muitas destas variedades estão em contínuo processo de caracterização, apesar de já serem amplamente utilizadas comercialmente. Essas análises visam não só uma avaliação das variedades desenvolvidas, como também uma caracterização agronômica precisa que permita a identificação futura do cultivar em estudo. Dentro deste contexto, o presente trabalho tem como objetivo caracterizar as linhagens de café desenvolvidas pelo IAC, com relação aos descritores agronômicos responsáveis pela identificação de um cultivar.
Caracterização de cultivares de Coffea arabica mediante utilização de descritores mínimos
(Instituto Agronômico (IAC), 2004-05) Aguiar, Adriano Tosoni da Eira; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez; Gallo, Paulo Boller; Fazuoli, Luiz Carlos
Cerca de 70% do café produzido e comercializado mundialmente é oriundo de Coffea arabica. A espécie apresenta base genética estreita sendo as cultivares bastante aparentadas e originárias em sua maioria das tradicionais cultivares Típica e Bourbon. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de identificar a eficiência de descritores mínimos na caracterização de cultivares de cafeeiros e como diferenciadores entre cultivares a serem submetidas ao processo de proteção de cultivares no Brasil. Foram avaliadas trinta e oito características botânicas ou tecnológicas das plantas, folhas, flores, frutos, sementes, assim como três características agronômicas. Utilizaram-se vinte e nove cultivares de cafeeiros selecionadas pelo Instituto Agronômico, sendo avaliadas trinta plantas de cada cultivar. Os resultados evidenciaram que apenas com a utilização das características porte, cor do fruto, resistência ao agente da ferrugem, Hemileia vastatrix e ciclo de maturação é possível obter uma discriminação eficiente dos diferentes grupos de cultivares avaliadas. A cor das folhas jovens e o diâmetro da copa revelaram-se importantes descritores na discriminação de cultivares do grupo Mundo Novo. Não foi possível, porém, identificar descritores eficientes na discriminação das cultivares dos grupos Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo e Icatu Vermelho.
Caracterização de genes com expressão tecido-específica em raiz e folha de Coffea arabica
(2005) Brandalise, Marcos; Maluf, Mirian Perez; Guerreiro, Oliveiro; Gonçalves, Wallace; Maia, Ivan de Godoy; Embrapa - Café
O grande número de genes que tem sido identificado nos últimos anos terá um grande impacto no melhoramento genético vegetal, principalmente pela obtenção de plantas geneticamente modificadas. Tal inovação, apesar de já ocasionar um grande impacto na agricultura mundial aumentando produtividade e diminuindo custos no cultivo, tem sido alvo de muitas críticas e, uma das principais, tem sido a expressão constitutiva dos transgenes, a qual é promovida pelas seqüências promotoras atualmente empregadas. A alternativa mais viável para substituição de tais promotores é investir na clonagem e caracterização de promotores tecido-específicos. Visando selecionar genes com expressão tecido-específica em café (Coffea arabica) para posterior clonagem dos promotores correspondentes, no presente trabalho foi realizada a identificação e posterior validação de ESTs com expressão específica em raiz e folha. Para tal, análises "in sílico" foram realizadas utilizando-se as informações e ferramentas disponíveis no Banco de Dados do Projeto Genoma Café. Até o momento foram identificadas treze seqüências com expressão específica em raiz e quatorze seqüências com expressão específica de folha. Visando a validação biológica de tais resultados, primers específicos para as seqüências alvo foram sintetizados. No processo de validação por RT-PCR empregando RNA total de diferentes tecidos, dentre os vinte e sete candidatos analisados, apenas dois confirmaram ser tecido-específicos, apresentando expressão em raiz e folha, respectivamente.
Caracterização de genes expressos durante o crescimento e maturação de frutos de café
(2007) Pezzopane, Cristiana de Gaspari; Maluf, Mirian Perez; Favarin, Jose Laercio; Guerreiro, Oliveiro; Embrapa - Café
O objetivo do estudo foi caracterizar funcionalmente genes-chave expressos durante o crescimento e a maturação de frutos de cultivares de Coffea arabica L, pois a planta apresenta várias floradas, fato que resulta na maturação desigual de frutos, inclusive na mesma florada. Para o estudo foram utilizadas frutos em desenvolvimento das cultivares: Mundo Novo IAC 388-17, Catuaí Vermelho IAC 144, Icatu Vermelho IAC 4045, Obatã IAC 1669-20 e Icatu Precoce IAC 3282. Os genes escolhidos para análise foram: o fator de transcrição Leafy Cotyledon (LEC1) e as enzimas álcool acyl transferase e ácido 1-carboxílico 1-aminociclopropano (ACC) oxidase, os quais estão relacionados com os processos de desenvolvimento do embrião, composição química da semente e maturação do fruto, respectivamente. A expressão dos genes foi avaliada através da metodologia de RT-PCR, utilizando RNA total extraído dos frutos. Os resultados apresentados evidenciam que o padrão de expressão dos genes ACC oxidase, LEC1 e álcool acyl transferase são compatíveis com o esperado em frutos climatéricos e, as variações na expressão dos genes observada entre as cultivares sugerem que a composição química e a maturação dos frutos podem diferir ao longo do desenvolvimento dos frutos.
Caracterização de genes MADS em acessos de Coffea
(2007) Oliveira, Adalgisa Soares de; Gomes, Luiz Henrique Mazzotini; Goldman, Maria Helena S.; Maluf, Mirian Perez; Embrapa - Café
A produção de café com boa qualidade de bebida está relacionada com uma colheita de grãos em um mesmo estágio de maturação. Um dos fatores que pode influenciar a maturação uniforme dos frutos é a floração sincronizada. O controle genético do florescimento em plantas é realizado por uma família de genes, os genes MADS, amplamente caracterizados a nível molecular em diferentes espécies, que apresentam domínios protéicos conservados, e regulam a diferenciação do meristema e a identidade dos órgãos reprodutivos. Neste trabalho, esta família de genes foi estudada em Coffea arabica, para identificação e caracterização genômica, através de buscas por genes homólogos em bancos de ESTs de Coffea e amplificação destes em genomas de plantas normais e mutantes para florescimento. Análises in silico permitiram a identificação de homólogos a 9 locos MADS. Oligos específicos para cada um desses locos foram desenhados de maneira a permitir que toda a região codificadora fosse incluída. Os resultados obtidos demonstraram que os locos avaliados não apresentaram polimorfismos entre os genótipos avaliados. A ocorrência de homólogos aos genes MADS em café sugere que o florescimento desta espécie pode ser controlado por mecanismos comuns a outras espécies vegetais.
Caracterização de linhagens comerciais de café através de marcadores moleculares
(2000) Silvestrini, Milene; Maluf, Mirian Perez; Ruggiero, Luciana Machado de Campos; Guerreiro, Oliveiro; Colombo, Carlos Augusto; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
Estudos sobre a diversidade genética de espécies com finalidade de melhoramento genético representam importante preocupação dos melhoristas. Diversas técnicas moleculares têm permitido revelar uma diversidade genética presente no genoma que até então era desconhecida pelos cientistas. Muitas espécies de interesse agronômico têm sido alvo de estudos que abordam a diversidade genética em nível molecular. De uma maneira geral, os resultados obtidos a partir do uso dos marcadores têm sido bastante satisfatórios, principalmente para aquelas espécies que apresentam ampla base genética e insuficiente número de descritores botânicos para diferenciação de genótipos, como é o caso da mandioca. A base genética formada pelos cultivares de C. arabica, principal espécie cultivada, é considerada estreita. Em relação ao Brasil, principal produtor mundial desta cultura, a própria história explica em parte a ausência de variação genética nos materiais atualmente em cultivo. Historicamente, as primeiras plantações de café formaram-se há mais de dois séculos a partir de poucas plantas, constituindo material muito uniforme e de pouca variabilidade genética. De fato, estudos sobre a diversidade genética de cafeeiros em cultivo realizados no IAC utilizando descritores botânicos e agronômicos têm revelado baixo nível de variação genética entre as diferentes linhagens que compõem um cultivar. Entre diferentes cultivares esta variação é mais notória, mão não tão acentuada como se pensava, mesmo quando diferentes espécies participam da genealogia destes cultivares. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal a avaliação das técnicas de RAPD e AFLP para a identificação e caracterização de diversas linhagens comerciais de C. arabica selecionadas pelo IAC. Os resultados obtidos com estes marcadores confirmam os dados obtidos anteriormente de que a variabilidade genética entre as linhagens é pequena. Além disso, os dados sugerem que a técnica de RAPD não é eficiente para a identificação e determinação da distância genética entre as linhagens avaliadas, apesar de representar uma ferramenta adequada para avaliação da variabilidade no cafeeiro. No entanto, embora o nível de variação observado através dos marcadores moleculares seja baixo, sabe-se que estas linhagens apresentam comportamento agronômico bastante diferenciado. Isso nos leva a pensar que poucos genes diferenciam os principais materiais genéticos de cafeeiro de importância agronômica e que o uso de marcadores moleculares para estudos de diversidade genética e localização de genes de interesse agronômico deve ser repensada.
CARACTERIZAÇÃO DE MARCADOR DO TIPO EST-SSR ASSOCIADO A RESISTÊNCIA AO BICHO-MINEIRO
(2009) Oliveira, Adalgisa Soares de; Molina, João Vitor Dutra; Guerreiro Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez; Embrapa - Café
Um dos fatores que limitam o desenvolvimento de novas cultivares de cafeeiro por Programas de Melhoramento é a dificuldade de seleção precoce para características agronômicas superiores. Atualmente, marcadores moleculares são utilizados, em diferentes espécies de plantas, como uma ferramenta alternativa e eficiente para seleção de tais características. Portanto, a identificação de marcadores moleculares do tipo microsatélite (ssr) que co-segreguem com a resistência ao bicho-mineiro representa um avanço para seleção assistida. Neste estudo, foram identificados marcadores ssr expressos, através de buscas dirigidas aos bancos de ESTs de cafeeiro. Para caracterização dos marcadores EST-SSR, foi avaliada a expressão destes em genótipos resistentes e suscetíveis infestados com bicho-mineiro, através da metodologia de RT-PCR. Dentre os locos EST- SSR investigados um deles apresentou padrão diferencial, uma vez que folhas suscetíveis não apresentaram expressão do loco. O loco foi clonado e sequenciado, a partir de genótipos resistentes e suscetíveis. Análises das sequências permitiram a identificação de 11 alelos, contendo vários polimorfismos de tamanho da repetição e do tipo SNPs. No entanto, nenhum destes polimorfismos apresentou co-relação com a característica de resistência. Análises em andamento visam a caracterização deste loco expresso.
Caracterização molecular de variedades elite de Coffea arabica L. através de marcadores AFLP
(2001) Ruggiero, Luciana Machado de Campos; Colombo, Carlos Augusto; Maluf, Mirian Perez; Guerreiro, Oliveiro; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
Ao longo de 70 anos de pesquisas voltadas para o melhoramento genético do cafeeiro, o Instituto Agronômico de Campinas (IAC) acumulou importante germoplasma desta cultura. Diversos cultivares foram selecionados e vêm sendo cultivados não apenas no Brasil, como também em vários países cafeicultores. No caso da espécie C. arabica, uma das dificuldades surgidas com o crescente número de cultivares obtidos está relacionada à correta identificação das linhagens que o compõem, freqüentemente de parentesco muito próximo, o que torna difícil a diferenciação destes através dos descritores botânicos e agronômicos. Diante desse contexto, a caracterização das principais linhagens dos cultivares Mundo Novo, Acaiá, Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Icatu Vermelho, Icatu Amarelo, Icatu Precoce, Bourbon Amarelo, Ouro Verde e Obatã, de C. arabica, vem sendo realizada utilizando-se a técnica AFLP (Amplified Fragment Lenght Polimorfism). Os fragmentos obtidos foram visualizados em gel de acrilamida 5%, através da marcação dos primers com fluorescências específicas e da utilização de seqüenciador automático (ABI 377). Até o momento, 663 fragmentos foram obtidos e analisados em função da presença ou ausência das bandas geradas. Utilizando-se o aplicativo NTSYs, foi calculado um índice de similaridade genética (Jaccard) e a partir dele construído um dendrograma (UPGMA). Os resultados obtidos até o presente momento atestam a grande quantidade de informações geradas por esse tipo de marcador. Todas as linhagens utilizadas no presente estudo foram diferenciadas umas das outras em pelo menos 10% do total de bandas polimórficas utilizadas para as análises. No entanto, as relações de parentesco não são coerentes com as informações sobre a origem genética destas, sugerindo que novos marcadores sejam obtidos.
Checagem da pureza genética de amostras de café Bourbon por meio de marcador microssatélite
(Embrapa Café, 2022-11) Padilha, Lilian; Martinati, Juliana Camargo; Guerreiro Filho, Oliveiro; Pereira, Ligia Alves; Maluf, Mirian Perez
Desenvolvimento de marcadores associados à resistência ao bicho-mineiro: seleção e validação de SNPs
(Embrapa Café, 2019-10) Bazioli, Jaqueline Moraes; Guimarães, Paula de Sousa; Strazza, Bruna Aparecida; Schenk, Juliana Camargo Martinati; Padilha, Lilian; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez
O objetivo deste estudo é o desenvolvimento de marcadores do tipo SNPs associados com a resistência ao bicho-mineiro em café. A estratégia principal utilizou as análises genômicas de microarranjo, para caracterização de expressão diferencial de genes-candidatos em plantas resistentes infestadas com o bicho-mineiro. Inicialmente, análises in silico de 2137 destes genes identificaram aqueles potencialmente relacionados com a especificidade da resposta de defesa da planta. Uma vez selecionados, o perfil de expressão de 22 genes foi confirmado por qRT-PCR em experimentos utilizando plantas resistentes e suscetíveis, infectadas pelo bicho-mineiro. Para busca de polimorfismos do tipo SNPs, que poderão ser utilizados como marcadores para seleção-assistida, selecionamos 4 genes, cujas regiões genômicas foram clonadas e sequenciadas em genótipos parentais da população em estudo. Após análises in silico de sequências genômicas, os polimorfismos do tipo SNPs identificados serviram de base para construção de sondas alelo- específicas, utilizadas na genotipagem de plantas parentais e progênies em seleção. A análise de segregação de SNPs identificados indicou que nenhum dos polimorfismos avaliados apresenta correlação com a característica de resistência ao bicho-mineiro. Estes polimorfismos estão associados com alguma outra característica agronômica não avaliada neste estudo. A genotipagem de outros SNPs identificados está em andamento.
Diversidade genética da espécie Coffea arabica L. avaliada por marcadores microssatélites
(2005) Silvestrini, Milene; Junqueira, Michele G.; Favarin, Andréa C.; Guerreiro, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez; Silvarolla, Maria Bernadete; Colombo, Carlos; Embrapa - Café
Neste trabalho foi avaliada a diversidade e estrutura genética da espécie Coffea arabica por meio de marcadores microssatélites. No total, 115 acessos do Banco Ativo de Germoplasma do IAC foram avaliados, sendo 100 acessos de C. arabica, 5 acessos de C.eugenioides, 4 acessos de C. racemosa e 6 acessos de C. canephora. Entre os acessos de C. arabica, 13 foram cultivares comerciais desenvolvidas pelo IAC, 13 acessos provenientes do Iêmen e 74 acessos de ocorrência espontânea e subespontânea em diferentes regiões da Etiópia e Eritréia, consideradas centros de origem e diversificação da espécie. A análise de agrupamento baseada nas distâncias genéticas de Jaccard evidenciou a estruturação genética dos acessos de C. arabica em dois grandes grupos: o material cultivado do Brasil e Iêmen e os acessos provenientes da Etiópia e Eritréia. As espécies diplóides formaram grupos à parte. O grupo dos materiais cultivados apresentou baixa diversidade genética e foi subdividido entre os acessos provenientes do Iêmen e as cultivares do IAC. Estes resultados estão de acordo com a já constatada estreita base genética do material cultivado e com a história evolutiva de C. arabica. O estudo revelou também uma considerável diversidade genética nos acessos de ocorrência espontânea e subespontânea presentes no BAG, principalmente Kaffa e Illubabor, indicando a importância desse material como fonte de variabilidade genética para fins de melhoramento do caffeeiro.
Expressão de genes de resistência em resposta à infecção por nematóides
(2005) Silvestrini, Milene; Maluf, Mirian Perez; Guerreiro, Oliveiro; Gonçalves, Wallace; Embrapa - Café
A identificação de genes relacionados com a resistência de plantas a pragas e doenças é de grande importância para o entendimento dos mecanismos de defesa envolvidos durante o ataque de patógenos. Atualmente, vários desses genes, identificados em diferentes espécies vegetais, já foram caracterizados ao nível molecular e suas seqüências estão disponíveis em Bancos de Dados. Atualmente, com a conclusão do sequenciamento do Genoma Café, homólogos de genes de defesa tiveram suas seqüências estabelecidas. No entanto, estudos de genômica funcional são necessários para que o papel destes genes no mecanismo de resistência aos patógenos do café seja conhecido. Este trabalho tem como objetivo inicial caracterizar os mecanismos de defesa em café, através da identificação e avaliação da expressão de genes relacionados com a resistência a nematóides. Foram realizadas buscas de seqüências homólogas a genes de defesa no Banco de Dados do Genoma Café através do programa BLAST e foram identificados genes pertencentes a 12 categorias de genes de defesa. Em experimentos de infecção controlada, raízes de cafeeiros suscetíveis e resistentes foram infectadas pelo nematóide Meloidogyne exigua. Amostras de RNA extraído destas raízes serviram como molde para amplificação de transcritos correspondentes a 6 genes de resistência. Os resultados mostram que os genes avaliados neste estudo apresentam uma expressão basal em raízes infectadas pelo nematóide, sugerindo que a ativação da resposta de defesa é controlada por outras famílias de genes não testadas neste estudo.