Navegando por Autor "Mehta, Angela"

Agora exibindo 1 - 11 de 11

Análise in silico de aquaporinas potencialmente envolvidas com o estresse hídrico nas interações café- e citros-Xylella fastidiosa
(2007) Rabello, Fernanda R.; Carazolle, Marcelo F.; Martins, Natália F.; Campos, Magnolia de Araujo; Silva, Marilia S.; Silva, Alba Chiesse da; Souza, Alessandra A. de; Amaral, Alexandre M. do; Mehta, Angela; Embrapa - Café
No Brasil, um dos importantes problemas enfrentados por produtores de café e citros envolve os danos causados pela bactéria Xylella fastidiosa. Esta bactéria causa o entupimento dos vasos do xilema e impede a passagem de água e nutrientes, o que causa uma condição biológica de estresse hídrico. Os genomas de citros e café têm sido investigados funcionalmente e várias seqüências expressas (ESTs) foram identificadas a partir de diversas condições biológicas. Bibliotecas de EST utilizando folhas e ramos infectados com X. fastidiosa foram construídas em citros e café, respectivamente. A análise in silico das ESTs nesses tecidos revelou genes comuns expressos em ambas as culturas. Alguns destes genes codificam para proteínas relacionados com a resposta de estresse hídrico, incluindo a aquaporina, a "drought-induced protein Di19-like protein DIP" e a "fiber protein Fb2". Estes genes foram analisados neste estudo.
Análise in silico de genes de caseín0-quinases tipo I e II de Coffea arabica
(2007) Silva, Alba Chiesse da; Mehta, Angela; Martins, Natália F.; Embrapa - Café
As proteínas quinases são enzimas fundamentais na transmissão de sinais intra e extracelulares de organismos eucariotos, incluindo organismos unicelulares, animais e plantas. Esta classe de enzimas é responsável pela regulação de inúmeros processos celulares, incluindo divisão celular, expressão gênica, desenvolvimento de tecidos, entre outros. No gênero Coffea, há pouca informação sobre as proteínas quinases e o papel que desempenham. Este trabalho tem como objetivo identificar genes semelhantes a caseíno-quinase tipo I e caseíno-quinase tipo II, através da análise in silico utilizando a base de dados do CafEST.
Análise in silico de genes de defesa do café expressos em ramos infectados por Xylella fastidiosa
(2007) Rabello, Fernanda R.; Carazolle, Marcelo F.; Martins, Natália F.; Campos, Magnolia de Araujo; Silva, Marilia S.; Silva, Alba Chiesse da; Mehta, Angela; Embrapa - Café
Um dos problemas que afetam a cultura do café é o depauperamento da folha do cafeeiro ("Coffee Leaf Scorch" - CLS), causado pela bactéria Xylella fastidiosa. Esta bactéria forma agregados no xilema da planta, impossibilitando a passagem de água e nutrientes. Em virtude da importância econômica da cultura do café para o Brasil e das perdas causadas por X. fastidiosa, uma biblioteca de cDNA (RX1) foi construída utilizando ramos de cafeeiro infectados com esta bactéria e os ESTs ("Expressed sequence tags") foram incluídos no banco de dados do CafEST (Genoma Funcional de Café). Com o objetivo de identificar genes potencialmente envolvidos nos processos de defesa de cafeeiro infectado com X. fastidiosa, foi realizada uma análise in silico dos ESTs de RX1. Foi analisado um total de 7502 seqüências, que foram agrupadas em 5483 clusters. A análise global baseada em ontologia de função molecular desses clusters revelou que a maior parte dos genes (cerca de 70%) está envolvida com metabolismo e processos fisiológicos celulares. Aproximadamente 1% dos ESTs está envolvido com estresse biótico e 2% com estresse abiótico. Foram encontrados ainda genes relacionados com a resposta a estímulos externos e ao estresse, diferenciação celular, entre outras funções. Dos 5483 clusters da biblioteca RX1, 2254 representam possivelmente genes únicos, pois não foram encontrados nas outras 37 bibliotecas do CafEST, construídas a partir de diferentes tecidos e condições biológicas. Muitos destes genes estão classicamente envolvidos com os processos de defesa da planta, incluindo aqueles que codificam para oxidases, peroxidases, lipoxigenases, proteínas de resistência, entre outros.
Análise in silico de genes potencialmente envolvidos na reação de hipersensibilidade em Coffea arabica
(2007) Sato, Juliana H.; Silva, Marilia S.; Campos, Magnolia de Araujo; Sá, Maria Fátima Grossi de; Mehta, Angela; Embrapa - Café
A reação de hipersensibilidade (HR) é uma das principais estratégias de defesa da planta tanto contra estresses bióticos quanto abióticos. A HR é geneticamente determinada e envolve a morte programada da célula vegetal infectada ou sob estresse abiótico para conseqüente contenção física de patógenos ou de efeitos negativos de condições ambientais adversas. A célula vegetal que codifica genes relacionado a HR, quando sensibilizada por estresses bióticos ou abióticos, ativa genes produzindo enzimas que participam da HR, tais como a lipoxigenase e a caspase. As caspases participam como chave para o desencadeamento da morte programada da célula vegetal, enquanto o metabolismo da lipoxigenase conduz à formação de moléculas regulatórias e importantes produtos associados ao sabor e aroma das plantas. A análise desses genes no Banco Genoma Funcional do Café (CafEST) revelou várias seqüências expressas relacionadas a caspases e lipoxigenases em diferentes tecidos sob condições de estresse tais como ataques de patógenos e déficit hídrico. Estes genes foram caracterizados in silico e analisados através da construção de uma árvore filogenética.
Análise proteômica de embriões zigóticos e endosperma em sementes de Coffea arabica
(2007) Koshino, Lívia L.; Andrade, Aretusa E.; Silva, Luciano P. da; Bloch, Carlos; Franco, Octávio L.; Eira, Mírian T. S.; Teixeira, Joao Batista; Mehta, Angela; Embrapa - Café
Durante o desenvolvimento da semente de café, proteínas vão sendo depositadas, predominantemente nos cotilédones e no endosperma. As proteínas de reserva 11S são as globulinas mais abundantes na semente de café agindo como fonte de nitrogênio nas reações de torra e garantindo o sabor e aroma característicos. Este estudo teve como objetivo analisar o perfil de proteínas expressas em endosperma e embrião zigótico de sementes de café. Proteínas foram extraídas da semente inteira, e também do endosperma e embrião de café, isoladamente. Em seguida, as proteínas foram analisadas por eletroforese bidimensional (2-DE) e posteriormente por espectrometria de massa. Os spots mais abundantes observados no gel de proteínas de semente inteira foram excisados, tripsinizados e identificados como subunidades da proteína 11S através de espectrometria de massa. Spots com o mesmo pI e massa molecular foram também observados no perfil de proteínas do endosperma e embrião, indicando que a proteína 11S é também muito expressa nesses tecidos. Foi possível identificar algumas destas proteínas, que mostraram identidade com a proteína de reserva 11S de café. Foi obtida uma cobertura de seqüência de peptídeos de aproximadamente 20% de toda a proteína 11S. Duas proteínas diferenciais presentes no endosperma foram também analisadas por espectrometria de massa e identificadas através de seqüenciamento de novo como uma glubulina da mesma família da 11S (Cupin superfamily) e uma proteína alergênica (Pru ar 1).
ESTs de Coffea arabica do tipo genes R classe 3 identificadas no CafEST
(2007) Campos, Magnolia de Araujo; Silva, Flávia B.; Silva, Marilia S.; Albuquerque, Erika V.S.; Teixeira, Cristiane de Camargo; Mehta, Angela; Sá, Maria Fátima Grossi de; Embrapa - Café
Café é uma importante commodity e um dos produtos agrícolas mais comercializados e consumidos no mundo. Por isso, o seqüenciamento em larga escala de seqüências expressas (ESTs) em órgãos de espécies de cafeeiro foi realizado e resultou na formação do banco de dados brasileiro do genoma funcional de café (CafEST). Apesar da produção e consumo de Coffea arabica corresponder à cerca de 70% do mercado de café, essa espécie é altamente susceptível a nematóides, pragas e patógenos. Portanto, há um crescente interesse de programas de melhoramento genético de cafeeiro em desenvolver variedades de C. arabica com resistência a esses agentes fitopatológicos. Inúmeros genes de resistência (genes R) já foram isolados de várias plantas e foram agrupados em classes de 1 a 6. Com o objetivo de elucidar se subclasses das 6 classes de genes R estão representadas nos genomas de espécies de café, uma estratégia de identificação de genes baseada em mineração de dados genômicos está sendo empregada para selecionar ESTs do banco CafEST que representem cada classe e subclasse já descrita. O presente trabalho relata a presença de um total de 293 ESTs relacionadas com genes R classe 3 (genes do tipo LRR/NBS/TIR) no genoma de C. arabica, as quais foram identificadas dentro do banco CafEST por homologia no BLAST. Dentre essas seqüências, 101 representam a subclasse RPP4 e foram agrupadas em 56 clusters. Adicionalmente, 93 ESTs representando a subclasse RPP5 foram encontradas e agrupadas em 46 clusters. Finalmente, as últimas 99 ESTs encontrados representam a subclasse RPS4 e foram agrupadas em 54 clusters. No entanto, nenhuma EST foi encontrada representando as outras subclasses de genes R classe 3 (L, M, N, P e RPP1) no banco CafEST com base nos critérios empregados. A estratégia usada para selecionar ESTs de C. arabica que potencialmente codificam genes R classe 3 dentro do CafEST permitiu a identificação de vários prováveis genes.
Exploração do banco de dados CafEST em busca de prováveis genes de Coffea arabica envolvidos na biossíntese de fenilpropanóides
(2007) Campos, Magnolia de Araujo; Medeiros, Fernanda C.L.; Pereira, Lívia M.; Resende, Mário Lúcio Vilela de; Silva, Marilia S.; Mehta, Angela; Sá, Maria Fátima Grossi de; Embrapa - Café
Compostos naturais denominados fenilpropanóides apresentam funções na defesa vegetal, desempenhando papéis tanto na defesa pré-existente quanto na defesa induzida local e sistêmica em resposta ao ataque de patógenos. Prováveis genes que codificam para cada uma das 21 enzimas-chave envolvidas na biossíntese de fenilpropanóides em C. arabica foram identificados dentro do banco de dados brasileiro de genoma funcional de café (CafEST). De um total de 3559 ESTs selecionadas , 101 ESTs provavelmente representam a classe fenilalanina-amônia-liase (PAL). PAL catalisa a reação de desaminação de fenilalanina para gerar ácido cinâmico, dando início à rota dos fenilpropanoides. Os maiores números de ESTs, 521 e 490, foram encontrados representando as classes das enzimas cinamato 4-hidroxilase (C4H) e isoflavona O-metil-transferase (IOMT), respectivamente. Os menores números de ESTs encontrados, 21 e 36, representam as classes das enzimas chalcona isomerase (CHI) and cafeoil coenzima A O-metil-transferase (CCOMT). Análise detalhada dos 11 clusters de ESTs do tipo PAL revelou que seqüências de aminoácidos deduzidas compartilham alta similaridade (84-100%) com proteínas PAL isoladas das plantas Coffea canephora, Ipomoea nil, Catharanthus roseus, Jatropha curcas e Ulmus pumila. Além disso, a presença de uma possível ORF completa foi revelada. Ainda foi possível observar que das 101 ESTs identificadas para a classe PAL, 38 foram expressas em folhas de C. arabica sob diferentes condições, sendo a maioria encontrada em folhas de ramos plagiotrópicas de plantas adultas não tratadas com Bion. As ESTs do tipo PAL expressas em folhas estão presentes em 5 dos 6 contigs e em 2 singlets. A análise de ‘neighbour-joining’ gerou um filograma que agrupou cinco seqüências oriundas de contigs do tipo PAL de C. arabica em dois grupos maiores. A presença de possíveis membros de todas as enzimas-chave envolvidas na biossíntese de fenilpropanóides no genoma de C. arabica ainda não tinha sido relatada. Os prováveis genes identificados neste trabalho são candidatos para análises in silico e experimentais sobre o perfil de expressão. A elucidação da via de biossíntese de fenilpropanóides no metabolismo de café pode gerar impactos sobre o desfecho da resistência a doenças nesta cultura economicamente importante, levando a ganhos positivos sobre o agronegócio cafeeiro.
Expressão de genes em ramos de café depauperado com a presença de Xylella fastidiosa
(2003) Mehta, Angela; Oliveira, Angélica C. de; Eira, Mírian T. S.; Leite, Rui Pereira; Andrade, Alan Carvalho; Silva, Felipe R. da; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
A cultura do café possui grande importância econômica para o Brasil por constituir um dos principais produtos de exportação do país. Os principais problemas relacionados à cultura do café são a ocorrência de estresses bióticos causados por pragas e doenças e estresses ambientais (hídrico, nutricional, etc). Recentemente, foi reportado o depauperamento de plantas de café causado por Xylella fastidiosa. Essa doença vem atingindo todas as regiões produtoras de café no país, causando perdas econômicas apreciáveis, principalmente para o estado de Minas Gerais que é um dos principais produtores desta cultura. O mecanismo de patogenicidade de Xylella fastidiosa ainda não é bem compreendido. A bactéria coloniza os vasos do xilema formando agregados que bloqueiam a passagem de água e nutrientes. Acredita-se que polissacarídeos e enzimas extracelulares tenham um papel importante na colonização dos vasos do xilema. Entretanto, os mecanismos de interação planta-patógeno não são conhecidos. Em 2001 foi iniciado um projeto para o sequenciamento de 200.000 ESTs de café em diferentes situações biológicas. O objetivo principal deste projeto é identificar genes que possam ser utilizados em programas de melhoramento da qualidade e competitividade do café. O presente trabalho teve por objetivo identificar genes expressos em plantas de café depauperadas com a presença de Xylella fastidiosa. Ramos de plantas de café apresentando os sintomas típicos relacionados a Xylella fastidiosa, como internodios curtos, presença de folhas pequenas em tufos, foram coletados. Uma análise preliminar em microscópio foi realizada para verificar a presença da bactéria nos feixes do xilema. Posteriormente, a presença de X. fastidiosa foi confirmada através de PCR utilizando DNA dos ramos e primers específicos para a bactéria. Uma biblioteca de cDNA foi construída a partir deste material vegetal e os resultados preliminares obtidos serão apresentados. Tentativas foram também realizadas para infiltrar a bactéria em radículas de café, uma vez que esta bactéria também já foi isolada de raízes de plantas depauperadas. A presença da bactéria nas radículas foi confirmada através de PCR com primers específicos 10 e 20 dias após a infiltração. Pretende-se analisar a expressão diferencial de radículas infiltradas e sadias na tentativa de se isolar genes relacionados a resposta da planta à presença de X. fastidiosa. Espera-se, com este projeto, que genes relacionados à interação de plantas de café com Xylella fastidiosa sejam identificados de maneira a contribuir em programas de melhoramento.
Expressão diferencial de proteínas em raízes de Coffea canephora infectadas com o nematóide endoparasita Meloidogyne paranaensis
(2005) Andrade, Aretusa E.; Albuquerque, Erika V.S.; Sá, Maria Fátima Grossi de; Carneiro, Regina M. D. Gomes; Mehta, Angela; Embrapa - Café
Muitos estudos têm focado na caracterização funcional de proteínas codificadas por genes de resistência a diversos patógenos. Neste estudo, a expressão de proteínas durante a interação entre a planta de café resistente, Coffea canephora e o patógeno Meloidgyne paranaensis foi realizada. Raízes de C. canephora foram infectadas com inóculos do nematóide na fase de juvenis (J2) com aproximadamente 1000 larvas por planta no total de 24 plantas. As raízes foram coletadas em um intervalo de tempo de 3, 6 e 10 dias após a infecção. Raízes não infectadas foram utilizadas como controle. As raízes foram lavadas com uma solução de água e hipoclorito de sódio a 10%; congeladas e armazenadas a -80ºC . O material foi utilizado para extração de proteínas, que foram submetidas a eletroforese bidimensional (2-DE). Os resultados obtidos através de 2-DE revelaram várias proteínas diferenciais nos diferentes tempos após a infecção quando os mapas foram comparados à condição controle. Na análise dos mapas de tempo 3 , 5 proteínas diferencias foram visualizadas. Enquanto que os mapas de tempo 6 e 10 revelaram 6 e 5 proteínas diferenciais, respectivamente. Essas proteínas deverão ser identificadas através de espectrometria de massa na tentativa de associá-las ao processo de resistência ao nematóide Meloidgyne ssp , já que os mecanismos de defesa de plantas envolvem a expressão de proteínas específicas associadas ao reconhecimento do patógeno, ativando uma gama de outras proteínas responsáveis pela resistência.
Identificação de prováveis genes R classe 1 e 2 de Coffea arabica no Banco Brasileiro Genoma Funcional de Café (CafEST)
(2007) Silva, Marilia S.; Albuquerque, Erika V.S.; Teixeira, Cristiane de Camargo; Campos, Magnolia de Araujo; Mehta, Angela; Martins, Natália F.; Sá, Maria Fátima Grossi de; Embrapa - Café
O café é um produto agrícola tradicional da economia brasileira que representa 2,4% do valor total das exportações e gera cerca de 8 milhões de empregos. O Brasil produz aproximadamente 40% do café comercializado no mercado internacional, além de ser o segundo maior consumidor mundial desse produto, particularmente da espécie Coffea arabica. Apesar da produção e consumo de C. arabica corresponder à cerca de 70% do mercado de café, essa espécie é altamente susceptível a nematóides, pragas e doenças. Portanto, há um crescente interesse de programas de melhoramento genético de cafeeiro em desenvolver variedades de C. arabica com resistência a nematóides, pragas e doenças. Um grande número de genes de resistência (genes R) de plantas já foi isolado e classificado em seis grupos denominados classe 1- classe 6. A maioria dos genes R conhecidos pertence à classe 2 e codifica proteínas que contêm os seguintes domínios em sua sequência: nucleotide binding site (NBS), leucine-rich repeat (LRR) e, no N-terminal, um domínio leucine-zipper (LZ) ou outra sequência coiled-coil (CC). A classe 1 compreende genes R homólogos ao membro tipo dessa classe, que é o gene R denominado pto, o qual codifica uma proteína que apresenta o domínio catalítico de serina/treonina quinase e regiões de miristilação em sua porção N-terminal. Seqüências aminoacídicas bem descritas correspondentes a genes R das classes 1 e 2 foram usadas para rastrear o Banco Brasileiro Genoma Funcional de Café (CafEST) por sequências de ESTs homólogas de genes R classes 1 e 2 em C. arabica. Os ESTs selecionados nessa busca foram agrupados em clusters (contigs ou singlets), os quais foram subseqüentemente analisados quanto a homologias com genes R disponíveis em banco de dados públicos. Alinhamentos múltiplos entre seqüências de aminoácidos deduzidas a partir das seqüências consensos dos contigs do tipo genes R do CafEST e seqüências homólogas foram usados para gerar filogramas. Os filogramas gerados indicam ambas as classes 1 e 2 de prováveis genes R de C. arabica estão consideravelmente representadas no CafEST, um vez que alto número total de ESTs foi recuperado quando do rastreio desse banco, ou seja, 525 ESTs homólogos a genes R classe 1, agrupados em 262 clusters (118 contigs e 144 singlets), e 449 ESTs homólogos a genes R classe 2 agrupados em 190 clusters (82 contigs e 108 singlets), perfazendo um total de 973 ESTs e 452 clusters (200 contigs e 252 singlets). Ademais, os filogramas mostram que as seqüências de aminoácido deduzidas a partir de contigs de C. arabica do CafEST podem ser agrupadas em quatro grupos de prováveis genes R classe 1 e quatro grupos de prováveis genes R classe 2, além de mostrar que as seqüências desses contigs são consideravelmente homólogas às seqüências conhecidas de genes R usadas para rastrear o CafEST. Análises de domínios típicos de proteínas R estão em andamento e poderão adicionar novas informações a estes dados. Esse estudo vai auxiliar o futuro desenvolvimento de marcadores moleculares correlacionados com marcadores genéticos de resistência em cafeeiro e o futuro isolamento de sequências completas de genes R de C. arabica que poderão ser usados em transgenia de plantas.
Identificação de prováveis genes R classe 2 análogos ao gene Mi de tomate no banco brasileiro de ESTs genoma funcional do café (CafEST)
(2007) Teixeira, Cristiane de Camargo; Albuquerque, Erika V.S.; Silva, Marilia S.; Martins, Natália F.; Mehta, Angela; Sá, Maria Fátima Grossi de; Campos, Magnolia de Araujo; Embrapa - Café
A cultura do café impõe um constante desafio aos produtores, devido ao grande número de problemas de doenças e pragas que ocorrem durante praticamente todo o ciclo. Apesar de ser um produto agrícola comercial tradicional da economia brasileira, as cultivares apresentam alta susceptibilidade a pragas e doenças. Esses problemas fitossanitários têm aumentado os danos à cultura e a contaminação ambiental. Portanto, grandes esforços têm sido realizados por diferentes equipes de melhoristas no sentido de obtenção de cultivares de café que combinem alto rendimento com resistência a estresses bióticos e abióticos e boa qualidade de bebida. O desenvolvimento de cultivares melhoradas é um desafio para aumentar a sustentabilidade do agronegócio café. Genes de resistência (R) tem sido isolados em várias espécies de plantas, sendo que a grande maioria destes genes R possuem o domínio NBS (Nucleotide binding site). Os genes R que possuem esse domínio estão classificados como pertencentes a classe 2 de genes R. Utilizamos para rastrear seqüências no Banco Brasileiro de ESTs Genoma Funcional de Café (CafEST) a seqüência do gene de resistência Mi do tomate, por ser uma seqüência bem descrita e conhecida, e também pelo fato do tomate pertencer a uma família próxima a família do café. As seqüências isoladas do CafEST foram agrupadas formando contigs (duas ou mais seqüências homólogas) e seqüências únicas (singlets). As seqüências consenso dos contigs foram blastadas contra o banco de dados NCBI para confirmar a homologia com genes R já descritos e para encontrar as fases abertas de leitura (ORFs - Open Reading Frame) e possíveis domínios conservados. As seqüências de aminoácido das ORFs foram analisadas e alinhadas, e um filograma foi gerado. O filograma gerado indica a existência de várias seqüências no CafEST homólogas a genes de resistência e também homólogas ao gene de resistência Mi do tomate. Esta análise confirma a eficiência de buscar seqüências homólogas a genes de resistência utilizando-se seqüências ancoras de genes conhecidos, auxiliando o desenvolvimento de marcadores moleculares para seleção assistida por marcadores, mapeamento genético e isolamento de genes de resistência no café.