SPCB (05. : 2007 : Águas de Lindóia, SP) - Resumos Expandidos
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Resultados da Pesquisa
Item Construção de macroarranjos de cDNA de café, para a identificação de genes de interesse agronômico(2007) Vinecky, Felipe; Vieira, Natália G.; Ferreira, Daniela L.A.; Freire, Luciana P.; Marraccini, Pierre Roger Rene; Silva, Felipe R. da; Andrade, Alan Carvalho; Embrapa - CaféPara a construção dos macroarranjos, foi gerado inicialmente um conjunto não redundante de clones (Unigene), resultante da análise do banco de dados gerado no projeto Genoma Café. Utilizando-se um sistema automatizado para o rearranjo (Q-Bot), um conjunto não redundante com aproximadamente 33 mil clones foi rearranjado, perfazendo um total de 86 placas de 384 poços. O DNA plasmidial de todo esse conjunto de clones (33 mil), foi extraído e amostras representativas de cada uma das placas foi analisada por eletroforese em gel de agarose. Com o objetivo de se ter uma idéia do resultado do rearranjo, 4 clones aleatórios (1 clone/ quadrante de 96) de cada placa de 384 foram seqüenciados e comparados por análises de BlastN na Base de Dados do Genoma Café, para a confirmação da identidade dos clones. Do total de seqüências analisado, verificou-se uma porcentagem de 8% de erros ocorridos no rearranjo. Essas placas foram rearranjadas e amostras, novamente seqüenciadas. Após essa etapa, as membranas serão construídas e o presente trabalho teve como objetivo, avaliar a metodologia para a construção de macroarranjos, em escala piloto, para se determinar as melhores condições para a impressão de DNA nas membranas do Unigene Café. Foram avaliados os parâmetros, tipo de DNA a ser impresso (DNA plasmidial vs. Produto de PCR) e a concentração a ser utilizada. De modo geral, a impressão das membranas utilizando-se o equipamento Q-Bot (Genetix) foi bastante uniforme entre as repetições, apresentando muito baixa variação e como esperado, os sinais radioativos apresentados pelos produtos de PCR, foram superiores aos de plasmídeo, devido à razão molar diferente e provável melhor desnaturação devido ao fato de serem fragmentos de DNA lineares.Item Análises integradas de proteômica e metabolômica associadas à qualidade do café(2007) Silva, Vladimir Costa; Melo, Jorge A. T.; Barbosa, Éder A.; Silva, Luciano P. da; Bloch, Carlos; Andrade, Alan Carvalho; Embrapa - CaféA recente introdução de tecnologias proteômicas e metabolômicas na análise e pesquisa da qualidade de alimentos inaugura uma nova era de caracterização e identificação molecular. A pesquisa com café, em particular, experimenta um incrível desenvolvimento nas áreas de caracterização de sabor, aroma e qualidade de frutos. O presente estudo demonstra os benefícios da integração de estratégias proteômicas e metabolômicas para avaliar dois tipos de grãos de café pré-selecionados por critérios de seleção sensoriais. Os resultados até agora claramente indicam a existência de proteínas diferenciais e pequenas moléculas que podem ser utilizadas na identificação de marcadores moleculares associados à qualidade.Item Análise da expressão de genes candidatos para a tolerância à seca em folhas de clones de Coffea canephora var. Conillon, caracterizados fisiologiamente(2007) Marraccini, Pierre Roger Rene; Silva, Vânia Aparecida; Elbelt, Sonia; Guimarães, Breno Lourenzzo Salgado; Loureiro, Marcelo Ehlers; DaMatta, Fábio Murilo; Ferrão, Maria Amélia Gava; Fonseca, Aymbiré Francisco Almeida da; Silva, Felipe R. da; Andrade, Alan Carvalho; Embrapa - CaféGenes candidatos envolvidos na tolerância à seca no cafeeiro, foram selecionados através de uma analise in silico (Northern eletrônico) das bibliotecas de cDNA SH2 e SH3 presentes na Base de Dados do Genoma Café. Assim, 18 "contigs" apresentando, uma expressão diferencial nas análises in silico, foram identificados e caracterizados por análises de Northern-blot, utilizando-se RNA total extraído de folhas de clones de Coffea canephora var. Conillon, sensíveis e tolerantes à seca, caracterizados fisiologicamente em experimentos com vasos realizados em casa de vegetação. Os resultados de caracterização fisiológica indicam que o clone 22 (sensível) apresentou queda mais rápida do potencial hídrico, devido à maior condutância estomática. Além disso, sob -3,0MPa, o clone 22 apresenta menor fotossíntese que os demais, devido ao maior estresse oxidativo que ocorre nas folhas. Os resultados das análises da expressão gênica indicam que a maioria dos genes candidatos identificados pelas análises de Northern eletrônico, também apresentavam expressão diferencial nas análises por Northern-blot. Além disso, alguns desses genes candidatos, apresentavam perfil de expressão diferencial entre os quatro materiais genéticos testados (clones sensíveis vs. tolerantes à seca). Perspectivas de uso dessas informações são discutidas. Palavras-chave: tolerância seca, estresseItem Construção de uma biblioteca genômica de cromossomo artificial de bactéria de Coffea arabica(2007) Cação, Sandra Maria Bellodi; Diniz, Leandro Eugenio Cardamone; Silva, Nathalia V.; Veniky, Filipe; Andrade, Alan Carvalho; Pereira, Luiz Filipe Protasio; Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Embrapa - CaféA produção de mapas físicos em plantas tem grande importância para estudos de genética e melhoramento. O passo inicial para produção destes mapas é a construção de bibliotecas genômicas com largos fragmentos de DNA, em vetores do tipo cromossomo artificial de bactéria (BAC) ou de levedura (YAC). Visando a produção de um mapa físico, o objetivo deste trabalho foi construir uma biblioteca genômica de BAC de café. Fragmentos de DNA de alto peso molecular de C. arabica híbrido de Timor cv. 832/2 foram clonados no vetor pCC1BAC e transformados em E. coli DH10B. Após transformação 57000 clones foram inicialmente obtidos e ordenados manualmente em placas de 96 poços. A biblioteca foi transferida em triplicata para placas de 384 poços, com equipamento Q-BOT, resultando em 55.778 clones em 148 placas. A verificação do tamanho do inserto de 130 clones revelou tamanho médio de 115-120 Kb. A cobertura do genoma haplóide estimada para C.arabica foi de cinco vezes. A validação da biblioteca presença de DNA de cloroplasto e mitocôndria, assim como a seleção inicial com sondas para iniciar o mapeamento físico, está sendo realizada através de hibridização de colônias em membranas contendo 18.462 clones em duplicata.Item Imagens por espectrometria de massa (IMS) como uma ferramenta inovadora para estudos moleculares de frutos de café(2007) Silva, Luciano P. da; Vinecky, Felipe; Barbosa, Éder A.; Andrade, Alan Carvalho; Bloch, Carlos; Embrapa - CaféO desenvolvimento do fruto de café é um processo que pode durar de algumas poucas semanas a mais do que um ano dependendo da espécie e se inicia com a antese até a completa maturação dos frutos. A espécie Coffea arabica requer de 6-8 meses para atingir a maturação. Devido a diversas florações poderem ocorrer em C. arabica em uma mesma estação produtiva, o crescimento dos frutos é assíncrono, com uma mesma planta podendo apresentar proporções variadas de frutos em diferentes estágios de desenvolvimento, o que pode prejudicar a qualidade final da bebida. Com exceção do grande número de estudos relacionados com o metabolismo da cafeína, muito pouco se sabe acerca de proteínas e vias metabólicas importantes para a qualidade da bebida de café. Dessa forma, estudos de expressão de proteínas associados com o perfil de distribuição das proteínas nos tecidos podem fornecer informações importantes para o melhor entendimento do envolvimento de macromoléculas durante o desenvolvimento do fruto de café. A obtenção de imagens moleculares a partir de íons detectados por meio de métodos de espectrometria de massa tem aberto uma nova fronteira no que diz respeito à detecção de moléculas em amostras de tecido. Esta metodologia denominada imaging mass spectrometry tem sido utilizada com sucesso para o mapeamento espacial de peptídeos e proteínas diretamente de amostras de diversos tecidos. No presente estudo, a distribuição espacial de macromoléculas durante diferentes estágios de desenvolvimento de frutos de café é apresentada. Adicionalmente, com a utilização de técnicas de cromatografia foi possível identificar uma proteína diferencialmente expressa e com prováveis modificações pós-traducionais em certas regiões do endosperma.