UFLA - Dissertações
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Resultados da Pesquisa
Item Análise de expressão gênica de membros da família Saur durante a embriogênese somática de Coffea arabica(Universidade Federal de Lavras, 2017-04-17) Zanin, Fabiana Couto; Diniz, Leandro Eugenio CardamoneTendo em vista a importância do processo de embriogênese somática para a obtenção em larga escala de embriões produtivos selecionados e para pesquisas de melhoramento genético, o presente trabalho objetivou-se por caracterizar os genes SAUR em Coffea canephora e analisar a expressão gênica de alguns membros da família durante a embriogênese somática, além de especular suas possíveis funções. A análise in silico da família gênica foi realizada a partir da comparação de proteínas SAUR já caracterizadas em outras espécies com sequências de café distribuídas no banco de dados Coffee Genome Hub, que passaram por análise de redundância e presença do domínio conservado característico dos genes. Foi construída uma biblioteca de transcritos de C. arabica a partir de amostras de cDNA de calos não embriogênicos (CNE), calos embriogênicos (CE) e suspensões celulares (ECS) sequenciadas, onde foram identificados genes SAUR diferencialmente expressos. O perfil de expressão foi então analisado por RT-qPCR em amostras de C. arabica. Em C. canephora foram encontrados 31 membros da família SAUR, destes, 8 encontraram-se diferencialmente expressos nas bibliotecas sequenciadas e o perfil dos genes SAUR5, 12, 13, 18 e 20 foram analisados in vivo no presente trabalho. Ainda são necessários estudos mais aprofundados para determinar as funções de cada um dos genes analisados durante a embriogênese somática, mas os resultados obtidos parecem estar de acordo com outros estudos de que os genes SAUR são induzidos por auxina e estão, em grande parte, envolvidos com expansão e elongação celular.Item Seleção de genes de referência e perfis de expressão gênica da família LAV durante a embriogênese somática em cafeeiro(Universidade Federal de Lavras, 2015-02-26) Freitas, Natália Chagas; Paiva, Luciano VilelaVisando contribuir para a compreensão do processo de indução da embriogênese somática, fundamental para o desenvolvimento de protocolos de regeneração mais eficientes, objetivou-se com esse trabalho identificar, caracterizar e analisar os padrões de expressão dos genes da família LAV durante a embriogênese somática indireta de Coffea arabica L. a partir da normalização de dados de RT- qPCR com genes de referência adequados. A correlação da expressão dos genes com o potencial embriogênico foi realizada comparativamente com o auxílio de análises histológicas e regeneração de embriões somáticos em duas linhagens independentes de suspensões celulares. Primeiramente, foi analisada a estabilidade de expressão de doze candidatos a genes de referência (24S, ACT, GAPDH, CYCL, EF1a, TUB, PP47, PP2A, RPL39, APRT, UBQ, 14-3-3) em diferentes tecidos e fases de desenvolvimento relacionados a embriogênese somática do cafeeiro. As análises foram realizadas através da ferramenta RefFinder que compila os algoritmos estatísticos geNorm, NormFinder, BestKeeper e Delta-Ct. Os resultados obtidos sugerem que não há um gene de referência universal adequado para todas as variáveis experimentais. A expressão mais estável em calo não embriogênico, calo embriogênico e suspensão celular em diferentes tempos de cultivo correspondeu aos genes UBQ, ACT e APRT, respectivamente. O gene RPL39 apresentou maior estabilidade na análise em conjunto de calos não embriogênicos e embriogênicos. Enquanto em plântula e embrião nos diferentes estádios, PP2A apresentou maior estabilidade de expressão. A análise em conjunto de todas as amostras indicou que 24S e PP2A são os genes de referência mais adequados para normalização de dados de RT-qPCR. Com o auxílio de ferramentas de bioinformática, foram identificados apenas três possíveis ortólogos de VAL2 (C15, SEA1 e SIC1) dentre os genes da família LAV. Os perfis de expressão verificados in vivo diferiram dos obtidos in silico, os dados mostraram expressão quantitativa relativa variável do C15 e SIC1 em todas as amostras analisadas e ausência de expressão de SEA1 em todos os tecidos. Não foi verificado relação dos níveis de expressão de C15 e SIC1 com o potencial embriogênico. As linhagens de suspensões celulares apresentaram o mesmo padrão histológico e aumento da taxa de regeneração em função do tempo de cultivo. O bom desenvolvimento das plântulas obtidas a partir do protocolo utilizado pode ser reflexo da alta expressão de VAL2 nos embriões cotiledonares. O conhecimento da expressão de VAL2 abre perspectiva para a melhoria do sistema de propagação via embriogênese somática, visando assegurar a conversão de embriões em plântulas normais.Item Análise da expressão dos genes Baby Boom (BBM) e Somatic Embryogenesis Receptor-like Kinase (SERK) envolvidos na embriogênese somática do cafeeiro (Coffea arabica L.)(Universidade Federal de Lavras, 2011-02-25) Silva, Anderson Tadeu; Paiva, Luciano VilelaRetrata-se, neste estudo, os genes identificados e caracterizados na embriogênese somática de Coffea arabica L. cv Catiguá conduzidos no Laboratório Central de Biologia Molecular (LCBM), na Universidade Federal de Lavras (UFLA), Minas Gerais. A embriogênese somática – formação do embrião a partir de células somáticas é um mecanismo de reprodução assexuada natural em algumas espécies vegetais, mas que pode ser induzido in vitro de modo generalizado. Análises histológicas das características diferenciadoras entre células somáticas e embriogênicas podem ser usadas para aumentar a eficiência metodológica, porém, não permitem o diagnóstico dos eventos indutores da transição entre essas características e, portanto, o estudo e obtenção de marcadores moleculares ligados aos eventos de transição são de extrema utilidade. Nesse contexto, foi avaliada a expressão in silico e in vitro dos genes SERK (Somatic Embryogensesis Receptor Kinase) e BBM (Baby Boom), envolvidos no processo de transição do estado vegetativo para o embriogênico, visando à expressão diferencial “in vitro” e também a busca por um marcador molecular, mediante análises in silico. No artigo 1 apresenta-se a expressão diferencial do gene SERK nos estágios de calos embriogênicos, calos não embriogênicos e suspensão celular. Um total de três ESTs-contigs foram analisados, em que o ESTs-contig 166 apresentou, em sua expressão, características diferenciadas para a embriogênese de café. Esses dados sugerem que o ESTs-contig 166 seja o possível ortólogo de SERK em C. arabica (CaSERK) e indicam que essa estratégia pode aumentar ainda mais a eficiência metodológica para a obtenção de suspensão de células embriogênicas - ECS, em outras espécies e cultivares . No artigo 2 apresenta-se a expressão diferencial do gene BBM nos estágios de calos embriogênicos, calos não embriogênicos e suspensão celular. Um total de dois ESTs-contigs foram analisados, em que o ESTs-contigs 9 apresentou uma alta e exclusiva expressão nos estágios de calos embriogênicos e suspensão celular, em relação aos calos não embriogênicos. Esses dados sugerem que ESTs-contig 9 seja o possível ortólogo de BBM em C. arabica (CaBBM) e indicam que o uso dele como marcador molecular pode aumentar ainda mais a eficiência metodológica durante a obtenção de materiais embriogênicos de cafeeiro. Pelo artigo 3 indica-se uma relação transiente de indução e retroinibição entre CaBBM e CaSERK durante a curva de crescimento das ECS, na qual a expressão diametralmente opostas entre eles coincide com a estabilização da taxa de crescimento das ECS. No artigo 4 apresenta-se a possíbilidade de cinco ESTs-contigs identificados in silico nas bibliotecas de cafeeiro, também serem usados como marcadores do processo de aquisição embriogênica.