SPCB - Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil
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Resultados da Pesquisa
Item Predição do secretoma de Hemileia vastatrix raça XXXIII(Embrapa Café, 2015) Porto, Brenda Neves; Caixeta, Eveline Teixeira; Vidigal, Pedro Marcus Pereira; Lelis, Daniela Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Resende, Mário Lúcio Vilela deO uso de cultivares de café resistente à Hemileia vastatrix, o agente causal da ferrugem alaranjada, é a estratégia mais eficiente de controle dessa doença. A obtenção de genótipos resistentes tem sido um desafio devido ao alto potencial adaptativo do fungo e, consequentemente, surgimento de novas raças fisiológicas do patógeno que suplantam as cultivares resistentes. Durante a interação com o café, o fungo secreta proteínas efetoras que modificam a estrutura e função da célula hospedeira, permitindo o estabelecimento da colonização parasitária. Para ampliar o conhecimento das proteínas efetoras de H. vastatrix, neste trabalho, os reads obtidos do sequenciamento denovo do DNA genômico desse fungo foram analisados, e com o proteoma deduzido foi predito o secretoma. Foram identificadas 615 proteínas contendo peptídeo sinal localizado na via de secreção e sem domínios transmembrânicos. Essas foram anotadas e são consideradas as potenciais proteínas secretadas de H. vastatrix. Desse secretoma obtido, 385 proteínas preditas apresentaram homologia com as de Puccinia. graminis f. sp. tritici, 109 com Melampsora larici-populina, 39 com H. vastatrix e 72 não apresentaram homologia com proteínas depositadas no Genbank, as quais podem ser candidatas a efetores específicos de H. vastatrix. Esse resultado confirma que proteínas secretadas são conservadas dentro da mesma família, uma vez que, a maior parte delas mostraram homologia entre as ferrugens pertencentes à família Pucciniaceae (H. vastatrix e Puccinia. graminis f.sp. tritici). O baixo número de homologia encontrado para H. vastatrix (39) deve-se ao fato de que, até o momento, estão depositadas poucas proteínas desse fungo nos bancos de dados públicos. As análises obtidas fornecem uma informação abrangente das proteínas secretadas de H. vastatrix, uma vez que foram realizadas com base no sequenciamento estrutural do genoma.Item Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro(Embrapa Café, 2013) Alkimim, Emilly Ruas; Caixeta, Eveline Teixeira; Sousa, Tiago Vieira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuMarcadores moleculares intimamente ligados a dois genes maiores (SH3 e SH?) que conferem resistência à ferrugem do cafeeiro foram previamente identificados e têm potencial para serem usados em programas de melhoramento visando identificar e monitorar genótipos contendo resistência a esse patógeno. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi incorporar a estratégia de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM) associados a esses genes no programa de melhoramento do cafeeiro. Inicialmente os marcadores moleculares disponíveis na literatura foram validados e então utilizados na seleção assistida de 160 genótipos. Esses cafeeiros fazem parte do germoplasma da UFV/Epamig e foram introduzidos do CIFC por serem potencialmente portadores de resistência à ferrugem. Por meio dos marcadores validados foi possível identificar nove indivíduos resistentes homozigotos para o gene SH3, UFV311-48 (F2), UFV311-56 (F2), UFV313-133 (F2), UFV329-78 (F2), UFV334-65 (F2), UFV335-12 (F2), UFV335-77 (F2), UFV399-45 (F2) e UFV409-08 (F2). O gene SH3 confere resistência a diferentes raças do patógeno e a sua incorporação em variedades de interesse tem sido sugerida como importante estratégia para obter resistência a essa doença. Também foram identificados cafeeiros que além se serem portadores do gene SH3 em homozigose, apresentaram o gene SH? proveniente do Híbrido de Timor (HT). Tais genótipos são o UFV311-48 (F2), UFV 311-56 (F2), UFV313-133 (F2), UFV334-65 (F2), UFV399-45 (F2) e UFV409-08 (F2). Esse gene originado do HT confere resistência a outras raças do patógeno. Logo, por meio da SAM, foram identificados cafeeiros portadores de dois diferentes genes de resistência que juntos são capazes de conferir resistência a um amplo espectro de raças de H. vastatrix, fungo causador da ferrugem, permitindo obter resistência durável. Os cafeeiros identificados poderão ser utilizados no avanço de geração ou em cruzamentos para a introdução desses genes em outros materiais genéticos de interesse nos programas de melhoramento. A utilização dos marcadores moleculares validados, nos programas de melhoramento, serão imprescindíveis para monitoramento dos genes nas diferentes gerações e cruzamentos.Item Caracterização molecular de uma coleção de germoplasma de cafeeiros Bourbon(Embrapa Café, 2015) Pestana, Rosa Karla Nogueira; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Moreira, Karoliny Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuA caracterização molecular tem sido realizada em Bancos de Germoplasma para conhecer a diversidade genética entre e dentro dos acessos, o que é crucial para o manejo eficiente e utilização dessas coleções. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi caracterizar os acessos de Bourbon do Banco de Germoplasma de café da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), por meio de marcadores moleculares AFLP e SSR. Foram utilizados 439 cafeeiros do grupo Bourbon, além de acessos de outros grupos como Típica, Sumatra, Mundo Novo, Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Caturra Vermelho, Caturra Amarelo e Amarelo de Botucatu, que apresentam características de interesse para os programas de melhoramento do cafeeiro. Para conhecer a diversidade genética e a relação dos acessos foram realizadas analises de agrupamento usando 64 marcas SSR e AFLP. Os marcadores moleculares utilizados discriminaram a maioria dos cafeeiros analisados. Uma ampla variabilidade foi observada, sendo encontrados acessos de Bourbon geneticamente relacionados com cafeeiros dos diferentes grupos, incluindo as cultivares mais plantadas no Brasil. Os dados moleculares sugerem que, apesar da reconhecida base genética estreita de C. arabica, o germoplasma de Bourbon pertencente a Epamig apresenta relativa diversidade genética que pode ser explorada nos programas de melhoramento do cafeeiro.Item Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem(Embrapa Café, 2013) Sousa, Tiago Vieira; Caixeta, Eveline Teixeira; Alkimim, Emilly Ruas; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuOs ganhos alcançados com o melhoramento genético do cafeeiro no Brasil resultaram na obtenção de cultivares com potencial produtivo muito superior ao das cultivares tradicionais. Atualmente, 123 cultivares de C. arabica estão registradas, destas oito são protegidas. Para que uma cultivar possa ser registrada e ou protegida é obrigatório que ela seja distinta, homogênea e estável (DHE). Na comprovação de DHE de uma cultivar são usados descritores mínimos, sendo que os marcadores morfológicos tem sido os mais utilizados. No entanto, as cultivares comerciais são cada vez mais próximas fenotipicamente, o que dificulta a discriminação precisa desses materiais por meio desses descritores. Assim sendo, uma alternativa que venha auxiliar nos testes de DHE é de extrema necessidade e proporcionará grandes benefícios. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares pode discriminar com maior precisão e segurança as cultivares as quais se deseja registrar e ou a proteger. Nesse contexto, o presente trabalho objetivou estabelecer um conjunto de marcadores microssatélite para a caracterização molecular (fingerprinting) de cultivares de café portadores de resistência à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. et Br.). Foram analisadas 34 cultivares/progênies de C. arabica portadoras de resistência à ferrugem. Trinta e um primers microssatélites foram testados, 27 amplificaram, sendo 20 polimórficos. Foi construído um dendrogroma e estabelecido o perfil molecular das cultivares. Com os resultados obtidos, demonstrou-se que os marcadores microssatélites são capazes de diferenciar genótipos aparentados e próximos fenotipicamente, podendo ser utilizados como ferramenta auxiliar nos testes de DHE das cultivares. Além disso, foi estabelecido um conjunto de marcadores microssatélites sendo discriminadas 29 das 34 cultivares de C. arabica.Item IDENTIFICAÇÃO DE CROMOSSOMO ARTIFICIAL DE BACTÉRIA CONTENDO GENE DE RESISTÊNCIA A DOENÇAS EM CAFEEIRO(2011) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Pinto, Giselle Batista; Caixeta, Eveline Teixeira; Diola, Valdir; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO estudo e a caracterização de fatores genéticos de resistência são importantes para ampliar os conhecimentos da interação planta-patógeno. O marcador molecular CARF 005, identificado em trabalho anterior, é capaz de identificar um fragmento de gene de resistência a doenças presente em genótipos de cafeeiro resistentes a ferrugem, principal doença da cultura. Neste trabalho, o CARF 005 foi utilizado para fazer o screening de uma biblioteca BAC de Coffea arabica com 56.832 clones. Foram identificados dois clones contendo o fragmento do gene de resistência. Após o sequenciamento, esses poderão ser usados para estudo da estrutura do gene e, eventualmente, em obtenção de plantas transgênicas para auxiliar programas de melhoramento.Item ESTUDO COMPARATIVO DO NÍVEL DE POLIMORFISMO E INFORMATIVIDADE ACESSADO PELOS MARCADORES RAPD, AFLP E SSR, NO ESTABELECIMENTO DE RELAÇÕES GENÉTICAS EM Coffea canephora(2011) Ferrão, Luis Felipe V.; Souza, Flávio de F.; Caixeta, Eveline T.; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney S.; Embrapa - CaféEm um programa de melhoramento, o estudo da diversidade genética em bancos de germoplasma (BAGs) é de primordial importância, principalmente no início, na definição de estratégias de ações. Com o advento dos marcadores baseados em DNA e da percepção das suas vantagens, tornou-se crucial o uso dessa técnica na complementação do acesso a diversidade genética, de forma a suplementar e refinar as classificações com base em marcadores morfológicos. Dessa forma, esse trabalho objetivou comparar o poder discriminatório e a eficiência dos marcadores moleculares RAPD, AFLP e SSR na estimativa das similaridades genéticas de 94 subamostras de Coffea canephora, mantidas no programa de melhoramento genético da Embrapa Rondônia. Para isso, os parâmetros níveis de polimorfismos e informatividade dos marcadores foram considerados. Nessas análises foi possível observar que o nível de polimorfismo para os três marcadores foi alto, quando comparado com o polimorfismo em Coffea arabica outra importante espécie do gênero Coffea. Além disso, os marcadores SSRs destacaram-se pelo alto teor informacional, enquanto que os AFLPs foram eficientes na detecção de grandes quantidades de polimorfismo com o uso de poucos primers. Com isso, nossos resultados demonstraram que para estudos de diversidade todos os três marcadores são eficientes, no entanto, a escolha de uma metodologia em detrimento de outra deve ser feita com cuidado, levando em consideração o objetivo de cada trabalho, assim como, os recursos disponíveis.Item RESISTÊNCIA DO CONILON VITÓRIA 8142 À RAÇA I DE HEMILEIA VASTATRIX(2011) Capucho, Alexandre S.; Zambolim, Laércio; Rosado, André W. C.; Ferrão, Romário G.; Ferrão, Maria Amélia G.; Fonseca, Aymbiré F. A.; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Embrapa - CaféNo patossistema Coffea canephora vs. Hemileia vastatrix a resistência resulta da combinação de diversos componentes de resistência e esta informação é escassa para programas de melhoramento que visam o desenvolvimento de variedades do cafeeiro conilon com maior resistência à ferrugem. O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência quantitativa de 13 genótipos de conilon que compõem a variedade clonal Conilon Vitória Incaper 8142 com a raça I de H. vastatrix. Três mudas de cada genótipo foram inoculadas com a raça I monopustular de H. vastatrix pelo método do pincel no delineamento inteiramente casualizado. Os seguintes componentes de resistência foram avaliados: 1) Período de Incubação , 2) Período Latente , 3) Produção de Esporos , 4) Área Foliar Lesionada , 5) Produção de Esporos por Área Foliar Lesionada , 6) Área Foliar Esporulada , 7) Produção de Esporos por Área Foliar Esporulada , 8) Severidade da Doença , 9) Frequência de Infecção e 10) Número Total de Pústulas . A técnica estatística multivariada de Componentes Principais foi usada para interpretar os resultados. Com esta técnica foram definidos quatro grupos de resistência das plantas, resistentes, moderadamente resistentes, moderadamente suscetíveis e suscetíveis à raça I de H. vastatrix. As plantas mais resistentes a esta raça, avaliando conjuntamente 10 componentes de resistência, foram os clones 3V, 5V, 8V e 9V do Conilon Vitória.Item RESISTÊNCIA DO CONILON VITÓRIA 8142 À RAÇA II DE HEMILEIA VASTATRIX(2011) Rosado, André W. C.; Zambolim, Laércio; Capucho, Alexandre S.; Ferrão, Romário Gava; Ferrão, Maria Amélia Gava; Fonseca, Aymbiré Francisco Almeida da; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Embrapa - CaféO objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência quantitativa de 13 genótipos de conilon que compõem a variedade clonal Conilon Vitória Incaper 8142 com a raça II de H. vastatrix. Três mudas de cada genótipo foram inoculadas com a raça II monopustular de H. vastatrix pelo método do pincel no delineamento inteiramente casualizado. Os seguintes componentes de resistência foram avaliados: 1) Período de Incubação (PI), 2) Período Latente (PL), 3) Produção de Esporos (PE), 4) Área Foliar Lesionada (AFL), 5) Produção de Esporos por Área Foliar Lesionada (PEAFL), 6) Área Foliar Esporulada (AFE), 7) Produção de Esporos por Área Foliar Esporulada (PEAFE), 8) Severidade da Doença (SEV), 9) Frequência de Infecção (FI) e 10) Número Total de Pústulas (NTP). A técnica estatística multivariada de Componentes Principais (CP) foi usada para interpretação dos dados. Com esta técnica foram definidos quatro grupos de resistência das plantas: resistentes, moderadamente resistentes, moderadamente suscetíveis e suscetíveis à raça II de H. vastatrix. As plantas mais resistentes a esta raça, avaliando conjuntamente os 10 componentes de resistência foram os clones 1V, 2V, 3V e 4V do Conilon Vitória.Item GERMINAÇÃO E INFECÇÃO DA FERRUGEM EM CAFEEIRO CONILON SOB DIFERENTES TEMPERATURAS E MOLHAMENTOS FOLIARES(2011) Capucho, Alexandre S.; Zambolim, Laércio; Cabral, Patrícia G. C.; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline T.; Embrapa - CaféA biologia da ferrugem (Hemileia vastatrix) é bem estudada em café arábica (Coffea arabica), entretanto pouco se conhece desse assunto no cafeeiro conilon (C. canephora). Portanto, o objetivo deste trabalho foi determinar as faixas de temperatura e molhamento foliar ideais para a germinação e infecção da ferrugem no cafeeiro conilon. A idade da folha que é mais infectada pela ferrugem também foi determinada no estudo. Isolados de três cidades do ES foram coletados, obtidos na forma de isolados monopustulares e caracterizados biologicamente, sendo constituídos de dois isolados da raça II e um da raça I de H. vastatrix. As seguintes temperaturas e horas de molhamento foliar foram avaliadas nos experimentos: temperaturas de 18°C, 21°C, 24°C, 27°C e 30°C e molhamentos foliares de 4, 8, 12, 24, 48 e 72 horas. A germinação e a infectividade durante a incubação foi determinada. A germinação foi avaliada em placas de petri contendo meio ágar-água e a infectividade foi avaliada pela determinação da área foliar lesionada em discos de folha de café conilon dentro de caixas plásticas (11x11x3cm). Os resultados mostraram elevada taxa de germinação e infectividade em molhamento foliar superior a 24h e temperaturas entre 21 e 24oC durante a incubação. As três idades da folha (jovem, adulta e velha) usadas no estudo apresentaram a mesma área foliar lesionada quando inoculadas com o isolado da raça II da H. vastatrix.Item CARACTERIZAÇÃO FUNCIONAL E PERFIL DE EXPRESSÃO IN SILICO DE QUITINASES DO CAFEST(2011) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas proteínas estão envolvidas em importantes processos biológicos e funções moleculares nas células da planta e estão mais expressas, principalmente, em bibliotecas que apresentam algum componente de estresse.