Biblioteca do Café
URI permanente desta comunidadehttps://thoth.dti.ufv.br/handle/123456789/1
Navegar
9 resultados
Resultados da Pesquisa
Item Aceleração do melhoramento do cafeeiro via seleção genômica : agilidade e eficácia no lançamento de novas cultivares(Embrapa Café, 2022-08) Caixeta, Eveline Teixeira; Resende, Marcos Deon Vilela; Alkimim, Emilly Ruas; Sousa, Tiago Vieira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Alves, Rodrigo SilvaItem Os LOCI SH3 envolvidos na resistência à ferrugem são complexos multialélicos e divergentes em genomas de Coffea(Embrapa Café, 2022-02) Angelo, Paula Cristina da Silva; Caixeta, Eveline Teixeira; Pereira, Luiz Filipe Protásio; Ribas, Alessandra F.; Sera, Gustavo H.Item Genomic prediction of leaf rust resistance to Arabica coffee using machine learning algorithms(Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", 2021) Sousa, Ithalo Coelho de; Nascimento, Moysés; Silva, Gabi Nunes; Nascimento, Ana Carolina Campana; Cruz, Cosme Damião; Silva, Fabyano Fonseca e; Almeida, Dênia Pires de; Pestana, Kátia Nogueira; Azevedo, Camila Ferreira; Zambolim, Laércio; Caixeta, Eveline TeixeiraGenomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs) related to resistance to disease listed in the literature.Item Incidência de ferrugem e cercosporiose em populações de café arábica nos anos de 2018 e 2019(Embrapa Café, 2019-10) Silva, Ana Carolina Andrade; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antônio Carlos Baião de; Mariz, Bruna Lopes; Feitosa, Francielle de Matos; Zambolim, LaércioO Brasil se destaca como o maior produtor e exportador de café arábica (Coffea arabica L.) do mundo. Dentre as doenças que atacam a cultura, a ferrugem da folha do café causada pelo fungo biotrófico Hemileia vastatrix e a cercosporiose causada pelo fungo Cercospora coffeicola se destacam por causarem prejuízos na produtividade e na qualidade da bebida. Assim, o objetivo desse estudo foi avaliar o comportamento da incidência de ferrugem e de cercosporiose em duas populações de cafeeiros Arábica durante os anos de 2018 e 2019, com o propósito de identificar genótipos resistentes. O experimento foi conduzido em Viçosa - MG, no campo experimental do Departamento de Fitopatologia da UFV (DFT-Fundão), nos anos 2018 e 2019. Foram fenotipadas duas populações na geração F 2 , provenientes de diferentes genitores. Uma população foi originada do cruzamento entre Catiguá MG2 x Acauã Novo e a outra população, do cruzamento entre Oeiras MG 6851 x Arara. A avaliação das doenças foi realizada por meio de notas de 1 a 5, de acordo com o grau de infestação. Nos dois anos de avaliação, as plantas se apresentaram resistentes à ferrugem, havendo predominância da nota 2. Esta nota também prevaleceu na avaliação da cercosporiose em todas populações e anos. Por meio dos resultados observa-se que há genótipos resistentes à ferrugem e com pouca incidência de cercosporiose nas populações avaliadas, os quais podem ser utilizados por programas de melhoramento do cafeeiro para desenvolver genótipos com resistência à H. vastatrix e C. coffeicola.Item Regulação transcricional do metabolismo de glicerol-3-fosfato induz resistência à ferrugem do café(Embrapa Café, 2019-10) Gazolla, Lizandra Cristina de Oliveira Figueiredo; Almeida, Dênia Pires; Castro, Isabel Samila Lima; Castro, Alex Gazolla de; Arruda, Luiz Vinícius de Souza; Vieira, Nívea Maria; Mantovani, Hilário Cuquetto; Zambolim, Laércio; Caixeta, Eveline Teixeira; Mendes, Tiago Antônio de OliveiraA produção mundial de café tem sido profundamente afetada pela ferrugem do cafeeiro, doença causada pelo fungo biotrófico Hemileia vastatrix. Apesar do Híbrido de Timor 832/2, um híbrido natural de Coffea arabica e C. canephora resistente à ferrugem, ser uma importante fonte de genes para programas de melhoramento genético, o mecanismo associado à resistência incluindo a regulação do metabolismo durante a infecção é pouco conhecido. Reconstruímos o primeiro modelo metabólico em escala genômica (GEM) para café e a análise do balanço de fluxo (FBA), após a integração de dados de transcriptômica, sugeriu o acúmulo de glicerol-3-fosfato (G3P) na via glicolítica do Híbrido de Timor. A quantificação de G3P nos cultivares em estudo confirmou o acúmulo previsto. O tratamento de plantas suscetíveis com glicerol 3% antes da inoculação do fungo aumentou a concentração de G3P e reduziu os sintomas da doença. Esses resultados destacam o G3P e o metabolismo primário de carboidratos como importante via de resistência à ferrugem do cafeeiro.Item Herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-03 à ferrugem-do-cafeeiro(Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, 2009-03) Capucho, Alexandre Sandri; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, LaércioO objetivo deste trabalho foi caracterizar a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-03 à ferrugem-do-cafeeiro (Hemileia vastatrix). Para isso, a raça II e o patótipo 001 de ferrugem foram inoculados em 246 plantas da população F 2 , 115 plantas do retrocruzamento suscetível (RC S ) e 87 plantas do retrocruzamento resistente (RC R ), originadas do cruzamento entre o genótipo suscetível cv. Catuaí Amarelo IAC 64 e a fonte de resistência Híbrido de Timor UFV 443-03. Para ambos os inóculos, a cv. Catuaí Amarelo IAC 64 foi suscetível, enquanto o Híbrido de Timor UFV 443-03, a planta representante da geração F 1 e as plantas do RC R foram resistentes. As plantas F 2 , quando inoculadas com a raça II, apresentaram dois padrões de segregação signifi cativos: 15:1 e 61:3. A herança da resistência foi confi rmada pela inoculação das plantas do RC S , que segregaram na proporção de 3:1, padrão esperado para herança condicionada por dois genes. A hipótese de segregação 7:1 para três genes foi rejeitada. Resultados semelhantes foram obtidos para o patótipo 001. Dois genes dominantes e independentes conferem a resistência genética do Híbrido de Timor UFV 443-03 à raça II e ao patótipo 001 de H. vastatrix.Item Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem(Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, 2011-08) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Hufnagel, Bárbara; Thiebaut, Flávia; Maciel‑Zambolim, Eunize; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuO objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares relacionados à resistência do cafeeiro (Coffea arabica) à ferrugem (Hemileia vastatrix). Foram identificadas sequências de DNA potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças, por meio de análise “in silico”, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. A partir das sequências mineradas, foram desenhados 59 pares de iniciadores para amplificá‐las. Os 59 iniciadores foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Vinte e sete iniciadores resultaram em bandas únicas e bem definidas, enquanto um deles amplificou fragmento de DNA em todos os cafeeiros resistentes, mas não nos suscetíveis. Esse marcador molecular polimórfico amplificou uma região do DNA que corresponde a uma janela aberta de leitura parcial do genoma de C. arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças. O marcador CARF 005 é capaz de diferenciar os cafeeiros analisados em resistentes e susceptíveis a H. vastatrix.Item Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee(Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, 2017-03) Silva, Gabi Nunes; Nascimento, Moysés; Sant’Anna, Isabela de Castro; Cruz, Cosme Damião; Caixeta, Eveline Teixeira; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; Rosado, Renato Domiciano Silva; Pestana, Kátia Nogueira; Almeida, Dênia Pires de; Oliveira, Marciane da SilvaThe objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F 2 population derived from the self-fertilization of the F 1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the Bayesian generalized model identified only two markers belonging to these groups. Lower prediction error rates (1.60%) were observed for predicting leaf rust resistance in Arabica coffee when artificial neural networks were used instead of Bayesian generalized linear regression (2.4%). The results showed that artificial neural networks are a promising approach for predicting leaf rust resistance in Arabica coffee.Item Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro(Embrapa Café, 2013) Alkimim, Emilly Ruas; Caixeta, Eveline Teixeira; Sousa, Tiago Vieira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuMarcadores moleculares intimamente ligados a dois genes maiores (SH3 e SH?) que conferem resistência à ferrugem do cafeeiro foram previamente identificados e têm potencial para serem usados em programas de melhoramento visando identificar e monitorar genótipos contendo resistência a esse patógeno. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi incorporar a estratégia de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM) associados a esses genes no programa de melhoramento do cafeeiro. Inicialmente os marcadores moleculares disponíveis na literatura foram validados e então utilizados na seleção assistida de 160 genótipos. Esses cafeeiros fazem parte do germoplasma da UFV/Epamig e foram introduzidos do CIFC por serem potencialmente portadores de resistência à ferrugem. Por meio dos marcadores validados foi possível identificar nove indivíduos resistentes homozigotos para o gene SH3, UFV311-48 (F2), UFV311-56 (F2), UFV313-133 (F2), UFV329-78 (F2), UFV334-65 (F2), UFV335-12 (F2), UFV335-77 (F2), UFV399-45 (F2) e UFV409-08 (F2). O gene SH3 confere resistência a diferentes raças do patógeno e a sua incorporação em variedades de interesse tem sido sugerida como importante estratégia para obter resistência a essa doença. Também foram identificados cafeeiros que além se serem portadores do gene SH3 em homozigose, apresentaram o gene SH? proveniente do Híbrido de Timor (HT). Tais genótipos são o UFV311-48 (F2), UFV 311-56 (F2), UFV313-133 (F2), UFV334-65 (F2), UFV399-45 (F2) e UFV409-08 (F2). Esse gene originado do HT confere resistência a outras raças do patógeno. Logo, por meio da SAM, foram identificados cafeeiros portadores de dois diferentes genes de resistência que juntos são capazes de conferir resistência a um amplo espectro de raças de H. vastatrix, fungo causador da ferrugem, permitindo obter resistência durável. Os cafeeiros identificados poderão ser utilizados no avanço de geração ou em cruzamentos para a introdução desses genes em outros materiais genéticos de interesse nos programas de melhoramento. A utilização dos marcadores moleculares validados, nos programas de melhoramento, serão imprescindíveis para monitoramento dos genes nas diferentes gerações e cruzamentos.