Biblioteca do Café
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Item Identificação e expressão do gene Flowering Locus C (FLC) em café arábica(Universidade Federal de Lavras, 2009-02-13) Lazzari, Fabiane; Chalfun Junior, AntonioEste estudo teve como objetivo estudar um dos fenômenos envolvidos no florescimento em cafeeiros, através da análise do gene Flowering Locus C (FLC), principal repressor da transição floral em Arabidopsis. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório Central de Biologia Molecular da Universidade Federal de Lavras, MG e na EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia/Cenargen em Brasília. A primeira etapa envolveu uma análise in silício para obtenção da seqüência FLC de C. arábica através do banco CAFEST de EST (Expressed Sequence Tags). As prováveis sequências FLC obtidas foram anotadas e submetidas à análise filogenética, e validadas quantos aos domínios conservados e bibliotecas de expressão. O único EST-contig de café pertencente à família FLC foi o C15. Primers específicos foram desenhados para clonar o gene e para análise de expressão tecido específica de qRT-PCR. O RNA total foi obtido a partir de tecidos de folha, raiz, fruto e flor de plantas de café. A partir do RNA total, o cDNA foi sintetizado através da transcriptase reversa e a sequência obtida após o sequenciamento foi comparada com aquela obtida in silício, apresentando similaridade, o que demonstra que a análise preliminar utilizando-se da bioinformática é uma ferramenta muito poderosa em estudos moleculares. Avaliando-se os níveis de expressão nos diferentes tecidos, foi possível observar que a expressão quantitativa relativa do gene FLC se dá diferencialmente entre os tecidos, sendo que em folhas foram observados os mais elevados níveis de expressão.Item Efficiency of RNA extraction protocols in different types of coffee plant tissues(Editora UFLA, 2012-09) Paula, Márcia Fabiana Barbosa de; Ságio, Solange Aparecida; Lazzari, Fabiane; Barreto, Horllys Gomes; Paiva, Luciano Vilela; Chalfun-Junior, AntonioIn order to use sensitive techniques of molecular biology, such as the study of differentially expressed genes, a high- quality RNA in suitable quantities is necessary. Due to the presence of several varieties and often expressive quantities of secondary compounds in plants, there is no standard method for the isolation of nucleic acids that can be used for all species. Polyphenols and polysaccharides are the compounds that interfere the most in the extraction process, and when they are present, a low-quality RNA is produced. Four RNA extraction methods (CTAB method, Hot Borate, CONCERT and Tri Reagent), in four different coffee tissues (root, leaf, flower and fruit) were tested in this work, aiming at determining which method is more efficient. It was observed that the CTAB and Hot Borate methods, in which PVP and/or β -mercaptoethanol were added and precipitation with LiCl was performed, presented more pure RNA, with no degradation observed in any of the tissues, being suitable for further gene expression analysis. High-quality RNA was not obtained from any tissue in the extraction with Tri Reagent, which includes the use of phenol, and thus expression analysis was disturbed. The CTAB macroextraction method presented samples with the highest RNA quality and largest quantities in all tissues. Future works need to be carried out aiming the standardization of this macroextraction method.