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Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix
(2007) Santana, Mateus Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Oliveira, Luiz Orlando de; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e três são ancestrais e geograficamente mais bem distribuídos. A região ITS de H. vastatrix é altamente variável e mostrou que existe variação intra-especifica e que a maioria dos haplótipos é restrita a uma única população. As raças fisiológicas e as populações coletadas no campo possuem seqüências com níveis similares de diversidade genética e nucleotídica. A diversidade de H. vastatrix dentro das lavouras foi mais elevada (90,3%) do que entre eles (9,7%).
Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee
(Instituto Agronômico (IAC), 2009-07) Missio, Robson Fernando; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Pena, Guilherme Ferreira; Ribeiro, Ana Paula; Zambolim, Laércio; Pereira, Antônio Alves; Sakiyama, Ney Sussumu
EST-SSR markers were used to investigate the genetic diversity among and within coffee populations, to explore the possibility of their use for fingerprinting of cultivars and to assist breeding programs. Seventeen markers, developed from ESTs (Expressed Sequence Tags) from the Brazilian Coffee Genome Project, were used. All markers showed polymorphism among the genotypes assessed. The average number of allele per primer was 5.1. The highest polymorphisms were found within C. canephora (88.2%) and rust-resistant varieties (35.3%). About 29.4% of the markers differentiated C. arabica from Híbrido de Timor; it was also possible to identify those closest and farthest from C. arabica . The analysis of population-grouped genotypes revealed a 64.0% genetic diversity among and a 36.0% genetic diversity within populations. The differentiation index was 0.637. Six markers distinguished four rust-resistance varieties, showing their fingerprinting potential. These results demonstrate the usefulness of EST-SSR markers for cross orientation, in diversity and introgression studies, and in genetic mapping.
Associação entre lâminas de irrigação e controle químico de doenças foliares do cafeeiro irrigado por gotejamento
(2007) Souza, Antônio Fernando de; Zambolim, Laércio; Bomfim, Hermes; Costa, Danival Ricardo; Zambolim, Eunize Maciel; Mantovani, Everardo Chartuni; Embrapa - Café
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes lâminas de irrigação associada ao controle químico de doenças da parte aérea do cafeeiro (ferrugem e mancha de olho pardo). O trabalho envolveu diferentes lâminas de irrigação, tomando por referência a lâmina requerida pela cultura, "T3" (100%) e a partir desta estabeleceu-se uma lâmina abaixo, "T2", e uma acima "T4", além da testemunha sem irrigação, "T1". Cada parcela com as respectivas lâminas de irrigação, foi dividida em duas subparcelas, sendo uma com aplicação de fungicida (Epoxiconazol + piraclostrobin) e outra sem aplicação. Os resultados médios de dois anos de avaliação demonstraram que a aplicação de Epoxiconazol + piraclostrobin foi eficiente no controle da ferrugem, mas não houve diferença na área abaixo da curva de progresso da doença nas diferentes lâminas de irrigação empregadas. Houve redução nos valores da área abaixo da curva de progresso da mancha de olho pardo à medida que se aumentou a quantidade de água aplicada no solo, mas não houve diferença entre as lâminas empregadas. A irrigação associada ao controle químico das principais doenças foliares do cafeeiro aumentou em média 75% a produtividade da cultura.
Avaliação da resistência de cultivares de café à raça II de Hemileia vastatrix Berk. et Br.
(2007) Capucho, Alexandre Sandri; Zambolim, Laércio; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Franchini, Everton de Arruda; Pereira, Antônio Alves; Embrapa - Café
A ferrugem do cafeeiro, causada por Hemileia vastatrix, pode ser controlada eficientemente pela utilização de cultivares resistentes. A resistência vertical (qualitativa) é oligogênica, e é governada por poucos genes podendo segregar para suscetibilidade a raça II se controlada por poucos genes e, por isso, com resistência não durável anulada pelo surgimento de novas raças. Assim, o conhecimento da segregação para suscetibilidade à raça II torna-se importante em patossistemas em que o patógeno apresenta alta variabilidade como H. vastatrix. Como algumas variedades lançadas como resistentes já estão sendo atacadas pela ferrugem, este trabalho objetivou avaliar 25 cultivares de café lançados como resistentes quanto à segregação para a sucetibilidade à raça II de H. vastatrix coletada, identificada e mantida em cafeeiros da cultivar Catuaí IAC 144 há cerca de 20 anos. Os resultados mostraram que todas os cultivares, exceto ‘Catuaí’, apresentam um bom número de genes de resistência vertical à raça II de H. vastatrix. Assim não foi possível caracterizar a resistência horizontal das 25 cultivares a raça II, pois todas os cultivares avaliadas tiveram resistência vertical.
Breeding potential and genetic diversity of “Híbrido do Timor” coffee evaluated by molecular markers
(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2010-06-20) Setotaw, Tesfahun Alemu; Caixeta, Eveline Teixeira; Pena, Guilherme Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Pereira, Antonio Alves; Sakiyama, Ney Sussumu
AFLP, RAPD and SSR molecular markers were used to study the genetic diversity and genetic structure of the Híbrido de Timor germplasm. The principal coordinate analysis, UPGMA cluster analysis based on genetic dissimilarity of Jaccard, Bayesian model-based cluster analysis, percentage of polymorphic loci, Shannon’s information index and Nei gene diversity were employed to assess the genetic diversity. The analyses demonstrated a high genetic diversity among Híbrido de Timor accessions. UPGMA and Bayesian cluster analyses grouped the accessions into three clusters. The genetic structure of Híbrido de Timor is reported. The management of Híbrido de Timor germplasm variability and its potential use in breeding programs are discussed.
Caracterização da resistência genética do híbrido de Timor UFV 427-15 à ferrugem do cafeeiro
(2003) Caixeta, Eveline Teixeira; Rufino, R.J.N.; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Sakiyama, Ney Sussumu; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café
A ferrugem alaranjada do cafeeiro, causada por Hemileia vastatrix, é uma das doenças mais importantes do cafeeiro, podendo causar, em variedades de Coffea arabica, perdas na produção estimada em 30%, principalmente em anos de alta carga de frutos. Apesar de existirem alternativas de controle para essa doença, a principal medida, sobretudo, pela eficiência, pela economicidade e pelo menor prejuízo ao meio ambiente, é o uso de variedades resistentes. Um problema enfrentado pelo produtor no uso dessas variedades, é que quase todas as variedades plantadas no país são suscetíveis à ferrugem. Com o objetivo de desenvolver variedades resistentes, a UFV implantou em 1970/71 um vasto germoplasma portador de genes de resistência a essa doença. Nesse banco de germoplasma destacam-se os Híbridos de Timor (HT), que são híbridos naturais entre C. arabica x C. canephora e têm sido utilizados extensivamente em vários locais do mundo como principais fontes de resistência a pragas e doenças, principalmente a à ferrugem do cafeeiro. A caracterização genética desses genótipos é de interesse para programas de melhoramento que objetivam transferir sua resistência para variedades comerciais. No presente trabalho, determinou-se o padrão de herança da resistência do HT UFV427-15 à raça II de H. vastatrix, raça predominante no Brasil. Foram utilizados indivíduos F 1 e população segregante F 2 derivada de cruzamentos entre UFV427-15 e ‘Catuaí’, variedade comercial suscetível ao patógeno. As plantas foram inoculadas utilizando-se o teste em discos de folhas. Doze discos de folhas de cada planta foram retirados e acondicionados em gerbox, previamente desinfetado e com o fundo revestido por esponja saturada em água destilada e coberta por tela de nylon. Aproximadamente 1mg de uredosporos foi espalhado em cada disco, utilizando-se um pincel. Após permanecerem por 48 horas no escuro e à temperatura de 20 a 22°C, os discos de folhas foram transferidos para ambiente controlado a 22°C, com manutenção de umidade elevada no interior do gerbox. A avaliação foi realizada aos 49 dias após a data da inoculação. A resistência do HT UFV427-15 à raça II do patógeno foi comprovada. Folhas da variedade Catuaí foram severamente infectadas, apresentando manchas cloróticas grandes e uredosporos abundantes. As plantas F 1 não apresentaram nenhum sintoma da doença. A segregação das plantas F 2 para resistência, testada pelo c 2 (P> 0,05), indicou que um único gene dominante é responsável pela resistência desse HT à raça II de H. vastatrix. A existência de apenas um loco controlando a resistência do HT UFV 427-15 irá facilitar a identificação de marcadores moleculares ligados a esse gene e conseqüentemente auxiliar no estudo da relação patógeno-hospedeiro da resistência à ferrugem do cafeeiro.
Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de Híbrido de Timor
(2005) Barbosa, Júlio César; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Capucho, Alexandre Sandri; Rufino, Raphael José Nascif; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
A ferrugem alaranjada, causada por Hemileia vastatrix Berk. & Br, constitui um dos principais problemas para a cultura do café. O controle da doença geralmente é feito com o uso de fungicidas, os quais aumentam o custo de produção e os ricos ambientais e à saúde humana. O uso de variedades resistentes é uma alternativa para um controle eficiente, simples, barato e que reduz o uso de agrotóxicos na cafeicultura. Portanto, programas de melhoramento têm sido realizados visando obter variedades resistentes a esta doença. Para dar suporte a esses programas, no presente trabalho, foi realizado o estudo da herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 440-22, importante fonte utilizada pelos melhoristas. O conhecimento da herança da resistência é essencial para o planejamento e uso eficiente das fontes no melhoramento genético do cafeeiro. O Híbrido de Timor foi cruzado com a cultivar suscetível Catuaí UFV 2143-193 e a planta F1 foi autofecundada formando a população segregante F2, com 113 indivíduos. Os genitores, a planta F1 e a população F2 foram inoculados com a raça II de H. vastatrix. A avaliação da doença foi realizada aos 50 dias após a inoculação, com base na reação de resistência ou suscetibilidade. A resistência horizontal também foi analisada utilizando-se sete componentes de resistência a doença: período de incubação (PI), período latente (PL), número de lesões (NL), número de lesões esporuladas (NLE), razão de infecção (RI), razão de esporulação (RE) e produção de uredosporos (PE). A fonte de resistência UFV440-22 e o híbrido F1 comportaram-se como resistentes, enquanto a cv. Catuaí UFV 2143-193 foi severamente atacada. Na geração segregante F2, das 113 plantas observadas, 101 foram resistentes e 12 suscetíveis, indicando que um gene dominante independente e dois recessivos complementares controlam a resistência deste Híbrido de Timor à raça II de H. vastatrix (X2 ; P>0,05%). Além da resistência vertical, indivíduos da população F2 apresentaram resistência horizontal, demonstrando que o Híbrido de Timor UFV 440-22 pode ser utilizado como fonte para resistência vertical ou horizontal nos programas de melhoramento que visam a obtenção de variedades resistente à ferrugem.
CARACTERIZAÇÃO DE RAÇAS FISIOLÓGICAS DE Hemileia vastatrix
(2009) Lelis, Tiago de Paula; Zambolim, Eunize Maciel; Paixão, Gefferson P.; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
Até o ano de 1983, eram conhecidas no Brasil as raças I, II, III, X, XV, XVII e XXIV de Hemileia vastatrix. Desde então, e apesar da suplantação da resistência de variedades de cafeeiros por novas raças do patógeno, nenhum outro estudo de caracterização foi realizado. Para conhecer as raças de H. vastatrix que ocorrem nas lavouras comerciais e experimentais de cafeeiros foram coletadas 150 amostras de ferrugem em genótipos susceptíveis e resistentes nos estados de Minas Gerais, Espírito Santo São Paulo e Paraná. Em nove, das 150 amostras que estão sendo caracterizadas, foram identificadas, neste trabalho, as raças I (v2,5) em amostra proveniente do Híbrido de Timor, e a II (v5) e III (v1,5) em derivados de C. arábica. A raça II prevaleceu sobre a I e III, sendo identificada em seis das nove amostras analisadas. Em estudo anterior (Tropical Plant Pathology, 2008. p. 212-212, v. 33), em onze da amostras analisadas, foram caracterizadas, além de I e II, as raças XIII (v ?) e XXXVII (v 2,5,6,7 e 9).
Caracterização fenotípica e molecular da resistência do cafeeiro Híbrido de Timor a Hemileia vastatrix
(Universidade Federal de Viçosa, 2010-07-16) Pestana, Kátia Nogueira; Sakiyama, Ney Sussumu; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel
Com o intuito de dar suporte aos programas de melhoramento do cafeeiro que visam à obtenção de cultivares resistentes à ferrugem (Hemileia vastatrix), neste trabalho objetivou-se estudar a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-03 e identificar marcadores moleculares ligados aos genes caracterizados. Para o estudo de herança foram avaliadas três populações originadas do cruzamento entre o progenitor resistente Híbrido de Timor UFV 443-03 e o cultivar suscetível Catuaí Amarelo (UFV 2148-57). Dessas plantas analisadas, 243 correspondem a uma população F2, 114 a retrocruzamento suscetível (RCs) e 87 a retrocruzamento resistente (RCr). A inoculação foi realizada com a suspensão de esporos (2 mg/mL) do isolado da Raça I de H. vastatrix, em discos foliares, com três repetições para as populações F2 e RCs e duas para RCr. As plantas do Catuaí Amarelo UFV 2148-57 foram suscetíveis em todas as inoculações, enquanto o Híbrido de Timor UFV 443-03, a planta F1 e as plantas do RCr foram resistentes. Pela análise de segregação das populações F2, obtiveram-se duas hipóteses significativas: uma de que a resistência do cafeeiro Híbrido de Timor UFV 443-03 a H. vastatrix era governada por dois genes dominantes e independentes (15:1; P = 63,10) e a outra de que era conferida por três genes, sendo dois dominantes e um recessivo (61:3; P = 8,87). Plantas do RCs foram utilizadas para a confirmação dos padrões de segregação e segregaram na proporção de 3:1 (P = 74,56), o que era esperado para dois e para três genes. Esse resultado indicou que a resistência desse Híbrido de Timor é condicionada por dois genes dominantes independentes ou três genes independentes (dois dominantes e um recessivo). Como a herança encontrada foi oligogênica (dois ou três genes), para a confirmação e identificação de marcadores moleculares ligados aos genes, estes foram tratados como QTL e, então, localizados em mapa genético de ligação. Para isso, os indivíduos da população F2 foram analisados com um total de 110 marcadores moleculares. Como 16 marcadores apresentaram distorção da razão de segregação mendeliana esperada, o mapa foi construído com 94 marcadores (62 AFLP, 28 SSR e 4 RAPD). Considerando um LOD score mínimo de 3 e máxima recombinação de 40%, os marcadores ficaram agrupados em 11 grupos de ligação, cobrindo uma distância de 964,31 cM do genoma, e 13 marcadores não se ligaram a nenhum dos grupos formados. O maior intervalo entre dois marcadores foi de 32,1 cM, e 68,57% dos marcadores não excederam 20 cM. A caracterização e identificação de QTLs foram realizadas com o auxílio de metodologias de marca simples e intervalo simples. Pela metodologia da marca simples foi possível identificar cinco marcadores associados aos QTLs pelos métodos da ANOVA, regressão e máxima verossimilhança. Esses QTLs foram confirmados pela metodologia de intervalo simples por meio da regressão e máxima verossimilhança. Dois QTLs foram identificados, um deles no grupo de ligação 2 a 0 cM do marcador 21a, explicando 9,6% da variação fenotípica. O outro ficou localizado no grupo de ligação 3 a 13 cM do marcador 43a, explicando 9,3% da variação fenotípica. Esses dois QTLs confirmam, em número e posição, que a resistência do cafeeiro Híbrido de Timor UFV 443-03 a H. vastatrix é governada por dois genes dominantes e independentes, mostrando, assim, a importância da genômica para a identificação destes genes. Cabe salientar que as informações deste trabalho são inéditas para o caso do cafeeiro e podem ser úteis em programas de melhoramento baseado em seleção assistida e na clonagem posicional do gene de resistência à ferrugem. Assim, os dados deste estudo deverão fornecer subsídios para futuros trabalhos de melhoramento visando à obtenção de populações mais resistentes e produtivas.
CARACTERIZAÇÃO FUNCIONAL E PERFIL DE EXPRESSÃO IN SILICO DE QUITINASES DO CAFEST
(2011) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas proteínas estão envolvidas em importantes processos biológicos e funções moleculares nas células da planta e estão mais expressas, principalmente, em bibliotecas que apresentam algum componente de estresse.
Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem
(Embrapa Café, 2013) Sousa, Tiago Vieira; Caixeta, Eveline Teixeira; Alkimim, Emilly Ruas; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu
Os ganhos alcançados com o melhoramento genético do cafeeiro no Brasil resultaram na obtenção de cultivares com potencial produtivo muito superior ao das cultivares tradicionais. Atualmente, 123 cultivares de C. arabica estão registradas, destas oito são protegidas. Para que uma cultivar possa ser registrada e ou protegida é obrigatório que ela seja distinta, homogênea e estável (DHE). Na comprovação de DHE de uma cultivar são usados descritores mínimos, sendo que os marcadores morfológicos tem sido os mais utilizados. No entanto, as cultivares comerciais são cada vez mais próximas fenotipicamente, o que dificulta a discriminação precisa desses materiais por meio desses descritores. Assim sendo, uma alternativa que venha auxiliar nos testes de DHE é de extrema necessidade e proporcionará grandes benefícios. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares pode discriminar com maior precisão e segurança as cultivares as quais se deseja registrar e ou a proteger. Nesse contexto, o presente trabalho objetivou estabelecer um conjunto de marcadores microssatélite para a caracterização molecular (fingerprinting) de cultivares de café portadores de resistência à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. et Br.). Foram analisadas 34 cultivares/progênies de C. arabica portadoras de resistência à ferrugem. Trinta e um primers microssatélites foram testados, 27 amplificaram, sendo 20 polimórficos. Foi construído um dendrogroma e estabelecido o perfil molecular das cultivares. Com os resultados obtidos, demonstrou-se que os marcadores microssatélites são capazes de diferenciar genótipos aparentados e próximos fenotipicamente, podendo ser utilizados como ferramenta auxiliar nos testes de DHE das cultivares. Além disso, foi estabelecido um conjunto de marcadores microssatélites sendo discriminadas 29 das 34 cultivares de C. arabica.
Caracterização molecular de uma coleção de germoplasma de cafeeiros Bourbon
(Embrapa Café, 2015) Pestana, Rosa Karla Nogueira; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Moreira, Karoliny Ferreira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu
A caracterização molecular tem sido realizada em Bancos de Germoplasma para conhecer a diversidade genética entre e dentro dos acessos, o que é crucial para o manejo eficiente e utilização dessas coleções. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi caracterizar os acessos de Bourbon do Banco de Germoplasma de café da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), por meio de marcadores moleculares AFLP e SSR. Foram utilizados 439 cafeeiros do grupo Bourbon, além de acessos de outros grupos como Típica, Sumatra, Mundo Novo, Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Caturra Vermelho, Caturra Amarelo e Amarelo de Botucatu, que apresentam características de interesse para os programas de melhoramento do cafeeiro. Para conhecer a diversidade genética e a relação dos acessos foram realizadas analises de agrupamento usando 64 marcas SSR e AFLP. Os marcadores moleculares utilizados discriminaram a maioria dos cafeeiros analisados. Uma ampla variabilidade foi observada, sendo encontrados acessos de Bourbon geneticamente relacionados com cafeeiros dos diferentes grupos, incluindo as cultivares mais plantadas no Brasil. Os dados moleculares sugerem que, apesar da reconhecida base genética estreita de C. arabica, o germoplasma de Bourbon pertencente a Epamig apresenta relativa diversidade genética que pode ser explorada nos programas de melhoramento do cafeeiro.
CATEGORIZAÇÃO FUNCIONAL DE SEQUÊNCIAS EXPRESSAS ENVOLVIDAS NA DEFESA DO CAFEEIRO A DOENÇAS
(2009) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos preditos das EST-Contigs com os processos biológicos que incluíram resposta de defesa e apoptose e com funções moleculares como ligação a nucleotídeo e atividade de transdutor de sinais. Esses e outros termos encontrados são comprovadamente relacionados com a atuação de genes de resistência no mecanismo de defesa da planta.
COEFICIENTE DE PARENTESCO ENTRE CULTIVARES DE CAFÉ ARÁBICA
(2009) Setotaw, Tesfahun A.; Pereira, Antonio Alves; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - Café
A diversidade genética em 44 cultivares de café arábica foi analisada com base no coeficiente de parentesco. O valor médio do coeficiente de parentesco foi alto, indicando a baixa diversidade genética das cultivares brasileiras de café. Por outro lado, a análise do coeficiente de parentesco ao longo de vários períodos indicou que, como resultado do trabalho dos programas de melhoramento, a diversidade genética das cultivares disponíveis aos produtores aumentou nas últimas duas décadas.
CONSTATAÇÃO E PATOGENICIDADE DE Corynespora cassiicola EM PLANTAS DE Coffea canephora
(2009) Souza, Antonio Fernando de; Costa, Hélcio; Zambolim, Laércio; Mendes, Cristiane; Freitas, Rejane do Nascimento; Zambolim, Eunize Maciel; Jesus Junior, Waldir Cintra de; Embrapa - Café
Plantas de Coffea canephora cv. Conilon, variedade clonal ‘Vitória’ - Clone CV3 foram encontradas em campo apresentando-se pequenas manchas foliares de coloração marrom claro, sem o centro claro, normalmente circundado por halo amarelado. O agente causal foi identificado como Corynespora cassiicola com base nos sintomas típicos da doença, morfologia das estruturas reprodutivas do fungo e por meio de PCR empregando-se primer específico para a espécie C. cassiicola. A patogenicidade C. cassiicola foi confirmada em plantas de café conilon do mesmo clone (CV3) seguindo-se todas as etapas dos postulados de Koch. Este foi o primeiro relato da ocorrência de C. cassicola causado intensa desfolha em plantas de C. canephora em condições de campo e patogenicidade de C. cassicola em condições de casa-de-vegetação.
Diversidade genética de Hemileia vastatrix utilizando marcador molecular AFLP
(2007) Maia, Thiago Andrade; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Missio, Robson Fernando; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
Esse estudo teve como objetivo analisar a diversidade genética de 14 isolados de Hemileia vastatrix utilizando o marcador AFLP. Dentre eles, dois isolados do CIFC, Oeiras, Portugal biologicamente caracterizados como raça II, três do Brasil, caracterizados em 1986, como raça I, II e III, e nove provenientes de lavouras cafeeiras de Minas Gerais e Espírito Santo coletadas em 2006. As amplificações seletivas dos DNAs foram feitas utilizando quatro combinações de oligonucleotídeos iniciadores contendo três bases adicionais na extremidade 3’. As 93 bandas polimórficas analisadas geraram um dendrograma que dividiu os isolados em seis grupos. No grupo I foram agrupados os isolados de Portugal, Brasil (caracterizados como raças em 1986) e um isolado do Triângulo Mineiro, e no grupo II, os isolados da Zona da Mata, Alto Paranaíba e Sul de Minas Gerais. Os demais isolados formaram os grupos individuais III (região central de MG), IV (Zona da Mata, MG), V (Região Serrana, Espírito Santo) e VI (Zona da Mata, MG). A diversidade genética total (Ht) dos isolados agrupados dentro das nove populações definidas pelas origens foi de 0,313 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,916. Baseado no agrupamento UPGMA os isolados foram agrupados em seis populações onde a diversidade genética total (Ht) foi de 0,285 e a diferenciação genética entre populações (Gst) de 0,886. Esses resultados indicam que a variabilidade genética de H. vastatrix entre os isolados é bastante elevada e que os isolados provenientes Do campo possuem baixa similaridade genética com as raças caracterizadas em 1986 e a raça II de Portugal. Um estudo mais amplo e detalhado envolvendo outros isolados, mais representativos da população atual no campo será necessário para definir os isolados prevalecentes em cada região.
Diversidade genética por AFLP de Colletotrichum gloeosporioides e C. kahawae isolados de cafeeiros
(2007) Ferreira, Alessandra Barbosa; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Franchini, Everton de Arruda; Costa, Helcio; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
A diversidade genética entre 33 isolados de Colletotrichum. gloeosporioides oriundos de diferentes lavouras cafeeiras e um isolado (DNA) de C. kahawae, cedido pelo CIFC, Portugal, foi estudada utilizando o marcador AFLP. As três combinações de pares de oligonucleotídeos AFLP geraram 187 bandas polimórficas que foram utilizadas no agrupamento UPGMA. De acordo com o dendrograma, ao nível de 90% de distância genética foram definidos quatro grupos: 1) formado de 15 isolados de Minas Gerais, 2 de São Paulo e 1 do Paraná; 2) um isolado de MG; 3) 10 de MG, 3 do Espírito Santo e um de SP; 4) composto apenas por C. kahawae. Alguns dos isolados de C. gloeosporioides compartilharam alta similaridade entre eles, e outros, apresentaram grande distância genética. Não ocorreu associação de C. gloeosporioides com as regiões geográficas amostradas e as variedades de onde foram isolados. A análise do dendrograma mostrou que C. kahawae (patogênico ao cafeeiro) não agrupou com nenhum dos isolados de C. gloeosporioides, mostrando alta divergência genética (aproximadamente 100%) em relação a eles. O padrão de bandas AFLP mostrou que C. kahawae é geneticamente distinto de C. gloeosporioides.
ESTRUTURA GENÉTICA DA POPULAÇÃO DE Hemileia vastatrix COM BASE NO MARCADOR AFLP
(2009) Maia, Thiago Andrade; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline Teixeira; Mizubuti, Eduardo Seiti Gomide; Santana, Mateus Ferreira; Zambolim, Laércio; Embrapa - Café
A estrutura genética populacional de Hemileia vastatrix foi determinada usando o marcador AFLP em 91 isolados coletados em lavouras cafeeiras de Minas Gerais, Espírito Santo e São Paulo. Após amplificações seletivas, usando quatro combinações de primers (EcoRI/MseI), foram analisados 100 fragmentos polimórficos. Cada isolado apresentou um padrão único de alelos AFLP, constatando-se alta diversidade genotípica. A similaridade genética entre os isolados de H. vastatrix variou de 0,08 a 0,70, indicando alta variabilidade genética. Pela análise de agrupamento não foi observado à formação de grupos entre isolados do mesmo hospedeiro e origem geográfica. Não houve correlação entre distância genética e geográfica entre os isolados (r = 0,307, P = 0,234). Foi observada baixa diferenciação genética (GST = 0,026) entre as populações de H. vastatrix divididas por hospedeiros (Coffea arabica, C. canephora e Híbrido de Timor/Icatu). Os índices de diversidade gênica de Nei (HT, HS e GST) não mostraram diferença significativa entre as populações de H. vastatrix subdivididas por região geográfica. A análise de variância molecular (AMOVA) mostrou que a maior variância genética (99,56%) encontra-se dentro das populações do patógeno. O alto nível de diversidade genotípica encontrado entre os isolados sugere que as populações de H. vastatrix analisadas não são consistentes com a reprodução clonal e não estão estruturadas com relação ao hospedeiro e a origem geográfica. Os resultados obtidos demonstram que o fungo apresenta alto potencial evolutivo.
ESTUDO COMPARATIVO DO NÍVEL DE POLIMORFISMO E INFORMATIVIDADE ACESSADO PELOS MARCADORES RAPD, AFLP E SSR, NO ESTABELECIMENTO DE RELAÇÕES GENÉTICAS EM Coffea canephora
(2011) Ferrão, Luis Felipe V.; Souza, Flávio de F.; Caixeta, Eveline T.; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney S.; Embrapa - Café
Em um programa de melhoramento, o estudo da diversidade genética em bancos de germoplasma (BAGs) é de primordial importância, principalmente no início, na definição de estratégias de ações. Com o advento dos marcadores baseados em DNA e da percepção das suas vantagens, tornou-se crucial o uso dessa técnica na complementação do acesso a diversidade genética, de forma a suplementar e refinar as classificações com base em marcadores morfológicos. Dessa forma, esse trabalho objetivou comparar o poder discriminatório e a eficiência dos marcadores moleculares RAPD, AFLP e SSR na estimativa das similaridades genéticas de 94 subamostras de Coffea canephora, mantidas no programa de melhoramento genético da Embrapa Rondônia. Para isso, os parâmetros níveis de polimorfismos e informatividade dos marcadores foram considerados. Nessas análises foi possível observar que o nível de polimorfismo para os três marcadores foi alto, quando comparado com o polimorfismo em Coffea arabica outra importante espécie do gênero Coffea. Além disso, os marcadores SSRs destacaram-se pelo alto teor informacional, enquanto que os AFLPs foram eficientes na detecção de grandes quantidades de polimorfismo com o uso de poucos primers. Com isso, nossos resultados demonstraram que para estudos de diversidade todos os três marcadores são eficientes, no entanto, a escolha de uma metodologia em detrimento de outra deve ser feita com cuidado, levando em consideração o objetivo de cada trabalho, assim como, os recursos disponíveis.
GERMINAÇÃO E INFECÇÃO DA FERRUGEM EM CAFEEIRO CONILON SOB DIFERENTES TEMPERATURAS E MOLHAMENTOS FOLIARES
(2011) Capucho, Alexandre S.; Zambolim, Laércio; Cabral, Patrícia G. C.; Zambolim, Eunize Maciel; Caixeta, Eveline T.; Embrapa - Café
A biologia da ferrugem (Hemileia vastatrix) é bem estudada em café arábica (Coffea arabica), entretanto pouco se conhece desse assunto no cafeeiro conilon (C. canephora). Portanto, o objetivo deste trabalho foi determinar as faixas de temperatura e molhamento foliar ideais para a germinação e infecção da ferrugem no cafeeiro conilon. A idade da folha que é mais infectada pela ferrugem também foi determinada no estudo. Isolados de três cidades do ES foram coletados, obtidos na forma de isolados monopustulares e caracterizados biologicamente, sendo constituídos de dois isolados da raça II e um da raça I de H. vastatrix. As seguintes temperaturas e horas de molhamento foliar foram avaliadas nos experimentos: temperaturas de 18°C, 21°C, 24°C, 27°C e 30°C e molhamentos foliares de 4, 8, 12, 24, 48 e 72 horas. A germinação e a infectividade durante a incubação foi determinada. A germinação foi avaliada em placas de petri contendo meio ágar-água e a infectividade foi avaliada pela determinação da área foliar lesionada em discos de folha de café conilon dentro de caixas plásticas (11x11x3cm). Os resultados mostraram elevada taxa de germinação e infectividade em molhamento foliar superior a 24h e temperaturas entre 21 e 24oC durante a incubação. As três idades da folha (jovem, adulta e velha) usadas no estudo apresentaram a mesma área foliar lesionada quando inoculadas com o isolado da raça II da H. vastatrix.