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Item Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico(2007) Andrade, Flavia Thiebaut; Caixeta, Eveline Teixeira; Maciel, Bárbara Hufnagel; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Eunize Maciel; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféA partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como "iscas" para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o "Electronic Northern", uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional.Item Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem(2007) Maciel, Bárbara Hufnagel; Caixeta, Eveline Teixeira; Andrade, Flavia Thiebaut; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Eunize Maciel; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Para a amplificação no termociclador, foram avaliadas diferentes combinações de tempo e temperatura, incluindo touchdown PCR. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, 40 iniciadores foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Destes, 29 resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Os demais 50 estão sendo testados por PCR. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os dois grupos de indivíduos resistentes e susceptíveis. Para confirmar a possível ligação e seu potencial, o marcador está sendo testado em diferentes populações do Programa de Melhoramento da UFV/EPAMIG.Item Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica(2007) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Andrade, Flavia Thiebaut; Maciel, Bárbara Hufnagel; Zambolim, Eunize Maciel; Xavier, Katia Viana; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos F2 da população H464-2. Essa análise permitiu verificar o posicionamento desse marcador no grupo de ligação 9, a 36,2 cM do marcador K13c no mapa genético de Coffea arabica previamente desenvolvido com marcadores RAPD.Item Marcadores microssatélites para o cafeeiro(2005) Rufino, Raphael José Nascif; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Pena, Guilherme Ferreira; Almeida, Robson Ferreira de; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO presente trabalho foi realizado com o objetivo de testar e adaptar marcadores microssatélites para serem rotineiramente utilizados nos trabalhos de genética e melhoramento do cafeeiro. Para isso, foram ajustadas as condições de amplificação de 24 primers microssatélites de café, disponibilizados na literatura. Estes primers, desenvolvidos para Coffea arabica, foram também testados em outras espécies de cafeeiro de importância para o melhoramento visando verificar sua utilidade como primer heterólogo. A adaptação das condições de reação e de amplificação permitiu o uso de 18 primers, sendo que a maioria deles amplificou as três espécies analisadas. O nível de polimorfismo desses microssatélites foi investigado pela amplificação de 60 genótipos, incluindo C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e Híbrido de Timor (HT). Observou-se um alto polimorfismo e uma variação de 2 a 9 alelos por marcador. Metade dos primers testados apresentou polimorfismo em C. canephora e 33,3% deles foram polimórficos entre os HT. Foi possível discriminar todos os acessos de C. canephora analisados. Os HT, em geral, apresentaram padrão de bandas semelhante ao dos C. arabica, sendo que seis primers apresentaram polimorfismo, possibilitando a discriminação de 13 acessos, não diferenciados em estudos anteriores com marcadores RAPD. Os resultados demonstraram o potencial dos microssatélites para diferenciar indivíduos geneticamente próximos. Em trabalhos futuros, pretende-se desenvolver novos microssatélites a partir das ESTs do Genoma/Café. Esses novos marcadores, juntamente com os primers adaptados neste trabalho, constituirão em uma importante ferramenta para os estudos genéticos do café no Brasil.Item Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de Híbrido de Timor(2005) Barbosa, Júlio César; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Capucho, Alexandre Sandri; Rufino, Raphael José Nascif; Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféA ferrugem alaranjada, causada por Hemileia vastatrix Berk. & Br, constitui um dos principais problemas para a cultura do café. O controle da doença geralmente é feito com o uso de fungicidas, os quais aumentam o custo de produção e os ricos ambientais e à saúde humana. O uso de variedades resistentes é uma alternativa para um controle eficiente, simples, barato e que reduz o uso de agrotóxicos na cafeicultura. Portanto, programas de melhoramento têm sido realizados visando obter variedades resistentes a esta doença. Para dar suporte a esses programas, no presente trabalho, foi realizado o estudo da herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 440-22, importante fonte utilizada pelos melhoristas. O conhecimento da herança da resistência é essencial para o planejamento e uso eficiente das fontes no melhoramento genético do cafeeiro. O Híbrido de Timor foi cruzado com a cultivar suscetível Catuaí UFV 2143-193 e a planta F1 foi autofecundada formando a população segregante F2, com 113 indivíduos. Os genitores, a planta F1 e a população F2 foram inoculados com a raça II de H. vastatrix. A avaliação da doença foi realizada aos 50 dias após a inoculação, com base na reação de resistência ou suscetibilidade. A resistência horizontal também foi analisada utilizando-se sete componentes de resistência a doença: período de incubação (PI), período latente (PL), número de lesões (NL), número de lesões esporuladas (NLE), razão de infecção (RI), razão de esporulação (RE) e produção de uredosporos (PE). A fonte de resistência UFV440-22 e o híbrido F1 comportaram-se como resistentes, enquanto a cv. Catuaí UFV 2143-193 foi severamente atacada. Na geração segregante F2, das 113 plantas observadas, 101 foram resistentes e 12 suscetíveis, indicando que um gene dominante independente e dois recessivos complementares controlam a resistência deste Híbrido de Timor à raça II de H. vastatrix (X2 ; P>0,05%). Além da resistência vertical, indivíduos da população F2 apresentaram resistência horizontal, demonstrando que o Híbrido de Timor UFV 440-22 pode ser utilizado como fonte para resistência vertical ou horizontal nos programas de melhoramento que visam a obtenção de variedades resistente à ferrugem.Item Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD(2005) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Rufino, Raphael José Nascif; Brito, Giovani Greigh de; Pereira, Antônio Alves; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu; Embrapa - CaféO conhecimento da diversidade genética do germoplasma utilizado em programas de melhoramento genético é importante para o planejamento de estratégias de trabalho. Técnicas de marcadores moleculares fornecem informações sobre distâncias genéticas entre acessos de Bancos de Germoplasma. Dessa forma, no presente trabalho, 92 acessos do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG foram submetidos a uma análise de diversidade genética, utilizando-se 20 primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). As amplificações deram origem a um total de 42 bandas polimórficas. As distâncias genéticas entre os genótipos, baseadas no complemento de Jaccard, variaram de zero a 100%. No dendrograma obtido observou-se a formação de cinco grupos diferentes ao nível de 50% de distância genética, sendo um grupo formado pelos genótipos descendentes de Híbridos de Timor, outro com o genótipo Piatã, um terceiro grupo com o indivíduo da espécie C. racemosa, outro com o acesso Catindu e o último grupo com os demais genótipos.